21 października 1699 roku Jadwiga Elżbieta, żona królewicza Jakuba Sobieskiego powiła syna. Dano mu imiona Jan Józef Kajetan Antoni Innocenty Franciszek Ludwik Kazimierz. Do chrztu trzymali go kuzyn Jakuba Ludwik, markiz de Béthune, oraz Karolina z Piastów, księżna holsztyńska. Dziecko było jednak bardzo słabe i 3 listopada 1700 roku zmarło. Wkrótce Jadwiga Elżbieta była znów brzemienna i pojawiła się nowa nadzieja na dziedzica sławnego nazwiska. Jednak 17 lipca 1701 roku na świat przyszła czwarta córka. Obecny wówczas w Oławie królewicz Konstanty pisał, że najstarszy brat nie umiał ukryć swego rozczarowania. Ten list oraz kilka innych niedawno ujawnionych dokumentów potwierdziło, że „królewnisia” urodziła się na Śląsku w 1701 roku, gdyż wcześniej krążyła wersja, iż stało się to rok później w Italii. Dziewczynka otrzymała imiona Maria Klementyna Ludwika Franciszka Dorota Teresa Konstantyna Józefa Amalia.
Liczne córki były rozczarowaniem i zmartwieniem, gdyż w przyszłości wymagały posagów, a dla odsuniętych od tronu Sobieskich nie stanowiły kapitału politycznego, jak dziewczęta urodzone w rodzinach królewskich. Próbując podtrzymać na duchu zrezygnowanych rodziców, królowa-wdowa Maria Kazimiera pisała, że Bóg nie zawsze spełnia ludzkie plany, gdyż widzi więcej: „Człowiek prosi Boga o syna, który ma być jego pociechą, a ten staje się prześladowcą i przyczyną ruiny rodu”, tymczasem córki bywają wsparciem rodziny – tu wskazywała na cesarzową Eleonorę, wielką podporę swych krewnych. Słowa te okazały się prorocze. Maria Klementyna nie tylko stała się ulubienicą ojca, ale również wielkim wsparciem dla swych starszych sióstr. Został jej przeznaczony los pod każdym względem szczególny.
Na temat dzieciństwa Marii Klementyny Sobieskiej niemal nic nie wiadomo, poza tym, że wyglądem przypominać miała Menonkę, dawno zmarłą córeczkę pary królewskiej. Trudno powiedzieć, czy była to opinia królewicza Jakuba – czy mógł pamiętać dokładnie rysy siostry zmarłej, gdy on sam miał dziesięć lat – czy Marii Kazimiery, powzięta na podstawie jakiegoś portretu wysłanego do Rzymu. Menonka była ulubienicą rodziny, a zwłaszcza Jana III, i być może to podobieństwo, nie wiadomo czy tylko fizyczne, czy także w zachowaniu, spowodowało, że „królewnisia” stała się szybko ulubienicą otoczenia. Zapewne nie bez znaczenia było i to, że Maria Klementyna pozostała najmłodszym dzieckiem w rodzinie. Ostatnia córka królewiczostwa, Maria Magdalena (urodzona w 1704 roku), zmarła w dniu urodzin. Jadwiga Elżbieta była jeszcze później brzemienna, ale o dzieciach już nie pisano.
W 1718 roku w Oławie pojawił się wysłannik Jakuba Stuarta, pretendenta do tronu Szkocji i Anglii, wędrujący jakoby po dworach europejskich w poszukiwaniu kandydatki na żonę dla swego pana. Z opisu, który pozostawił, wynika, iż Maria Klementyna od razu najbardziej mu się spodobała, a i otoczenie właśnie ją zalecało do małżeństwa, mimo iż jej starsze siostry nie były jeszcze zamężne. Pomiędzy Stuartami a Sobieskim od kilku lat trwała już wymiana korespondencji, a choć początkowo dotyczyła ona najstarszej „królewnisi”, to niemal niepostrzeżenie zaczęło pojawiać się w niej imię najmłodszej. Toteż gdy Jakub Stuart wyraził zainteresowanie małżeństwem, mowa była już tylko o Marii Klementynie.
