Najważniejsza świątynia państwa krzyżackiego, kościół poświęcony patronce zakonu – Najświętszej Marii Pannie, oraz jego dolna kondygnacja – grzebalna kaplica św. Anny, pełniąca rolę nekropolii wielkich mistrzów zakonu, przejęte zostały wraz z całym kompleksem stołecznego zamku w Malborku przez Władysława IV Jagiellończyka w 1457 r. Wbrew fałszywej propagandzie krzyżackiej zachowano wszystkie funkcje kultowe obu wnętrz sakralnych. Jakkolwiek do XVII w. brak wiadomości co do większych zmian w przestrzeni świątyni zamkowej, to była ona dość znacznie uposażona. Kolejni królowie dynastii jagiellońskiej utrzymywali dość liczną grupę osób związanych z posługą w tej świątyni: sześciu chórzystów, kantora, trzech kapłanów, kaznodzieję, organistę i jego pomocnika. Nie sposób stwierdzić, co spośród sprzętów liturgicznych w tej świątyni pozostało po Krzyżakach. Nie ulega jednak wątpliwości, że w okresie jagiellońskim sprawiano dla niej nowe paramenty. Do naszych czasów przetrwał srebrny złocony kielich z ok. 1500 r. (po 1945 r. w zbiorach Muzeum Diecezjalnego w Pelplinie). W połowie XVI w. kościół zamkowy dysponował pięcioma srebrnymi kielichami z patenami (cztery z nich wyzłacane), trzema monstrancjami (dwie srebrne i jedna miedziana, w tym jedna srebrna oraz miedziana pozłacane), sześcioma dużymi i dziesięcioma małymi lichtarzami, małym pozłacanym krucyfiksem (prawdopodobnie srebrnym).
W kościele, który w zasadniczym stopniu zachował wystrój z połowy XIV w. (ławy, stalle, ołtarze, kamienna dekoracja rzeźbiarska), sprawowano liturgię dla załogi zamku i dworu królewskiego, jeśli akurat monarcha przebywał w Pałacu Królewskim. Ale odbywały się tu też zgoła świeckie rytuały, jak składanie przysięgi senatorskiej przez przewodniczącego stanów pruskich.
Po sekularyzacji Prus Książęcych (1525 r.) zainteresowanie utrzymaniem świątyni przez królów polskich osłabło. Kolejne stulecie nie przyniosło żadnych znaczących wydarzeń. Okres wojen szwedzkich, choć nie przyniósł poważniejszych strat wewnątrz kościoła, to z pewnością był czasem stagnacji. W latach 1629-1635 świątynię zamkową użytkowali kalwini, na co zezwolił margrabia Zygmunt Hohenzollern, namiestnik elektora brandenburskiego, który czasowo wziął w zastaw kilka miast Prus Królewskich. W 1644 r., w wyniku zaprószenia ognia fajerwerkami wiwatowymi na cześć Władysława IV Wazy, spłonął dach nad kościołem.
Dopiero wieloletnie starania jezuitów o pozyskanie świątyni przyniosły zasadnicze zmiany jej funkcjonowania i wyglądu. W 1654 r. Jan Kazimierz wydał przywilej Ojcom Towarzystwa Jezusowego na użytkowanie kościoła i kaplicy św. Anny. Formalne przekazanie tych przestrzeni Zamku Wysokiego nastąpiło jednak dopiero niemal dwanaście lat później. W 1675 r. dokonano rekonsekracji świątyni. W jej wnętrzu znajdowały się cztery małe ołtarze (zapewne z przełomu XVI i XVII w.) oraz główny ołtarz, opisany w Rewizji z tego roku, jako wielki krzyżacki. Retabulum to miało zostać przekształcone przez dodanie do niego słynącego cudami średniowiecznego obrazu Beatae Mariae Virginis, przeniesionego ze zniszczonej w czasie potopu kaplicy przy Bramie Mariackiej, prowadzącej od południa do miasta.
Od ostatniej ćwierci XVII w. do końca lat 30. XVIII w. gotycka struktura architektoniczna wnętrza świątyni otrzymała barokowy kostium, uwzględniający zarówno specyfikę sztuki jezuickiej, jak i aktualne trendy artystyczne. Z dawnego krzyżackiego wyposażenia pozostawiono częściowo zachowane przyścienne stalle jednorzędowe, kilka ławek i figury z grupy ukrzyżowania. Wprowadzono nowe retabula ołtarzowe. Pomiędzy 1687 a 1696 r. dla ołtarza głównego wykonano drewnianą architektoniczną dwukondygnacyjną nastawę, malowaną na czarno, ze złoconymi elementami snycerskimi. W jej centrum znalazł się wzmiankowany wizerunek Matki Bożej z Dzieciątkiem. Otrzymał on wówczas srebrną sukienkę i korony, wykonane przez gdańskiego złotnika Andreasa Mackensena (ojca lub syna). Pozostałe cztery ołtarze, rozstawione pomiędzy oknami ścian północnej i południowej we wschodniej partii kościoła, poświęcone były świętym jezuickim: Ignacemu Loyoli, Franciszkowi Ksaweremu, Stanisławowi Kostce oraz Antoniemu Padewskiemu. Ich retabula, istniejące już w 1675 r., były w kolejnych dziesięcioleciach wymieniane lub modernizowane.
I tak w 1738 r. retabula ołtarzy Ignacego Loyoli i Franciszka Ksawerego otrzymały nastawy w stylu regencyjnym – jednokondygnacyjne z sarkofagowymi mensami. W centralnych polach tych bliźniaczych nastaw znajdowały się owalne otwory, otoczone glorią promienistą, pod nimi zaś umieszczono rodzaj cokołu, co może sugerować stałą obecność relikwiarzy ze szczątkami obu jezuickich świętych (zachowane relikty tych nastaw i materiał ikonograficzny nie dają jednak pełnego obrazu ich programu kultowo-ideowego). Umieszczona na południowej ścianie, na wysokości parapetów okien, nieopodal wejścia z krużganków do świątyni, pochodząca z ok. 1670 r. figura założyciela Towarzystwa Jezusowego była najpewniej częścią wcześniejszej nastawy ołtarza poświęconego temu świętemu.
Ponadto sprawiono jeszcze: kazalnicę ze schodami i baldachimem, o sześciobocznym korpusie wspartym na spiralnej kolumience (przy ścianie północnej), prospekt organowy (włączony w strukturę gotyckiej, kamiennej empory zachodniej), dwa konfesjonały i balustradę komunijną. Gotycka grupa ukrzyżowania otrzymała barokową oprawę w postaci drewnianej polichromowanej banderoli z napisem: AMOR MEUS CRUCIFIXUS i tła w formie kotary z wkomponowanymi wyobrażeniami arma Christi.
Zmiany nastąpiły także w kaplicy grzebalnej, która została adaptowana na miejsce pochówków zmarłych członków zgromadzenia. W 1707 r. ukończono jej remont, pobielono ściany i wstawiono ławy. W 1709 r. matka króla Stanisława Leszczyńskiego, Anna z Jabłonowskich, ufundowała dwa retabula do istniejących tam od średniowiecza dwóch ołtarzy. W tym czasie nosiły one patrocinia św. Jana Nepomucena i św. Rocha.
