Urodził się w Lyonie 20 czerwca 1741 r. W dzieciństwie i w latach młodzieńczych jego edukacją kierował wuj, ksiądz Gemini. W latach 1760-64 studiował medycynę w Montpellier. Stopień doktora otrzymał w 1763 r., praktykę zaczął na wsi, potem przeniósł się do Lyonu, gdzie leczył, zbierał rośliny, prowadził wykłady z botaniki. Podjął także próbę założenia ogrodu botanicznego, w związku z czym popadł w tarapaty finansowe. Wskutek tego zmuszony był szukać intratnego zajęcia. To prawdopodobnie stało się bezpośrednią przyczyną wyjazdu do Polski. Akurat bowiem Stanisław August Poniatowski, „planował utworzenie szkoły medycznej i ogrodu botanicznego w Grodnie” i poszukiwał kogoś odpowiedniego do realizacji tego zadania. Sławny wówczas w świecie naukowym, szwajcarski przyrodnik Albert Haller, polecił królowi lekarza i przyrodnika z Lyonu. Król wystosował zaproszenie, a Gilibert ochoczo je przyjął.
Trzeba z uznaniem podkreślić, że przygotowywał się do wyjazdu bardzo starannie. W Paryżu przestudiował kolekcje Muzeum Narodowego i rośliny ogrodu, konsultował się z francuskimi autorytetami nauk przyrodniczych ze sławnej przyrodniczej rodziny de Jussieu. Pojechał do Montpellier, aby obejrzeć rośliny południowe, a nawet odbył wycieczki w Pireneje, dla poznania nowych, nieznanych gatunków. Także podczas podróży do Polski przez Niemcy, Szwajcarię i Austrię, uzupełniał po drodze swój podręczny zielnik.
Do Warszawy dotarł prawdopodobnie z początkiem października 1775 r., a w końcu tegoż miesiąca do Grodna. Gdy spotkał (jak sam napisał) „najbardziej wykształconego i najbardziej nieszczęśliwego z monarchów Europy”, króla Stanisława Augusta Poniatowskiego, szybko się z nim zaprzyjaźnił. Do tego stopnia, że monarcha trzymał do chrztu syna Giliberta urodzonego w Grodnie w 1780 r.
Na Litwie pozostał przez osiem lat, mieszkając najpierw w Grodnie, a potem w Wilnie. Okres ten spędził bardzo pracowicie: praktykował jako lekarz, prowadził prace botaniczne i zoologiczne, wykładał historię naturalną, zorganizował gabinet przyrodniczy oraz ogrody botaniczne. W czasie licznych wędrówek poznał i opisał dość dokładnie Wielkie Księstwo, wyrażając się z sympatią o miejscowych ludziach, chwaląc ich zaradność i gospodarność. Dlatego może dziwić fakt, że w 1783 r. nagle i niespodziewanie zdecydował się na powrót do Francji. Co więcej, mimo że król chciał go zatrzymać, wyjechał pospiesznie, pozostawiając tymczasem w Wilnie rodzinę i większość swoich rzeczy. Jakie były powody nagłego wyjazdu, dokładnie nie wiadomo. Być może przyczyniły się do tego m.in. intrygi zawistnych mu ludzi z otoczenia króla oraz choroba.
