Wraz z pojawieniem się na Ukrainie Kozaków – wojskowego bractwa i przejęcia części z nich na żołd Rzeczypospolitej, ustanowiono dowódcę rejestrowych, zwanego hetmanem kozackim, a czasem atamanem. Ta druga nazwa oraz określenie „starszy wojska zaporoskiego Jego Królewskiej Mości” używano od połowy XVI wieku do połowy XVII stulecia. Podkreślano w ten sposób, że dowódca rejestrowych, nie jest konkurencyjnym i niezależnym urzędem wobec hetmanów wielkiego i polnego. Po buncie Pawluka w 1637 roku, starszego zastąpiono komisarzem mianowanym przez hetmana. Wobec Kozaków miał on bardzo silną pozycję, by nie rzec wręcz absolutną. Jego bezpośrednim zastępcą był asawuł, ustanowiony na mocy konstytucji sejmowej w 1638 roku.
Prawdziwa kariera urzędu hetmana kozackiego zaczęła się dopiero w 1649 roku, kiedy to na mocy ugody zborowskiej, taki tytuł uzyskał Bohdan Chmielnicki. Urząd ten zagwarantowano również w niezrealizowanej unii hadziackiej. Wobec podziału Ukrainy między Polskę i Rosję, powołano także dwóch hetmanów kozackich, jednego dla części polskiej, drugiego dla rosyjskiej. Urzędy te nie posiadały one większego znaczenia, choć Jan III Sobieski próbował go zreformować, mianując tzw. hetmana nakaźnego. Z czasem urząd ten stracił na znaczeniu i zanikł ostatecznie w XVIII stuleciu, tak w Polsce jak i w Rosji.
Wokół hetmana funkcjonowało szereg osób, które pełniły rolę sztabu. W jego skład wchodzili regimentarze, strażnicy wielki i polny, pisarze polni, oboźni wielcy i polni.
