Władysław IV zmarł 20 maja 1648 r. w Mereczu. Po jego śmierci Rzeczpospolita znalazła się w bardzo ciężkim położeniu. Poza tym, że znaczna część kraju została ogarnięta zawieruchą kozackiego powstania Bohdana Chmielnickiego, to jeszcze dość nieoczekiwanie doszło do ostrego konfliktu o tron pomiędzy rodzonymi braćmi, z których jeden był duchownym.
Jan Kazimierz dowiedział się o jego śmierci w Wiedniu, gdzie poszukiwał kandydatki na żonę. Choć cesarz Ferdynand III i cesarzowa Eleonora zaproponowali mu małżeństwo z arcyksiężniczką Izabelą Klarą, siostrą arcyksięcia Karola Ferdynanda, polski królewicz pośpieszył do Warszawy, nie złożywszy żadnej wiążącej deklaracji. Zdawał sobie doskonale sprawę z faktu, że jego kontrkandydatem do tronu Rzeczypospolitej będzie młodszy brat –Karol Ferdynand, biskup płocki i wrocławski, który już starał się o poparcie wśród urzędników i senatorów. Jan Kazimierz wiedział także, że kandydaturę jego brata poprą cesarz Ferdynand III i papież Innocenty X, który zapamiętał królewiczowi wcześniejszy nietakt – porzucenie zakonu jezuitów i kapelusza kardynalskiego.
Jan Kazimierz zaczął szukać poparcia najpierw na dworze francuskim i w tym celu wysłał specjalne listy do pierwszego ministra króla Francji – Jules’a Mazarina. Już w Warszawie skontaktował się z posłem francuskim wicehrabią de Arpajon. Nawiązał także ścisłe kontakty z wdową po Władysławie IV Ludwiką Marią, której sytuacja w Rzeczypospolitej była bardzo niepewna. Po śmierci męża mocno podupadła ona na zdrowiu, obawiano się nawet o jej życie. Jan Kazimierz sugerował w korespondencji, że gotowy jest w zamian za francuskie poparcie wziąć z nią ślub. Królowa wdowa była jednak tak schorowana, że w każdej chwili mogła umrzeć, wobec tego Jan Kazimierz zapewniał Mazarina, że gdyby doszło do tragedii i Ludwika Maria umarłaby, weźmie ponownie ślub z inną francuską księżniczką. Królewicz sondował również możliwości poparcia swojej kandydatury ze strony królowej Szwecji – Krystyny. Szwedzi nie życzyli sobie na tronie Rzeczypospolitej zdecydowanego zwolennika Habsburgów.
Sytuacja była niepewna i skomplikowana, na dworze królewskim powstały dwa obozy. Pierwszy skupiał zdecydowanych zwolenników ostrej rozprawy z kozakami na czele z księciem Jeremim Wiśniowieckim i wspierał kandydaturę Karola Ferdynanda do tronu. Drugi obóz stanowili zwolennicy umiarkowanej polityki, na jego czele stał kanclerz wielki koronny Jerzy Ossoliński.
Jan Kazimierz zdołał przekonać do swojej kandydatury prymasa interrexa Macieja Łubieńskiego, biskupa krakowskiego Piotra Gembickiego i Jerzego Tyszkiewicza, biskupa żmudzkiego. Rody Sapiehów i Chodkiewiczów popierające do tej pory Karola Ferdynanda ostatecznie również wsparły jego starszego brata. Karol Ferdynand nie rezygnował jednak z walki o tron i odmówił ustąpienia nawet po namowach Mikołaja Wojciecha Gniewosza, biskupa kujawskiego, kanclerza królowej Ludwiki Marii, który przekonywał go do tego już w trakcie sejmu elekcyjnego. Zniecierpliwiony twardą postawą Karola Ferdynanda biskup przeszedł ostatecznie na stronę Jana Kazimierza.
Zarówno Jan Kazimierz, jak i Karol Ferdynand gotowi byli na użycie wojska, aby przy pomocy siły zbrojnej rozstrzygnąć elekcję. Na czele wojsk popierających Jana Kazimierza stanął Zygmunt Denhoff, zięć Jerzego Ossolińskiego. Atmosfera była bardzo napięta, skoro i inni magnaci, tacy jak Jeremi Wiśniowiecki i Dominik Zasławski, trzymali w pobliżu stolicy swoje prywatne wojska. W tej sytuacji episkopat zdecydował się na wysłanie do skłóconych braci mediatorów: biskupa warmińskiego Wacława Leszczyńskiego i biskupa chełmskiego Stanisława Pstrokońskiego. Dążono do tego, aby Karol Ferdynand wycofał się z walki o tron. Szalę na korzyść Jana Kazimierza przeważył dopiero Bohdan Chmielnicki, który wysłał ze Lwowa specjalny list do senatorów z poparciem dla niego. Coraz bardziej uświadamiano sobie sprawę z tego, że wybór na tron Karola Ferdynanda może spowodować eskalację przemocy, co mogło mieć nieobliczalne skutki, łącznie z najazdem wrogów Rzeczypospolitej.
Karol Ferdynand zdecydował się ostatecznie wycofać swoją kandydaturę i między braćmi doszło do ugody, w zamian otrzymał księstwa opolskie i raciborskie oraz obietnicę, że Jan Kazimierz jako król uzyska dla niego od sejmu dwa opactwa. Karol Ferdynand napisał specjalny list do posłów szlacheckich na sejmie z poparciem dla Jana Kazimierza, który odczytano 14 listopada 1648 r.
