Najważniejszą instytucją na Siczy była rada generalna, złożona ze wszystkich obecnych na Siczy Kozaków, którzy ustawiwszy się wokół starszyzny kozackiej, decydowali o wojnie i pokoju, sojuszach i celach wypraw wojennych. Starszyzna niechętnie patrzyła na te zebrania, ponieważ obawiała się utraty stanowisk, a nawet i utraty życia. Rady czernieckie nie odbywały się zbyt często, ponieważ zwoływanie tych swoistych wieców odrywało Kozaków od ich codziennych zajęć i najczęściej przeprowadzane były w trakcie kampanii wojennych. Anachroniczne metody obrad rady generalnej, sprawiały, że było to ciało mało przydatne przy podejmowaniu szybkich decyzji, zwłaszcza takich, które wymagały dochowania tajemnicy. W związku z tym, zadania zebrań czerni przejęła starszyzna generalna złożona z hetmana kozackiego i 20-30 pułkowników. To właśnie ciało, zwane parlamentem kozackim, podejmowało najważniejsze decyzje dotyczące kozackiej polityki oraz elekcji nowego hetmana. Rady starszyzny zwoływano w razie potrzeby, ale podczas powstania Chmielnickiego wykształcił się zwyczaj dwu dorocznych zebrań.
Rolę kozackiego rządu, oprócz hetmana, spełniało gremium złożone z oboźnego, pisarza, sędziego i asauła. To grono ścisłych współpracowników kozackiego przywódcy, decydowało o kierunkach polityki i zasadach funkcjonowania kozackiego państwa w czasach Chmielnickiego. Najważniejszy był jednak hetman, który dysponował prawem życia i śmierci wobec mieszkańców państwa kozackiego. To w jego ręku skupiała się władza sądownicza, rozdawnictwo urzędów, naczelne dowództwo i zarządzanie finansami państwa. Hetman reprezentował także Kozaczyznę na zewnątrz i zawierał traktaty z innymi państwami. Jedynym wielkim ograniczeniem jego władzy była elekcyjność urzędu, który sprawował.
Obszar podległy władzy hetmańskiej podzielony był na wojskowe okręgi pułkowe, w których przemożną rolę odgrywali teoretycznie wybierani, a w praktyce mianowani przez hetmana pułkownicy. System stworzony w 1648 roku przez Bohdana Chmielnickiego, nosił wszelkie znamiona dyktatury wojskowej, z niezwykle silną władzą hetmana. Warto dodać, że kształtował się on w niezwykle trudnych realiach wojny z Rzeczypospolitą i przetrwał swego stwórcę.
