Postulat zacieśnienia więzi między Litwą a Koroną należał do programu od dawna już aktywnego w sejmie polskim szlacheckiego stronnictwa egzekucyjnego. Podobny postulat zgłosiła szlachta litewska, obradująca bez udziału litewskiej rady panów w Witebsku w 1562 r. Dla szlachty litewskiej zmiana formuły unii z personalnej na realną oznaczała zrównanie w prawach ze szlachtą z Korony Polskiej i większy wpływ na sprawy kraju. Tymczasem litewskie możnowładztwo obawiało się nie tylko emancypacji szlachty, lecz także przeniesienia na Litwę egzekucji dóbr, czyli rewizji dawnych monarszych nadań ziemskich, co zachwiałoby potęgą ekonomiczną tej warstwy.
Bezdzietny Zygmunt August w 1562 r. odrzucił jeszcze szlacheckie postulaty, ale z chwilą, gdy w Koronie rozpoczął współpracę z ruchem egzekucyjnym, jego stosunek do postulatów litewskiej szlachty uległa zmianie. W latach 1564-1566 król przeprowadził gruntowną reformę administracyjną na Litwie, dzieląc ją na powiaty i tworząc w każdym z nich szlachecki sejmik, wzorowany na rozwiązaniach z Korony.
W 1569 r. Zygmunt August zwołał sejm koronny do Lublina, na którym – w obecności przedstawicieli Litwy - miano rozpatrywać zasady unii. Wobec demonstracyjnego wyjazdu Litwinów, opowiadający się za unią król przyłączył do Korony Podlasie, Wołyń i Kijowszczyznę, a tym spośród Litwinów, którzy będą się sprzeciwiać związkowi obu państw zagroził pozbawieniem urzędów i dóbr. Zmuszeni w ten sposób do uległości panowie litewscy powrócili do Lublina, gdzie 1 lipca 1569 r. zawarto unię realną między Koroną i Litwą, czego owocem było powstanie Rzeczypospolitej.
Najważniejszym ciałem nowego państwa był sejm, zbierający się zawsze w Koronie, w którym zasiadali również przedstawiciele Litwy (27 senatorów na ogólną liczbę 140 i 50 spośród 127 posłów). Wspólny był również król, wybierany przez Polaków i Litwinów w jednym tylko akcie elekcji (w 1569 r. nie było jeszcze sprecyzowanych procedur wyboru). Miejscem koronacji miał być zawsze Kraków, a podczas ceremonii władca przyjmował automatycznie tytuł litewski. Wspólne być miały pieniądz i system celny, znieść też miano ograniczenia dotyczące zakupu dóbr ziemskich w obu częściach państwa. Odrębne pozostały urzędy, wojsko, skarb i prawo. Panowie litewscy zapewnili sobie, że na terenie Litwy nie zostanie przeprowadzona egzekucja dóbr, co utrwaliło ich przewagę nad tamtejszą szlachtą.
Unia lubelska dla Polaków, w tym też historyków, jest jednym z najdonioślejszych wydarzeń w dziejach ojczystych, praktycznym przykładem wcielenia w życie idei federalizmu. Inaczej patrzy na to wielu Litwinów. Piszący po polsku w pierwszej połowie XIX w. Teodor Narbutt uważał, że unia lubelska oznaczała likwidację państwa litewskiego. Podobne poglądy, utożsamiające niezależność Litwy z interesem wąskiego kręgu możnowładztwa litewskiego, spotyka się i dziś. W wyniku unii, a właściwie oporu wobec niej przejawianego przez przybyłych do Lublina magnatów, Litwa utraciła ponad połowę swego terytorium. Faktem jednak jest również, że w ramach Rzeczypospolitej Litwini zachowali swe instytucje i prawo.
