Józef Zabiełło piął się powoli w karierze urzędniczej Rzeczpospolitej Obojga Narodów. W 1775 roku otrzymał tytuł łowczego litewskiego, od 1782 r. wchodził jako konsyliarz do Rady Nieustającej. Był to organ, który miał kontrolować i ograniczać poczynania króla. Okazało się jednak, że władca potrafił zręcznie manewrować Radą, czyniąc zeń prawdziwy rząd krajowy. Jako ciało obce polskiemu ustrojowi, a zarazem narzucone przez zaborców, zostało ono zniesione przez Sejm Czteroletni.
W jego obradach uczestniczył Zabiełło jako poseł żmudzki. Związawszy się z przeciwnikami Konstytucji 3 Maja, oczekiwał na wkroczenie Rosjan. Żywo przystąpił do organizowania konfederacji na Litwie i jako przedstawiciel Żmudzi został zastępcą konfederacji targowickiej na Litwie. Nagrodą byłą buława polna litewska. Podczas sejmu grodzieńskiego w 1793 roku dał się poznać jako jeden z najbardziej zagorzałych adherentów Rosji, wypełniał najbardziej podłe zadania zlecone mu przez ambasadora rosyjskiego Jakuba Sieversa. To m.in. na niego spada odpowiedzialność za nadużycia i redukcję armii litewskiej. Wszedł w skład wskrzeszonej Rady Nieustającej.
Po wybuchu insurekcji warszawskiej został aresztowany i 9 maja 1794 r. przed Sądem Kryminalnym Księstwa Mazowieckiego odbył się jego proces. Prócz niego sądzeni byli marszałek Rady Nieustającej Józef Ankwicz, hetman wielki koronny Piotr Ożarowski i biskup inflancki Józef Kossakowski. Za zdradę kraju, niszczenie dzieła Sejmu Czteroletniego, prześladowanie patriotów, niszczenie polskiej armii, wysługiwanie się zaborcom i pobieranie od nich pensji, wszyscy trzej zostali skazani na śmierć na szubienicy. Podczas procesu hetman zachowywał się tchórzliwie, zasłaniając się żoną, która według niego brała pieniądze, a nie on. Nie umiał też zachować godności podczas egzekucji.
