Król Jan III Sobieski był przede wszystkim człowiekiem swojej epoki. Wielki wódz, potomek Żółkiewskiego i obrońca chrześcijaństwa był bardzo religijny. Mimo pewnej ostrożności w wydawaniu pieniędzy (co niechętni mu nazywali skąpstwem) łożył duże sumy na budowę nowych kościołów i klasztorów. Jego głęboka religijność nie przeszkadzała mu jednak, tak jak i większości ówczesnej polskiej katolickiej szlachty, toczyć ostrych sporów z biskupami i opatami bogatych klasztorów na temat podatków i obciążeń finansowych kościoła.
Zwłaszcza podczas wojen tureckich dysponujący zbyt małą liczbą wojska król próbował pozyskać fundusze od kościoła. W 1680 r., spodziewając się wznowienia kroków wojennych ze strony Turcji, myślał o przejęciu na potrzeby wojska dochodów biskupstwa krakowskiego. Projekty te spotkały się jednak z ostrym potępieniem papieża i kurii rzymskiej. Sobieskiemu zarzucono nawet, iż wcale nie jest obrońcą wiary i działa na szkodę kościoła.
Szczególnie zabolał króla Jana zarzut, iż wstrzymując obsadę biskupstwa krakowskiego i dążąc do przeznaczenia dochodów z niego na wojsko sprzyja w ten sposób protestantom. Brak biskupa w Krakowie i niepewny los samego biskupstwa sprzyjać miał bowiem rozwojowi herezji. O tych formułowanych pod jego adresem zarzutach kurii rzymskiej donosił królowi jego szwagier, ks. Michał Kazimierz Radziwiłł, poseł króla i Rzeczypospolitej do papieża. Walczący całe lata z muzułmanami i broniący wiary król zareagował na te zarzuty z niepohamowanym gniewem. Gorąco zaprzeczył, żeby w jakikolwiek sposób sprzyjał protestantom i z prawdziwą pasją wyliczał swe zasługi w tępieniu „herezji”. Uniesiony gniewem król nie zauważył, iż jego zasługi na tym polu były, według ówczesnych standardów europejskich, niewielkie czy wręcz śmieszne. Choć w Rzeczypospolitej dawno już minął złoty wiek religijnej tolerancji, to na ogół protestantów, zwłaszcza tych spośród szlachty czy z wielkich miast pruskich, nie prześladowano. Jakieś surowe czy okrutne represje były zresztą w ówczesnej Rzeczypospolitej po prostu nie do pomyślenia.
Król w liście do ks. Radziwiłła przypomniał jednak swoje zasługi w walce z protestantyzmem (nie zajęło to zresztą zbyt wiele papieru). Należało do nich np. awansowanie i nagradzanie tych protestantów, którzy przechodzili na katolicyzm i towarzyskie rozmowy z ewangelikami starającymi się o rękę posażnej panny katoliczki. Szczególną dumą napawała natomiast króla sytuacja w Gdańsku, gdzie katolicy do tej pory musieli odprawiać msze „pod strychem i to ze strachem”. W tym wypadku walka Jana III z „heretykami” przejawiała się w wybudowaniu w Gdańsku kaplicy królewskiej i niewielkim polepszeniu losu katolików w tym mieście.
Janowi III nie dane było dorównać królowi-Słońce, który w tym samym czasie fundował swym poddanym-hugenotom dragonady, galery i burzenie zborów, by w 1685 roku ostatecznie odwołać resztki edyktu nantejskiego.
