Maria Klementyna Sobieska poślubiła Jakuba Stuarta zwanego Starszym Pretendentem w atmosferze awantury, spisku, ale zarazem romantycznej miłości. Początkowo małżeństwo układało się poprawnie. Mąż wydawał się czuły i opiekuńczy, ale wkrótce zaczęły narastać nieporozumienia. Ich powodem stały się między innymi różnice charakteru obojga małżonków. Jakub był człowiekiem raczej melancholijnym i zamkniętym w sobie. Poczucie godności połączone ze skłonnością do introwertyzmu czyniło z niego osobę lubiącą żyć w wąskim gronie członków emigracyjnego dworu, których zwykł uważać za swoich przyjaciół. Byli to ludzie wątpliwej reputacji – James Murray earl Dunbar i jego szwagier John Hay earl Inverness z żoną Marjorie. Im ufał i to do nich zwracał się ze swoimi problemami. Tymczasem Maria Klementyna była pogodna, otwarta, łatwo i chętnie nawiązywała znajomości, ale akurat tej trójce nie ufała i nie zdobyła ich serc. Inną przyczyną nieporozumień małżeńskich była kwestia niewypłaconego posagu Marii Klementyny.
W 1720 roku Maria Klementyna była w ciąży. Znosiła ją nieźle, choć zdarzały się chwile pełne niepokoju. Na świat przyszedł książę Walii Karol Edward. Listy regularnie pisywane przez Marię Klementynę do ojca wskazują, że szybko wracała do sił. Jej obowiązki królowej nie były rozległe i nie pochłaniały całej jej energii, zatem opiece nad synem poświęcała wiele czasu.
Mówiono, że w 1724 roku po raz pierwszy zdarzyło się Marii Klementynie stracić panowanie nad sobą. Miała nagle i bez porozumienia z mężem opuścić Rzym i schronić się w uzdrowisku w Lukce, pod pretekstem ratowania zdrowia. Jednak Maria Klementyna była wówczas naprawdę chora. Jesień tego roku spędziła w Albano, a po powrocie do Rzymu długo nie opuszczała łóżka, nie mogąc nawet wiele pisać. Była znowu w ciąży. W marcu 1725 roku przyszedł na świat drugi syn – Henryk Benedykt, diuk York. Wrzesień Maria Klementyna spędziła znowu w Albano. Oczekiwała na przyjazd ojca, który obiecywał, że ją odwiedzi. Trudno powiedzieć, czy rzeczywiście miał taki zamiar, czy też łudził córkę obietnicą wizyty. Maria Klementyna oczekiwała go z wielką niecierpliwością, ale w październiku dowiedziała się, że ojca nie zobaczy, więc powróciła do Rzymu.
Właśnie wówczas zaczęły się poważne problemy. Zagniewana na męża Maria Klementyna napisała doń list, w którym tłumaczyła, że nie jest w stanie dłużej tolerować sytuacji, w jakiej się znalazła. Jako argumenty podawała przede wszystkim odebranie jej bezpośredniego nadzoru na synami i powierzenie ich wychowania państwu Hayom i Jamesowi Murrayowi, których szczerze nie cierpiała. Twierdziła przy tym, że decyzja o przekazaniu opieki nad dziećmi podjęta została przez Jakuba arbitralnie i bez porozumienia z nią, mimo że już wcześniej dawała mu do zrozumienia, że uważa towarzystwo tych właśnie ludzi za nieodpowiednie nie tylko dla samego króla, lecz przede wszystkim dla stosunków pomiędzy nią i mężem. Oskarżała ich o zły wpływ na Stuarta, twierdząc, że odgrywają u jego boku dużo ważniejszą rolę niż ona sama. Nie było w tych zarzutach ani słowa na temat zdrady króla, czego zwykle się dopatrywano. Maria Klementyna żądała jedynie miejsca, jakie przysługiwało jej jako małżonce i władczyni na tym mikroskopijnym dworze. Zwróciła się więc do kardynała Alberoniego, wiedząc, że Jakub ma do niego zaufanie, i oczekując, że pomoże on w ich kłopotach i będzie ją reprezentował. Ponieważ mąż nie odpowiedział na ten list, schroniła się w klasztorze. Małżonkowie zaczęli się porozumiewać przez pośredników. Maria Klementyna czuła się samotna i niezrozumiana. Oburzał ją wpływ Haya na męża. Nie mogła się zgodzić, by jej dzieci wychowywali ludzie tak nieodpowiedni. Wzywała małżonka, by zachował się względem niej zgodnie z jej pozycją i pochodzeniem, przypominając, że zawsze była mu posłuszna i traktowała go z szacunkiem. Zapewniała także, że nie ulegała wpływom panny Sheldon, co jej zarzucano.