W 1719 roku podpisano kontrakt małżeński i „królewnisia” wraz z matką ruszyły do Italii na spotkanie z narzeczonym. Doradcy Stuartów zalecali szybką podróż i zachowanie ścisłego incognito, ale Sobiescy nie posłuchali i orszak został na polecenie cesarza zatrzymany w Innsbrucku. Tym samym Karol VI wypełnił żądania Jerzego hanowerskiego obawiającego się, że małżeństwo z bogatą, jak głosiła fama, dziedziczką sławy króla Jana III, przez matkę Jadwigę Elżbietę świetnie skoligaconą z wieloma dworami europejskimi, wzmocni pozycję i roszczenia Stuartów. Mimo akcji dyplomatycznej prowadzonej przez ojca i narzeczonego w całej Europie „królewnisi” nie udało się uwolnić. W kwietniu Maria Klementyna uciekła jednak z więzienia z pomocą wysłannika Stuarta. Nie jest jasne, czy cesarz nie patrzył na tę akcję przez palce, ale wyciągnął dla siebie bezpośrednią korzyść i za karę nakazał Jakubowi Sobieskiemu opuścić Oławę. Maria Klementyna podążyła do Italii, gdzie zawarła ślub per procura i czekała na Jakuba Stuarta, który przebywał w Hiszpanii, licząc, iż z pomocą Filipa V zdoła odzyskać swój tron. Akcja spełzła na niczym, a Jakub powrócił do Italii. Początkowo oboje małżonkowie byli sobą zachwyceni.
W tym czasie i jeszcze długo potem sen z powiek Marii Klementyny spędzały dwie kwestie: tułaczka wygnanego z Oławy ojca i zamążpójście jej starszych sióstr. Zarówno listy królowej, jak i jej męża pełne są pytań o miejsce pobytu i samopoczucie królewicza Jakuba. Oboje czynili wysiłki w kurii papieskiej, by pomóc Sobieskiemu w powrocie do domu. Obok tego przeczytać można o ciągłych staraniach pary królewskiej, by znaleźć kandydatów do małżeństwa z nie najmłodszymi „królewnisiami”, a jednocześnie zainteresować tymi propozycjami królewicza, najwyraźniej niechętnego tym tematom. Skąd brała się ta postawa Sobieskiego, nie wiadomo. Podejrzewano, iż chce zatrzymać starsze córki w domu, by dziedziczką całej swej fortuny uczynić Marię Klementynę i jej potomstwo. Jednak można też uznać, że królewicz potrafił długo zwlekać z podejmowaniem decyzji. Prawdopodobnie jedyną, którą podjął naprawdę szybko, była ta o małżeństwie Marii Klementyny, a i potem – gdy pojawiły się kłopoty – zaczął się wahać i trudno mu było wytrwać w zgodzie, którą dał na ten związek. To raczej upór i zdecydowanie „królewnisi”, podtrzymywanej na duchu przez Jakuba Stuarta i Klemensa XI, doprowadziły do finalizacji tego mariażu.
U schyłku 1720 roku Maria Klementyna urodziła pierwszego syna i dziedzica dynastii, Karola Edwarda. To także był cel tego małżeństwa – narodziny księcia Walii miały wlać w serca poddanych Stuartów nową nadzieję i ożywić ich oddanie dla sprawy powrotu dawnej dynastii na tron. W marcu 1725 roku na świat przyszedł kolejny syn pary królewskiej, Henryk Benedykt. Właśnie wówczas zaczęły się poważne kłopoty. Latem tego roku Jakub Stuart wyznaczył na opiekunów swoich synów dwóch protestantów. Karol Edward miał niemal pięć lat, można więc było rozważyć jego przejście pod opiekę mężczyzn, ale Henryk Benedykt był jeszcze oseskiem, toteż bezpośrednią opiekę nad nim powierzono kobiecie, której Maria Klementyna nie lubiła, a w jej zdolności opiekuńcze nie wierzyła. Ponadto Stuart wyraźnie zalecił, by królowa mogła odwiedzać dzieci tylko za jego lub opiekunów zgodą oraz by nie spotykała się nimi sam na sam. Tego było zbyt wiele. Oburzona matka zaprotestowała, żądając rozmowy z małżonkiem. Sprzeciwiła się odebraniu jej praw macierzyńskich, ale także izolowaniu jej na dworze, gdzie król otaczał się bliskimi sobie, a niechętnymi swej małżonce osobami. Maria Klementyna napisała do męża list, na który zareagował szokująco – zamiast rozmówić się z żoną, odwołał się do swoich doradców.