Botanika była wielką pasją w życiu Giliberta. Mimo że z wykształcenia lekarz, był gorącym orędownikiem traktowania botaniki za naukę samodzielna, odrębną od medycyny. Niemal natychmiast po przyjeździe na Litwę, bo już wiosną 1776 r., zaczął zbierać do zielnika rośliny z okolic Grodna. Zwykle towarzyszyła mu grupa kilkunastu studentów. Były to wyprawy – jak sam pisał - ”tak owocne, iż pierwszego roku odkryliśmy prawie wszystkie gatunki wskazane przez Loesela”. Obserwacje i opisy florystyczne Giliberta bardzo przydały się Stanisławowi Jundziłłowi, uczniowi i następcy Giliberta, przy „Opisaniu roślin Wielkiego Księstwa Litewskiego...” Prace botaniczne francuskiego przyrodnika zyskały duże uznanie w oczach króla, który zlecił nawet wykonanie jego popiersia z napisem „Primo vero indagatorii naturae in hoc regno” i umieszczenie w jednej ze swoich galerii. Także w pamiętnikach królewskich znalazły się pochlebne wzmianki o pracach botanicznych Giliberta, z podkreśleniem zasług przy zakładaniu ogrodu i propagowaniu systemu Linneusza (Gilibert zdawał sobie sprawę z jego niedoskonałości i swoją florę Litwy oparł o system Ludwiga). Warto dodać, że jego nazwisko widnieje przy nazwach wielu opisanych przezeń roślinach, jak np. Centaurium umbellatum, Hepatica triloba czy Armoracia lapathifolia (nazwy te są obecnie traktowane jako synonimy). Francuski botanik był twórcą tzw. wileńskiej szkoły botanicznej, a także autorem interesujących koncepcji z geografii roślin (m.in. sporządził pierwszą w Europie mapę fitogeograficzną, której jednak nigdzie nie opublikował), opisywał i analizował warunki siedliskowe i zjawiska fenologiczne. Usiłował nawet (naśladując w pewnym stopniu Linneusza) stworzyć tzw. kalendarz florystyczny oraz badał historię botaniki. Założył też czasopismo botaniczne, pt. „Indagatores naturae in Lithuania” (ukazał się, niestety, tylko jeden numer - 1781 r.).
W swoich pracach botanicznych (m.in. we „Flora Lithuanica inchoata...” 1781-82 czy „Exercitia Phytologica”, wydanej już w Lyonie w 1792) podał blisko 700 gatunków z obszaru Litwy. Wiązało się z tym, oczywiście, sporządzenie zielników, których było prawdopodobnie trzy: „Hortus Grodnensis” (rośliny z grodzieńskiego ogrodu botanicznego), „Herbarium Grodnense” lub „Herbarium Giliberti” (rośliny dziko rosnące z okolic Grodna) oraz zielnik bez nazwy (rośliny z okolic Wilna). Zielniki te zostały później dokładnie zbadane przez jednego z naszych czołowych polskich botaników, Józefa Paczoskiego, który wypowiadał się o nich dość krytycznie. Między innymi z tego powodu, że Gilibert zbyt skwapliwie opisał, jako nowe gatunki, wiele anormalnie wyglądających roślin. Jednak zielnik ten posiada dużą wartość historyczną (czego Paczoski nie negował), jako że jest jednym z najstarszych istniejących w tej części Europy, a zapewne najstarszym litewskim.
Gilibert miał też spore zasługi w nauczaniu botaniki w Rzeczypospolitej, prowadził bowiem pierwsze wykłady tego przedmiotu w Wielkim Księstwie, a co najważniejsze, wytyczył program badawczy, realizowany potem przez Jundziłła. Botanik z Lyonu założył w swoim życiu trzy ogrody botaniczne: w Grodnie (1776), w Wilnie (1781), a wreszcie w Lyonie, którego dyrektorem pozostał do końca życia. Dla botaniki polskiej największe znaczenie miał ogród wileński. Gilibert już w pierwszym roku swego pobytu na Litwie zgromadził kolekcję 1200 egzotycznych roślin. Zbiór powiększył się wkrótce do 2000! Co ciekawe, o założeniu ogrodu myślał jeszcze przed przybyciem do Polski! Kiedy w trakcie podróży do Warszawy, zatrzymał się w Wiedniu, wywiózł stamtąd dużą kolekcję nasion oraz sadzonki roślin. Potem otrzymał w darze rośliny ze Szwajcarii i Montpellier, a drogą wymiany z ogrodem petersburskim, zgromadził kolekcję roślin syberyjskich.
Po powrocie do Francji poświęcił się prawie całkowicie pracy i karierze naukowej. Niemniej do końca życia zajmowały go losy Rzeczypospolitej. Interesujące, że przewidział upadek naszego kraju jeszcze przed rozbiorami, wymieniając 10 jego przyczyn(!), jak np. zamiłowanie „do zbytku wielkich domów”, bałagan „w finansach, który uniemożliwił utrzymanie armii zdolnej do obrony państwa, czy „niewolnictwo chłopów”.
Przyjaciel Rzeczypospolitej, Jean Emmanuel Gilibert zakończył życie w rodzinnym Lyonie, we wrześniu 1814 r. Wart jest tego, aby polscy przyrodnicy, zwłaszcza botanicy, nie zapomnieli jego samego i zasług jakie położył dla polskiej nauki.