W liście do ojca Maria Klementyna tłumaczyła, że mąż zakazał jej widywania dzieci bez zezwolenia, nie mogła też pozostawać z nimi sama. Ponadto małżonek zarzucał jej złe wychowanie i działanie na szkodę Stuartów w porozumieniu z dworem hanowerskim (sic!). Podkreślała też, że jedynym powodem podjęcia przez nią tak drastycznych kroków jest pragnienie widywania dzieci. Czara goryczy przelała się, gdy Jakub na oczach całego dworu zabronił jej wstępu do swoich komnat. Skarżyła się, że mąż chce być panem dzieci i rodziny, a ją poniża i ubezwłasnowolnia, sam pozostając pod wpływem niechętnych jej ludzi.
O swej sytuacji poinformowała kardynałów i papieża, którzy stali całkowicie po jej stronie, obiecywali porozmawiać z królem i wpłynąć na jego zachowanie. Listy tłumaczące ten krok Maria Klementyna skierowała także do elektora Trewiru, swego wuja, i królewicza Konstantego, swojego stryja. Wkrótce napisała również do cesarza oraz hiszpańskiej pary królewskiej.
Zdaniem Marii Klementyny wszyscy w Rzymie aprobowali jej postępowanie. Dodawała przy tym, że stosunki między nią a Stuartem na razie nie uległy całkowitemu zerwaniu, i miała nadzieję zobaczyć dzieci w Albano. Kontakt z synami był dla Marii Klementyny ważnym łącznikiem z jej dotychczasowym życiem i powodem, dla którego podtrzymywała relację z mężem.
W odpowiedzi na postępowanie Marii Klementyny, Hay opublikował manifest Stuarta. Przyczynił tym kłopotów swemu panu, ponieważ wszyscy gorąco współczuli Marii Klementynie, a zachowanie jej męża uznali za niegodne.
Królewicz Jakub próbował pomóc córce, zalecając jej wielką ostrożność i rozwagę w postępowaniu. Jednak Maria Klementyna informowała go o upokorzeniach, jakich doznała na dworze męża, i dodawała z godnością: „Nie mogę zapomnieć, że jestem twoją córką i wnuczką króla Jana. Gdybym nie zareagowała, sprzeciwiłabym się pozycji i urodzeniu, będąc złączona z tak wieloma władcami Europy”. Zdaniem Stuarta w domu ojca otrzymała zgoła nieodpowiednie wychowanie i wykształcenie. Inne zarzuty, jakie jej stawiano, mówiły, że jest pozbawioną zdrowego rozsądku kobietą o niskiej duszy. Martwiła się, że mąż nigdy jej nie ufał i stale oskarżał o kaprysy, podczas gdy ona chciała żyć w sposób odpowiedni dla księżniczki z jej pozycją. Prosiła ojca, by nie mieszał się do tej smutnej sprawy, którą oddała w ręce papieża. Dodawała też, że od początku swego małżeństwa prowadziła dziennik, w którym zanotowała wszystko, co działo się w jej domu. Obiecała wysłać te papiery ojcu, ale błagała jednocześnie, by nigdy nie ujawnił ich zawartości. Miał się dowiedzieć o wszystkich przykrościach, jakich Maria Klementyna doznała w domu męża, i wielkiej cierpliwości, z jaką je znosiła. Niestety dziennik ów, jeżeli rzeczywiście istniał, nie zachował się w dokumentach pozostałych po królewiczu Jakubie.