Widząc bezradność małżonka, Maria Klementyna opuściła dwór i schroniła się w klasztorze św. Cecylii na Zatybrzu. Stamtąd prowadziła korespondencję z mężem, nie zważając na jego zarzuty, jakoby działała pod wpływem wrogich mu osób i szkodziła jego dobremu imieniu (niektórzy sądzili, że przyczyną awantur była zdrada ze strony Jakuba Stuarta, o co Maria Klementyna nigdy go nie oskarżała). Doradcy króla popełnili błąd, co zresztą poświadcza ich nieudolność, i pragnąc wskazać Marię Klementynę jako winną zamieszania, opublikowali manifest, w którym przypisali jej nierozważne działania i właśnie oskarżenia o zdradę ze strony męża. Konflikt, którym żył Rzym i który martwił mocno Ojca Świętego, stał się tym samym znany w całej Europie. Maria Klementyna odwołała się do dworów hiszpańskiego, francuskiego i cesarskiego, przedstawiając się jako skrzywdzona małżonka i matka. Podkreślała też, że jej mąż ulegał wpływom złych i wrogich jej doradców. Doczekała się wsparcia z Hiszpanii. Elżbieta Farnese stanęła po stronie Marii Klementyny i zarzuciła Jakubowi Stuartowi złe traktowanie żony; sekundował jej Filip V. To właśnie królowa hiszpańska doradzała Sobieskiej, by zastanowiła się, czy chce żyć z dala od swoich synów, ale jednocześnie zalecała, by – jeżeli Maria Klementyna zechce wrócić na dwór męża – uczyniła to na własnych warunkach: między innymi, by domagała się niezależności finansowej. Również z Francji nadszedł list, w którym uznano, że Maria Klementyna powinna wrócić do męża, ale uprzednio Stuart musi oddalić niechętne jej osoby.
O swoich kłopotach królowa informowała ojca, obawiała się bowiem, iż dowie się on wszystkiego z gazet. Trzeba jednak podkreślić, że większość prasy dyskretnie milczała i trudno się było z niej dowiedzieć czegokolwiek na temat awantur na dworze Stuartów. Maria Klementyna nie życzyła sobie, by ojciec wtrącał się w jej sprawy. Słusznie przewidywała, iż królewicz nakaże jej potulny powrót do męża, a tego w żadnym razie nie chciała. Rzeczywiście królewicz doradzał córce, by – nie stawiając warunków – pogodziła się z małżonkiem. Tłumaczył także, iż nawet kobieta o jej pozycji nie powinna oczekiwać od męża podporządkowania się jej pragnieniom. Napisał także do Jakuba Stuarta, próbując wbrew woli córki pośredniczyć pomiędzy nią a jej mężem. Nie ulega wątpliwości, że bał się kary, jaka może spotkać Marię Klementynę. W swoim liście królowa zapewniała ojca, iż jest świadoma odpowiedzialności, ale woli karę niż powrót do piekła, jakim stał się dla niej dwór.
W sporze małżeńskim po stronie Marii Klementyny stanął również papież, dla którego opieka protestantów nad księciem Walii była nie do przyjęcia. Ojciec Święty przychylił się do opinii, iż niezależna kobieta powinna mieć własne pieniądze, i wyznaczył Marii Klementynie określoną kwotę, którą królowej zawieźć miał jej małżonek, co było okazją do spotkania tych dwojga, ale i upokorzeniem dumnego i upartego Stuarta.
Ostatecznie po dwóch latach sporu Maria Klementyna zdecydowała się na powrót na dwór męża. W tym czasie Jakub wraz z synami przeniósł się do Bolonii i właśnie tam, choć z pewnym opóźnieniem, podążyła Maria Klementyna. Jeszcze zanim tam dotarła, Benedykt XIII zażądał, by podjęła obowiązki publiczne. Początkowo królowa próbowała odmówić temu życzeniu, ale pod wpływem nalegań papieża pojawiała się na uroczystościach religijnych.
