Wieś Czemierniki w lubelskiem, wzmiankowana w dokumentach z lat 1325–1327, w roku 1509 mocą przywileju Zygmunta I Starego dla Mikołaja Firleja, kasztelana krakowskiego i hetmana wielkiego koronnego, została przekształcona w miasto na prawie magdeburskim. Cotygodniowe targi, dwa jarmarki, położenie na skrzyżowaniu traktów pozwalały na szybki rozwój. Złoty czasy miejscowości przypadły na okres biskupa płockiego, później arcybiskupa gnieźnieńskiego i prymasa Polski, Henryka Firleja. Biskup gnębił wprawdzie miejscowych protestantów, a Żydom „po wszystkie czasy” zakazał budować się i mieszkać w Czemiernikach, jednak wiele surowych regulacji pozostawało na papierze. Firlej koncentrował się na uczynieniu z Czemiernik ważnego punktu na mapie kraju. Ufundował Collegium Mansjonarzy, wybudował godną swej pozycji rezydencję. W latach 1603–1617 kazał wymurować kościół parafialny pw. św. Stanisława Biskupa. Do prac przy budowie sprowadził pochodzącego z Włoch Piotra Durie. Budowa trwała dziewięć lat. Kolejne dwa zajęło wykończenie kościoła i ozdobienie go sztukateriami przez muratora Jana Wolffa.
W latach 70. XVII w. (między 1677 a 1680 r.) Czemierniki (z Markuszowem) wykupił Jan III. Skusił go być może wygodny, późnorenesansowy pałac przebudowany w latach 1615–1625 prawdopodobnie przez Jana Wolfa. Architekt wykorzystał jako podstawę nowej rezydencji renesansowy dwór alkierzowy wzniesiony pod koniec XVI w. Mieszkalna część zbudowana była w stylu Andrei Palladia. Sam pałac to regularna, prostopadłościenna budowla o trzech kondygnacjach z zachowanym do dziś renesansowym symetrycznym układem wnętrz. Także klasyczne obramienia prostokątnych okien, wydatne potrójne gzymsy wyznaczające wysokość poszczególnych kondygnacji oraz otwarta loggia ze schodami na piętro to charakterystyczne cechy architektury odrodzenia. Całość stanowiła rodzaj fortecy zabezpieczonej bastionami typu starowłoskiego (1622), chronionej stawami. Sam pałac od pierścienia umocnień oddzielała fosa z przerzuconym przez nią mostem. Cztery bastiony zbudowano z kamienia polnego i cegły, a wjazd do zamku poprowadzono po grobli, która rozdzielała stawy. Tak zaprojektowany układ obronny zdał egzamin w czasie potopu szwedzkiego, kiedy to najeźdźcy nie mogli zdobyć firlejowskiego zamku.
W 1624 r. przebywał tu Zygmunt III, szukając schronienia przed grasująca zarazą. Firlej założył także, korzystając z wiedzy ogrodników sprowadzonych z Flandrii, „tak piękne ogrody, że Czemierniki słynęły w kraju jako jedna z najpiękniejszych miejscowości”. Szymon Starowolski, kantor tarnowski, polityk i pisarz, pisał w 1632 r., w dziele Polska albo opisanie położenia Królestwa Polskiego: „przewyższa je [miasta Lubelszczyzny] miasto Czemiernice, dla piękności ogrodów i wspaniałego pałacu, od wielkiego niegdyś męża Henryka Firleja Arcybiskupa Gnieźnieńskiego wystawionego […]”. Nic więc dziwnego, że taki koneser jak Sobieski, gdy tylko pojawiła się okazja, kupił tę perełkę. Bywał tu okazjonalnie, nie przerywając codziennej pracy. Stąd (pod rokiem 1685) datowany jest m.in. uniwersał polecający przepuszczenie bez ceł i myt pędzonego do Polski stada wołów Michała Telekiego. Jan III zajął się także miastem. Uchylił biskupie regulacje i zezwolił Żydom na osiedlanie się w mieście. Można przypuszczać, że w tym czasie powstała pierwsza, drewniana synagoga. Jej istnienie potwierdza m.in. protokół z wizytacji biskupiej z 1748 r.
Po śmierci Jana III Czemierniki odziedziczył Jakub Sobieski. I objął rezydencję w faktyczne posiadanie. Na przykład 26 kwietnia 1699 r. przywilejem danym w Czemiernikach ustąpił swe posiadłości na warszawskiej Saskiej Kępie referendarzowi koronnemu Stanisławowi Szczuce. W 1703 r. Jakub wyznaczył teren na założenie cmentarza żydowskiego. W 1730 r. powstała nowa synagoga. Obydwa obiekty Niemcy zniszczyli w czasie II wojny światowej. Około 1712 r. dobra znalazły się w rękach Humieckich, a w 1870 r. utraciły prawa miejskie.