Maria Klementyna twierdziła, iż grożono jej procesem opartym na prawie angielskim, zgodnie z którym żona nie może opuścić domu męża, chyba że jest bita. Była świadoma tego zagrożenia, ale nie przejęła się nim. Wierzyła, że papież nie dopuści do takiego procesu.
Spory w rodzinie królewskiej uaktywniły całe emigracyjne życie angielskie. Publikowano listy Marii Klementyny do rodziny Mar, które miały świadczyć, iż to oni inspirowali decyzję królowej. Maria Klementyna zaprzeczała, by prowadziła z kimkolwiek korespondencję w sprawie swoich kłopotów małżeńskich.
Wkrótce córka Jakuba Sobieskiego otrzymała listy od hiszpańskiej pary królewskiej. Elżbieta Farnese była pełna współczucia i przyjaźni, a Filip V zamierzał poinformować Stuarta o swej dezaprobacie dla jego postępowania. Bourbon uważał, że Maria Klementyna jest źle traktowana w domu męża. Korespondencja ta stanowi wstrząsające świadectwo wpływów Marii Klementyny z jednej strony i słabej pozycji samego Stuarta z drugiej. Bourbon pouczał Jakuba III, że królowie są zobligowani do życia według określonych zasad. Oddalenie żony danej od Boga i przedkładanie nad nią protestantów było, jego zdaniem, karygodne. Tym bardziej zaś narażanie syna na popadnięcie w herezję. Król hiszpański wątpił, by ludzie mącący w sprawach rodzinnych Jakuba mogli być użyteczni politycznie. Gdyby jednak byli mu nieodzowni, należało umieścić ich gdzie indziej, z dala od domu i zaniepokojonej Marii Klementyny. Bourbon doradzał Jakubowi III przeanalizowanie sposobu, w jaki traktuje małżonkę i zastanowienie się, czy szanuje ją dostatecznie. Wreszcie wyrażał wątpliwość, czy w tej sytuacji istnieje nadzieja na odzyskanie tronu. Do surowego tonu Filipa V dołączyła się jego małżonka. Broniła postawy Marii Klementyny, pisząc: „ona nie miała jednego powodu, ale tysiąc”, by opuścić dom. Doradzała Jakubowi III przepędzenie oszustów. Nalegała, by pozostawał w przyjaźni z żoną, która jest pełna mądrości i cnoty, a wymaga odpowiedniego traktowania. Zarzucała Stuartowi, że trzyma u swego boku mizernych, nic niewartych ludzi, którzy w żadnym wypadku nie pomogą mu w odzyskaniu tronu, a odsuwa swoją królową. Podkreślała, że oddał im w ręce syna, narażając jego dobra duchowe i ziemskie z naruszeniem praw Marii Klementyny. List kończyła stwierdzeniem, że to Jakub jest przyczyną skandalu, i zagroziła wycofaniem politycznego poparcia króla hiszpańskiego dla sprawy Stuartów. Zwracając się do Marii Klementyny, Elżbieta Farnese doradzała jej poddanie się woli papieża. Zachęcała do powrotu do męża, gdy tylko oddaleni zostaną z dworu jej wrogowie. Przestrzegała, że po powrocie ma wymagać dla siebie szacunku i należytego traktowania ze strony męża oraz respektu ze strony domowników. Wreszcie pisała, by Maria Klementyna zażądała pieniędzy dla siebie, niezależność finansowa bowiem może stać się podstawą jej wolności.