Najwyraźniej po tak długim rozstaniu z rodziną nie było jej łatwo odnaleźć się na dworze. Podjęła chyba normalne obowiązki, gdyż z jednego z listów Jakuba Stuarta do Jakuba Sobieskiego wynika, że spodziewała się dziecka, jednak albo była to pomyłka, albo ciąża skończyła się poronieniem. Wygląda na to, że już wcześniej, w 1723 roku, zdarzyła się podobna sytuacja. Oznaczenie ciąży w wypadku Marii Klementyny, podobnie jak Jadwigi Elżbiety, nie było łatwe. Prawdopodobnie pojawiały się u nich pierwsze zmiany sugerujące brzemienność – zanik miesiączki, może powiększenie brzucha i piersi, złe samopoczucie – a później objawy mijały i trudno określić, czy były to efekty jakiejś choroby, czy rzeczywiste ciąże kończące się poronieniem. U progu 1720 roku królowa zauważyła takie właśnie zmiany i uznano, że spodziewa się dziecka. Z przekazów wynika, że ciąża rozwijała się normalnie, a jesienią – gdy dziecko powinno już przyjść na świat – medycy wskazali termin porodu za dwa miesiące i tym razem się nie pomylili – Karol Edward urodził się w ostatnim dniu grudnia tego roku. Ciąża nie może trwać rok, zatem albo jej oznaczenie na początku roku było kompletną pomyłką, albo Maria Klementyna poroniła, czego nawet nie odnotowano, i natychmiast znów zaszła w ciążę, co musiało się stać mniej więcej w marcu. Zatem i później mogła zajść podobna sytuacja – najważniejsze jest jednak to, że skoro podejrzewano brzemienność, to para królewska nawiązała relacje małżeńskie.
W ostatnich latach życia królowa poświęciła się przede wszystkim dewocji i działalności charytatywnej. W broszurze wydanej po jej śmierci odnotowano, że z czasem pogrążyła się w melancholii, kontemplacji i ascezie. Spała niewiele, wstawała o świcie, ubierała się zazwyczaj bez asysty, kilka razy dziennie uczestniczyła w mszy świętej. Właściwie zrezygnowała z królewskiego trybu życia. Cały swój czas poświęcała modłom i niesieniu pomocy najbiedniejszym. Nigdy i wobec nikogo nie była szorstka ani arogancka, każdy znajdował u niej pomoc i nikt, kto do niej się zwrócił, nie odchodził z pustymi rękami. Była autorytetem, a jeżeli coś obiecywała, to dotrzymywała słowa. W Rzymie zorganizowała jadłodajnię (Sagra Mensa, czyli świętą stołówkę), w której udzielała się trzy razy w tygodniu. Regularnie odwiedzała również szpitale. Cały czas wolny od działalności charytatywnej spędzała w kościołach, zachodziła też do różnych klasztorów. Ta działalność, wykraczająca poza zwykłe obowiązki monarchini, i tryb życia daleki od królewskiego bardzo ją osłabiły; chodziła już wówczas, podpierając się laską. Mając niewiele ponad 30 lat, zaczęła mieć problemy z żołądkiem: jadła coraz mniej, gdyż natychmiast po posiłku odczuwała bóle brzucha i wymiotowała, przez co słabła. Jadała tylko raz dziennie, a wina jedynie kosztowała. Jej posiłki pod koniec życia to kilka łyżek zupy jarzynowej, gotowana sałata i jabłko, a wieczorem jajko. Jednak nie dawała po sobie poznać, że cierpi, chociaż wciąż przygotowywała się na śmierć. Była bardzo dzielna i cierpliwie znosiła chorobę.
Jej agonia zaczęła się 5 stycznia 1735 roku. Królowa kazała odprowadzić się do sypialni i wezwała spowiednika. Długo z nim rozmawiała, zapewniając, że nie boi się piekła. Poprosiła, by podać jej krucyfiks i różaniec. Z żalem wspominała też wydarzenia związane z jej odejściem, a potem powrotem na dwór męża. Kilka godzin później wezwała spowiednika raz jeszcze, ale nie miała już siły, by wysłuchać mszy, jednie na chwilę wstała z łóżka, gdy usłyszała dzwony z sąsiedniej bazyliki Dwunastu Apostołów, wtedy też przyjęła ostatnią komunię. Do apartamentu przyszły wówczas damy, które cicho modliły się, a potem rozmawiały z królową. Następnie konająca dziękowała Bogu, domownikom oraz służbie i przepraszała ich za wszystko. Na życzenie Marii Klementyny przyprowadzono jej synów, których pobłogosławiła i pożegnała; potem przyszedł Jakub Stuart, którego również pożegnała i prosiła, by dobrze wychował obu książąt. Zapewne to właśnie najbardziej leżało jej na sercu. Od tej pory nie przyjmowała już jedzenia. Nie zdołała też pójść na mszę, choć bardzo tego pragnęła. Nie opuszczała łóżka, spędzając czas na medytacji, lekturze, a dla odrobiny rozrywki słuchała także recytacji i śpiewów. Robiła tak przez następne dni pomimo nalegań otoczenia i zapewne medyków, by jak najwięcej odpoczywała.
