Po koniecznej decyzji Jakuba Edwarda Stuarta o przeniesieniu się z synami do Albano, spotkania Klementyny Sobieskiej z mężem i chłopcami stawały się coraz rzadsze. Nie wynikało to ze sporów między małżonkami, lecz stanu jej zdrowia. Klementyna odwiedzała dzieci w ciągu dnia, wracając na noc do Rzymu. Tylko raz, w maju 1731 r., kiedy Jakub Edward wyjechał z Albano, spędziła z chłopcami kilka tygodni bez przerwy. Umartwianie się coraz bardziej pogarszało jej stan zdrowia. W czerwcu 1734 r. z trudem mogła chodzić, pojawiły się również oznaki gnilca. Co gorsza, nie chciała żadnej pomocy, która nawet na tym etapie miała duże szanse powodzenia.
Krytyczny moment nadszedł jesienią. Pod koniec października Klementyna dostała kaszlu, na początku następnego miesiąca poważnie zachorowała, z bardzo wyraźnymi już objawami gnilca. Ciągle odrzucała pomoc. W pierwszych dniach nowego roku dostała gorączki, a 13 stycznia jej stan był tak zły, że otrzymała sakrament ostatniego namaszczenia. Dzień później widziała synów po raz ostatni. Od 15 stycznia była już tylko częściowo przytomna. Śmierć zabrała ją trzy dni później, 18 stycznia 1735 r. Trwające kilkanaście dni uroczystości pogrzebowe były wspaniałe, odprawiono je z honorami należnymi koronowanym głowom. Mieszkańcy Rzymu, według relacji świadków, płakali, jakby umarł sam papież. Tylko czy o taki koniec chodziło? Zostawiła męża i dwoje dzieci – starsze miało 14 lat, młodsze 10. Obydwaj chłopcy potrzebowali matki, której faktycznie nie mieli od kilku lat.
Spośród wyjaśnień pozostawionych przez historyków, najbardziej przekonujące wydaje się to, że Klementyna oddała się umartwieniu i dewocji ze względu na stosunek do męża. Nie kochała go, a swoje małżeństwo, szczególnie po sporach na temat wychowania Karola, traktowała jako krzyż, który trzeba dźwigać do końca. Nałożyła się na to depresja po urodzeniu drugiego dziecka, z której nigdy nie wyszła. Umartwienie ciała miało być odpowiedzią na wszystkie problemy. Doprowadziło ją do śmierci. Pozostał smutek i wrak pięknej kobiety, która jako 16-letnia, pełna życia dziewczyna, z radością przyjęła oświadczyny Jakuba Edwarda.