U progu 1726 roku Jakub napisał do żony, że na całej aferze cierpią ich interesy polityczne. Zarzucał jej uległość wobec niechętnych mu ludzi. Wreszcie twierdził, iż nigdy nie przedstawiła mu żadnych konkretnych zarzutów pod adresem jego doradców, a tymczasem są oni niezbędni, gdyż posiadają całą jego korespondencję polityczną. Tłumaczył także, że wyznaczając earla Inverness wychowawcą Karola Edwarda, nie chciał jej sprawić przykrości. Był przekonany, że to jej nie przeszkadza, a chciał, by syn pozostawał pod opieką człowieka bliskiego i zaufanego. Obiecywał spełnić jej żądania i nalegał, by w przyszłości częściej przedstawiała swe życzenia.
W odpowiedzi Maria Klementyna zarzucała mężowi, że przed światem chce udawać niewinnego. Nie wierzyła, by nie dostrzegał, jak nieprzyjaźni ludzie jątrzyli w ich małżeństwie. Dla niego zawsze bardziej liczyli się inni, a nie własna małżonka. „Prosiłeś, bym wszystko znosiła spokojnie i tolerowała, i cierpiała dla dobra naszej sprawy”. Najbardziej bolała ją opieka earla of Inverness nad Karolem Edwardem i straszliwy zarzut o jej współpracę z elektorem. Twierdziła, że lady Inverness mogła całe dnie spędzać w prywatnych pokojach króla i ich syna, a ona – żona i matka – miała tam ograniczony dostęp. Wreszcie atakowała jego zaufanie do earla Dunbar, pytając, jak Jakub III mógł powierzyć całość korespondencji jednemu tylko człowiekowi. Skoro jest on godzien zaufania, dlaczego nie można go teraz oddalić, czyżby Jakub bał się zdrady? Z jakiego powodu ten akurat człowiek jest tak niezastąpiony? Pytała brutalnie, gdzie się podziały stosunki Murraya, cóż on takiego czyni, by pomóc Stuartom odzyskać tron, gdzie są jego agenci polityczni, na jakich dworach cieszy się poparciem, zaufaniem i posłuchem? Ilu ludzi porzuciło służbę u Jakuba III z powodu działań tegoż człowieka? To zazdrośnik i obłudnik. Jej małżonek ma tylu opuszczonych poddanych, czy nie zdoła znaleźć nikogo, kto zastąpi earla Dunbar, czy musi pozostawać w niewolniczej zależności od tego człowieka? Jeżeli to człowiek ducha, serca i rozumu, to może iść w świat z jedną monetą w kieszeni i z pewnością nie zginie. Wreszcie dodawała, że choć przez Murraya i Hayów ona odeszła, Jakub III wyróżnił ich publicznie orderem św. Andrzeja, wywołując tym powszechne dyskusje w całym Rzymie, a ją przyprawiając o gorzkie łzy nad nieszczęściem rodziny. Pragnęła, by Bóg pomógł królowi w wyborze odpowiedniego guwernera dla ich syna, dla dobra wszystkich, także jego poddanych. Modliła się, by Karol Edward znalazł w nim przyjaciela i ojca. Odeszła do klasztoru, zdając sobie sprawę, że źli ludzie znaczą dla niego więcej niż ona sama. Zapowiedziała, że to jej ostatni list. Zarzuty, jakie postawiła mężowi, oraz jej ocena ludzi z otoczenia Jakuba były surowe, ale wydają się trzeźwe. Korespondują też z wcześniejszymi słowami Stuarta i wystawiają złą ocenę jego umiejętnościom, zarówno na polu dyplomacji, jak i zwykłej znajomości ludzi. W tej dziedzinie Maria Klementyna wykazała się znacznie lepszym osądem i umiejętnościami, które być może warte były wykorzystania. Tymczasem jej mąż robił wszystko, by odsunąć ją od polityki.
Wiosną 1726 roku earl Inverness nadal przebywał na dworze mimo solennych obietnic Jakuba, który miał go oddalić. Próbował też naciskać na żonę, nie tylko nie zezwalając jej na spotkania z synami, ale nawet nie informując o stanie ich zdrowia. Zarzucał Marii Klementynie, że jest nieposłuszna i nie okazuje mu szacunku. Zapraszał ją do domu, twierdząc jednocześnie, że widocznie wcale nie chce zobaczyć dzieci, skoro nie wraca. Królowa pocieszała się jednak, że wielu naciska na Jakuba, by oddalił jej wrogów. W sierpniu młodszy książę Henryk poważnie zachorował i, zdaniem Marii Klementyny, lady Inverness nie umiała zaopiekować się nim wystarczająco dobrze, tym samym król poświęcał życie dzieci dla kaprysu, co miało wywołać poruszenie w całym mieście.