Wieści o agonii królowej krążyły po mieście – interesowała się nimi cała rzymska społeczność. Modlono się za nią we wszystkich kościołach. W okolicy pałacu Muti gromadzili się ludzie, którzy płakali i wypytywali o jej stan. Papież ciągle dowiadywał się o zdrowie Marii Klementyny; przysłał też kardynała Giovanniego Antonia Guadagniego, którego królowa zapewniła o swoim przywiązaniu do Ojca Świętego.
Później nie mogła już mówić i nadal nie jadła, ale przeżyła jeszcze niemal dwa tygodnie. Zmarła 18 stycznia w nocy, cichutko szepcząc „Jezu”. Tamtej nocy leżała bez ruchu, przykryta prześcieradłem, w lewej ręce trzymając krucyfiks. W ostatniej chwili wzniosła oczy ku niebu, chciała podnieść rękę i w tym momencie umarła. Damy umyły i przebrały ciało, a potem powiadomiono o śmierci Marii Klementyny Jakuba Stuarta. Do sypialni zmarłej przybywali też duchowni, by oddać jej ostatni hołd.
W nocy z 19 na 20 stycznia przy świetle pochodni ciało przeniesiono do powozu ozdobionego krzyżem i cały dwór odprowadził je do kościoła Dwunastu Apostołów. Złożono je na katafalku, a w zamkniętym kościele odprawiono prywatne egzekwie. Później zwłoki egzenterowano i wyjęto serce, które spoczęło w tej bazylice. Następnie kościół otwarto, a ludzie licznie przybywali z ostatnim pożegnaniem.
Zorganizowany na życzenie papieża pogrzeb odbył się 10 lutego tego roku i miał charakter niezwykle uroczysty. Zwłoki przeprowadzono z bazyliki Dwunastu Apostołów do Bazyliki św. Piotra. Konduktowi żałobnemu przypatrywały się wielkie tłumy, a szli w nim reprezentanci pobożnych bractw i towarzystw, liczni zakonnicy, duchowieństwo ze wszystkich kościołów leżących pomiędzy dwiema wymienionymi bazylikami, domownicy i gwardia szwajcarska papieża z kardynałem kamerlingiem na czele oraz członkowie dworu Stuartów i alumni z seminariów angielskiego, szkockiego i irlandzkiego. Pochód zamykała kareta zmarłej królowej przybrana żałobnym fioletem z oknami zaciągniętymi taką samą materią. Okna w domach na trasie przemarszu procesji zostały udekorowane.
Do Bazyliki św. Piotra kondukt dotarł dopiero o trzeciej w nocy. Tam też odprawiono nabożeństwo żałobne. Ciało królowej odziane w suknię i przybrane wspaniałym królewskim płaszczem półkoliście udrapowanym wokół zmarłej złożono na castrum doloris z czterema kolumnami na rogach. Ponad nim, u sklepienia, zawieszono potężną koronę, z której zwieszał się baldachim wykończony tkaniną przypominającą deseniem gronostajowe futro. Po zakończeniu nabożeństwa służące rozebrały ciało z szat królewskich i oblekły w habit i welon dominikański, a w nogach zmarłej umieszczono koronę. Następnie złożono je kolejno w kilku trumnach, które zostały zaplombowane: pierwszą sporządzono z drzewa cyprysowego i tę włożono do ołowianej, a potem obie do wykonanej z drzewa kasztanowego. Na życzenie Benedykta XIV pochówek Marii Klementyny został upamiętniony nagrobkiem, którego autorami byli twórca projektu Filippo Barigioni oraz rzeźbiarz Pietro Bracci.
