W czasach Władysława IV w ramach wojsk koronnych król utrzymywał chorągiew husarską. Pod względem prestiżowym był to pierwszy w hierarchii oddział wojska koronnego, a jego dowódca, czyli porucznik, należał do grona wyższych rangą oficerów, występując na ogół z tytułem pułkownika JKM. Warto choćby przypomnieć, iż jeszcze w trakcie potopu szwedzkiego Stefan Czarniecki był formalnie porucznikiem chorągwi husarskiej króla Jana Kazimierza, a dowodził już wówczas samodzielnymi grupami wojska.
Jan III wzorem swoich poprzedników również utrzymywał w kompucie rotę husarii, która w momencie wstąpienia swojego patrona na tron była już jednostką z bogatymi tradycjami i jednostką w której służba stanowiła poważne wyróżnienie. Została ona sformowana w 1656 r. przez marszałka wielkiego koronnego Jerzego Sebastiana Lubomirskiego i już w pierwszym roku swojego istnienia wykazała się w bitwie pod Warką 7 kwietnia 1656 r. Po otrzymaniu przez jej fundatora buławy polnej w 1657 r. stała się jednostką hetmańską, co podniosło jej znaczenie w wojsku koronnym. Pod imieniem Lubomirskiego przesłużyła do 1667 r. – nawet mimo tego, że jej patron został w 1664 r. pozbawiony urzędów i skazany na banicję. Dopiero po jego śmierci rotę tę objął Jan Sobieski, który wcześniej, po tym samym Lubomirskim, otrzymał urzędy marszałka i hetmana. Nowy patron dysponował swoją chorągwią husarską do śmierci w 1696 r., kiedy to przyjęła ona imię kolejnego polskiego monarchy, Augusta II.
Gdy Jan Sobieski w 1674 r. wstąpił na tron, objął również chorągiew po swoim poprzedniku Michale Korybucie. Przekazał ją jednak pod tytularne dowództwo swojego 7-letniego wówczas syna Jakuba, a pierwszą w hierarchii rot husarskich uczynił swoją dawną jednostkę, którą posiadał w czasach hetmańskich. W latach 1663–1683 dowodził nią pułkownik Aleksander Polanowski, od 1678 r. stolnik, a od 1685 r. chorąży koronny, jeden z najbliższych oficerów Lubomirskiego, a później Sobieskiego. Był on również jednym z najwybitniejszych polskich oficerów kawalerii w drugiej połowie XVII w. W latach 1666–1689 chorążym chorągwi Sobieskiego był natomiast inny znany żołnierz, Andrzej Prusinowski, który zasłynął m.in. przeżyciem postrzału armatniego, jaki otrzymał pod Cudnowem w 1660 r. Po Polanowskim funkcję królewskiego porucznika, a zarazem dowódcy królewskiego pułku jazdy pełnili kolejni wybitni oficerowie – w latach 1683–1687 podskarbi nadworny Michał Florian Rzewuski, a w latach 1688–1696 cześnik koronny Jan Mikołaj Złotnicki, niegdyś polski zakładnik na Krymie (w latach 1667–1669).
Chorągiew Jana III, zanim stała się oddziałem królewskim, brała udział w wielu kampaniach wojennych. Biła się m.in. pod Podhajcami w 1667 r., w kampaniach przeciw Tatarom w latach 1671–1672 czy w bitwie pod Chocimiem w 1673 r. Gdy Sobieski został królem, sama jego chorągiew husarska – pod komendą porucznika Polanowskiego – zniszczyła w bitwie pod Niemirowem 28 stycznia 1675 r. duży oddział Tatarów. Walczyła następnie w bitwach pod Lwowem 24 sierpnia 1675 r., pod Wojniłowem 24 września 1676 r. czy w obronie obozu warownego pod Żurawnem od 29 września do 17 października 1676 r. Była także pod Wiedniem w 1683 r., choć wówczas pozostawała w odwodzie i bezpośrednio nie szarżowała przeciw Turkom. Później uczestniczyła w większości działań zbrojnych wielkiej wojny tureckiej (1683–1699), a jej trzej towarzysze byli w latach 1693–1695 rotmistrzami trzech kolejnych chorągwi husarskich formowanych na potrzeby Okopów Świętej Trójcy. Jedna z nich miała nawet na swoim koncie zwycięską potyczkę pod Hodowem 11 czerwca 1694 r. Chorągiew Jana III nie tylko jednak uczestniczyła w kampaniach wojennych, ale jako oddział królewski pełniła przy monarsze również funkcje reprezentacyjne. Przykładowo 31 stycznia 1676 r. asystowała królowi przy jego wjeździe na koronację do Krakowa, a świadkowie tych wydarzeń zachwycali się jej wyglądem.
Chorągiew husarska Jana III była również znakomitą szkołą fachu żołnierskiego. Przez jej szeregi przewinęło się wielu późniejszych oficerów, jak np.: Michał Wilkoński, od 1674 r. porucznik pancerny, wsławiony pod Wiedniem w 1683 r.; Jacek Boratyński, od 1676 r. porucznik husarski i uczestnik poselstwa do Stambułu w latach 1677–1678; Michał Kazimierz Pusłowski, od 1675 r. chorąży litewskiej husarii, a w latach 80. XVII w. regimentarz większych związków litewskiej kawalerii. W chorągwi husarskiej Sobieskiego od lat 60. do 90. XVII w. służyło kilka pokoleń tych samych rodzin, co dowodzi, że stawanie w szeregach tej jednostki stało się familijną tradycją. Były to m.in. rodziny Popielów, Sokolnickich, Hynków, Aksaków, Malczewskich, Dymińskich, Złotnickich, Przeździeckich czy Rozwadowskich – rodziny, która kilka pokoleń później wydała na świat bohatera wojny 1920 r. gen. Tadeusza Jordana Rozwadowskiego. W chorągwi husarskiej Jana III służyło także wielu towarzyszy, których długość służby przekraczała 10 lat, podczas gdy średnia długość husarskiej posługi wynosiła zazwyczaj od 3 do 5 lat.
Wśród husarzy Jana III znajdowali się przedstawiciele lokalnych elit, którzy prowadzili również aktywność polityczną na rzecz króla. W latach 70. XVII w. były to choćby takie osoby jak podczaszy liwski Marcin Dunin, podstoli bełski Stefan Dymiński czy chorąży żydaczewski Stefan Tarnawski, aktywny w województwie ruskim. Gdy ten ostatni 29 września 1676 r. poległ na polu bitwy pod Żurawnem od postrzału z janczarki, Jan III wyraził ubolewanie z powodu utraty tego towarzysza.
Chorągiew husarska Jana III, z racji pozycji osoby patrona i bogatej tradycji, przyciągała pod swój sztandar najlepszych dowódców oraz towarzyszy, często wywodzących się z przedniejszych domów szlacheckich. Jednostka ta należała zatem do elity wśród elity (czyli samej husarii), co potwierdzała nie tylko urodzeniem swoich żołnierzy czy wyglądem na uroczystościach z udziałem monarchy, ale swoimi dokonaniami wojennymi i funkcją szkoły żołnierskiego fachu, poprzez wykształcenie całkiem pokaźniej grupy zasłużonych oficerów jazdy, służących w wojskach koronnym i litewskim w dobie wojen z Turcją w drugiej połowie XVII w.