Ostatecznie pod koniec września królowa zobaczyła dzieci. Przywiózł je sam Jakub, a małżeństwo Hayów zostało oddalone. Maria Klementyna odniosła sukces, ale po niemal rocznej walce czuła się zmęczona fizycznie i wyczerpana psychicznie. Wcale nie była pewna, czy chce wracać na dwór. W grudniu papież trzykrotnie prosił, by wzięła udział w uroczystościach kościelnych. Próbował ją aktywizować i zachęcał do podjęcia normalnego życia. Początkowo Sobieska odmawiała, ale Benedykt XIII nakazał jej pojawienie się w kościele i gdy to uczyniła, została owacyjnie powitana. Tuż przed świętami Bożego Narodzenia do klasztoru przybył ponownie Jakub III i przywiózł jej 6 tysięcy liwrów ofiarowanych specjalnie dla niej przez papieża. Było to szpilkowe dla Marii Klementyny, wypłacone Stuartom, oprócz 20 tysięcy, które Jakub dotąd otrzymywał z kurii.
Stuartowie mieli wówczas wyjechać do Bolonii. Maria Klementyna zwlekała, ponieważ – jak głosiły plotki krążące po Rzymie – groziło jej porwanie przez wysłanników hanowerskich. Gdy dotarła do rodziny, podjęła wszystkie dawne obowiązki. Najlepszym dowodem na unormowane życie małżeńskie była ciąża, w którą zaszła Maria Klementyna. Jakub Stuart informował o tym Jakuba Sobieskiego, ale najwyraźniej skończyło się poronieniem, ponieważ na świat nie przyszło kolejne dziecko. Najważniejsze, że załatwiono sprawę niewypłaconej dotąd części posagu Marii Klementyny, a więc załagodzono i tę przyczynę nieporozumień małżeńskich.
Wydarzenia z dworu Stuartów wciąż wywołują emocje wśród historyków. W literaturze, zwykle nieprzychylnej Marii Klementynie, podkreśla się, jak wielkie straty jej ucieczka przyniosła Stuartom. Jednakże to sam Jakub i jego otoczenie narobili w tej sprawie wiele hałasu. Postawę Marii Klementyny interpretowano jako załamanie psychiczne, czasem łącząc je z ewentualną depresją połogową. Tymczasem jej listy kierowane do ojca są całkowicie logiczne, pełne trzeźwych uwag i spostrzeżeń na temat sytuacji, w jakiej się znalazła. Informowała ojca o wszystkich wydarzeniach, które miały miejsce, ale zarazem nalegała, by nie wtrącał się on w jej małżeństwo. Zapewne zdawała sobie sprawę, że choć królewicz będzie jej przychylny, jednak gotów byłby pójść na ustępstwa i dążyć do jej porozumienia z mężem za wszelką cenę. Tymczasem sama Maria Klementyna nie była do ustępstw skłonna. Zgłosiła pod adresem męża wyraźne żądania i oczekiwała ich spełnienia.
Wielu badaczy obarcza Marię Klementynę winą za szkodzenie swą postawą sprawie Stuartów. Jej małżeństwo otoczone nimbem romantycznej miłości budziło zachwyt, ucieczka zaś z domu pozbawiła je tej czarownej otoczki. Jednak sprawa Stuartów od dawna była pogrzebana, a ich powrót na tron angielski – niemożliwy. Żadna legenda, żaden cudowny związek małżeński nie mógł tego zmienić. Natomiast oskarżenia pod adresem Marii Klementyny są próbą obarczania jej odpowiedzialnością, której wcale nie ponosiła.
