W 2. połowie XVII w. nastąpił szczególny wzrost znaczenia obrazu Matki Boskiej Częstochowskiej i całego sanktuarium, opromienionego legendą bohaterskiej obrony przed Szwedami. Tak zwane śluby Jana Kazimierza we Lwowie w roku 1656 i uznanie Matki Boskiej za Królową Korony Polskiej szybko doprowadziły do powiązania tego tytułu z obrazem jasnogórskim. To z kolei przyniosło wzrost ruchu pielgrzymkowego i napływ cennych wotów do klasztornego skarbca. W tym okresie Jasna Góra stała się widownią wielu audiencji królewskich, obrad Senatu i innych wydarzeń, np. ślubu w 1670 króla Polski Michała Korybuta Wiśniowieckiego z arcyksiężniczką austriacką Eleonorą Habsburg czy pielgrzymki Jana III Sobieskiego poprzedzającej wyprawę na Wiedeń w 1683. Ołtarz Matki Boskiej był w tym czasie traktowany jak „ołtarz ojczyzny”, na którym składano m.in. trofea zdobyte przez Polaków w wojnach i własne insygnia wojskowe polskich wodzów (m.in. buławy hetmanów).
Oczywiście, w tym okresie – między połową XVII a schyłkiem XVIII w. – sanktuarium podlegało różnorodnym zagrożeniom, do których należały pożary (m.in. w 1654 i w 1690), wojny i oblężenia – wszystkie zakończone pomyślnie dla paulinów. Klasztor był zagrożony w roku 1665, w czasie walk wewnętrznych w Polsce (tzw. rokosz Jerzego Lubomirskiego), później kilkakrotnie był oblegany w czasie wojny północnej ze Szwedami (1703, 1704 i 1705) i po raz kolejny w latach 1770-1771, w czasie tzw. konfederacji barskiej. We wszystkich tych przypadkach paulini, uznając się przede wszystkim za opiekunów obrazu, starali się zachować postawę neutralną w konfliktach wewnętrznych, natomiast konsekwentnie patriotyczną w stosunku do zewnętrznych wrogów. Po 1717 rozpoczęto modernizację fortyfikacji: przebudowano bastiony południowo‑zachodni, wschodni i zachodni. W 1740, po wybuchu wojny między Austrią i Prusami, przystąpiono do kolejnych prac związanych z unowocześnieniem obwarowań zespołu klasztornego.
Z religijnego punktu widzenia największe znaczenie w tym okresie miała uroczysta koronacja obrazu w 1717. Został on wówczas – w obecności ok. 200 tys. pątników (zgodę na uroczystość wydał papież Klemens XI) – uroczyście ozdobiony tzw. koronami papieskimi. Był to pierwszy obraz maryjny w Europie (poza Włochami), który dostąpił takiego zaszczytu. Koronacja umocniła znaczenie klasztoru jasnogórskiego jako sanktuarium pielgrzymkowego o charakterze międzynarodowym.
Spadek znaczenia Jasnej Góry pod koniec XVIII w. łączył się z politycznymi losami osłabionej wewnętrznie Polski i kolejnymi rozbiorami państwa. W wyniku drugiego rozbioru Jasna Góra znalazła się na terenie Prus, klasztor jednak szczęśliwie uniknął rabunku i zniszczenia. Jakie znaczenie miał fakt pozostawania sanktuarium poza granicami ówczesnej, znacznie już okrojonej Polski, świadczy fakt, że w roku 1793, w czasie posiedzenia sejmu polskiego w Grodnie, poważnie rozpatrywano możliwość przeniesienia obrazu Matki Boskiej Jasnogórskiej z Częstochowy do Krakowa. Plany te wynikały z silnego przekonania, że pomyślność Polski jest nierozerwalnie związana z obrazem i jego kultem.
Losy sanktuarium na Jasnej Górze zmieniały się wraz z ogólną sytuacją polityczną na przełomie XVIII i XIX w. Po sukcesach Napoleona i utworzeniu w roku 1807 Księstwa Warszawskiego Częstochowa znalazła się przejściowo na terenie kadłubowej namiastki polskiego państwa. Ostatecznie po 1813 dostała się pod panowanie Rosji. Ważnym wydarzeniem dla sanktuarium było tragiczne, dwukrotne zubożenie skarbca klasztoru: w 1806 za sprawą samowoli żołnierzy francuskich i w 1812, usankcjonowane przez ówczesne władze, w związku z gromadzeniem funduszy na wyprawę moskiewską Napoleona.
Pod panowaniem rosyjskim Jasna Góra przeżyła najczarniejszy okres swojej historii. Po roku 1813 klasztor pozbawiono funkcji obronnej, zachowując jednak same fortyfikacje. Car Aleksander I rozkazał tylko częściowe zburzenie murów fortecznych. Odbudowano je w zmienionej formie z polecenia cara Mikołaja I dopiero w 1843. Po zniszczeniach fortyfikacji paulini uzyskali zgodę władz carskich na uporządkowanie murów i terenów otaczających klasztor. Wały oblicowano cegłą, a fosy wykorzystano na założenie ogrodu przyklasztornego. Rosjanie z jednej strony dążyli do przyswojenia czci cudownego obrazu w kulcie prawosławnym, co im się w pewnym stopniu udało, z drugiej zaś tępili wszelkie przejawy samodzielności klasztoru, pozbawiając go dotychczasowego zaplecza finansowego w postaci dochodów nadanych za czasów wolnej Polski. Władze zaborcze walczyły też z polskim patriotyzmem, silnie powiązanym z religijnością. Sytuacja podzielonej Polski wpłynęła na znaczne obniżenie intensywności ruchu pielgrzymkowego, który jednak nigdy całkowicie nie zamarł. Drastycznie zmniejszyła się też liczba wotów składanych przed cudnym obrazem. Rosjanom nigdy jednak nie udało się całkowicie stłumić patriotyczno‑religijnego charakteru kultu obrazu.
