Wybory marszałka sejmu odbywały się w głosowaniu jawnym, w którym uczestniczyli wszyscy obecni posłowie. Izba poselska liczyła 180–190 posłów, ale z reguły na początku obrad było ich kilkudziesięciu. Nierzadko dochodziło do ostrych sporów politycznych, które zmuszały do odłożenia terminu wyborów marszałka, ale gdy już przystępowano do elekcji, trwała ona zazwyczaj krótko i kończyła się w ciągu godziny. Problem pojawił się podczas sejmu elekcyjnego w 1697 r. Uznano wówczas każdego szlacheckiego elektora jednocześnie za posła posiadającego pełne prawo uczestniczenia w wyborze marszałka. Rozwiązania takie przyjmowano co prawda także w czasie sejmów elekcyjnych w 1669 r. i 1674 r., jednak wtedy liczba obecnych na początku sejmu nie przekraczała 2 tys., co umożliwiło wybór marszałka jednego dnia. Na elekcję w 1697 r. przyjechało ok. 20 tys. szlachty! Pojawił się zatem ogromny problem, jak sprawnie przeprowadzić wybory podczas tak licznej frekwencji.
Do czasu wyboru nowego marszałka obrady prowadził marszałek poprzedniego sejmu, tzw. marszałek starej laski. Na elekcji w 1697 r. był nim Stefan Humiecki. Szlachta lubelska zaproponowała, by głosowanie rozpoczęło się jednocześnie w każdym województwie. Po jego zakończeniu szlachta z każdego województwa podałaby wyniki marszałkowi starej laski, a ten po prostu dokonałby podsumowania głosów. W ten sposób każdy z obecnych miałby zachowane prawo głosu, a wybory odbyłyby się jednego dnia. Jednak odrzucono tę rozsądną propozycję i przyjęto odmienny system wyborczy. Szlachta województwa, które przystępowało do głosowania, wychodziła na środek okopu elekcyjnego i podchodziła po kilka osób do stolika marszałkowskiego, gdzie marszałek starej laski wraz ze swym sekretarzem notował oddawane „kreski”. Co stało za tym, zdałoby się zupełnie pozbawionym sensu, systemem głosowania? Dwie najpotężniejsze fakcje magnackie: Sapiehów i Lubomirskich. Obu zależało na maksymalnym przedłużeniu wyborów, tak aby uniemożliwić dyskusję na bardzo niewygodne dla nich tematy (czas trwania sejmu elekcyjnego był określony na 6 tygodni). Ci pierwsi odbierali przez to swym przeciwnikom czas potrzebny do przeprowadzenia koekwacji (zrównania) praw szlachty litewskiej z koronną, Lubomirscy zaś unikali dokładniejszego śledztwa w sprawie wywołania konfederacji wojskowej, do czego walnie się przyczynili.
Wybory rozpoczęły się 1 czerwca. Zgłoszono dwóch kandydatów: podkomorzego koronnego Kazimierza Bielińskiego oraz starostę odolanowskiego Stanisława Leszczyńskiego (późniejszego króla). Jako pierwsze przystąpiło do głosowania województwo poznańskie, potem krakowskie, wileńskie i następne zgodnie z hierarchią województw. W przypadku województw bardziej licznych, jak np. sandomierskiego (oddano w nim 807 głosów), które nie zmieściłyby się w całości w okopie, do koła wchodziły poszczególne powiaty bądź ziemie, zaś pozostała szlachta oczekiwała poza okopem. Wielokrotnie przeciw tej metodzie głosowania podnosiły się protesty. Zarzucano niektórym województwom, że celowo zabierają ze sobą swą służbę, podając ją za szlachtę. Nie były to zarzuty bezzasadne: niektórzy magnaci starali się przemycić wśród tłumów szlachty także swoją służbę, poszczególni senatorowie urządzali uczty dla szlachty w obozowiskach województw i ziem, gdzie strumieniami lało się wino. Rozrzucano między szlachtę pieniądze, mnożyły się próby przekupstwa. Z drugiej strony w atmosferze ogólnych podejrzeń oskarżano także biedniejszych i gorzej odzianych szlachciców o podszywanie się pod stan rycerski, co kilkakrotnie doprowadziło do zamieszek.
W celu uniknięcia straty czasu i zamieszania ziemia przemyska przedstawiła spis swojej szlachty z zaznaczeniem, na kogo każdy głosował. Ponieważ jednak wszyscy popierali kandydaturę Kazimierza Bielińskiego, zwolennicy jego konkurenta do laski marszałkowskiej zakwestionowali wiarygodność rejestru i zmusili szlachtę przemyską do „kreskowania” na sposób innych województw. Kilka ziem województwa mazowieckiego na znak protestu głosowało jedynie przez delegatów, m.in. ziemia wiska, której przedstawiciel Stanisław Szczuka ostro zaatakował nowy sposób obioru marszałka. Przy okazji naśmiewał się z niektórych prostych szlachciców, którzy przy dawaniu kresek przyklękali przed stolikiem marszałkowskim, a nawet całowali laskę marszałkowską.
Te najdłuższe w całych dziejach Polski wybory zakończyły się dopiero 15 czerwca. Marszałkiem został Kazimierz Bieliński, na którego oddano 12 832 głosy. Jego konkurent otrzymał 4778 „kresek”. W sumie oddano 17 610 głosy. Część szlachty, jak wspomniano wyżej, głosowała na znak protestu poprzez delegatów, a niektóre ziemie, jak np. ciechanowska, w ogóle odmówiły uczestnictwa w tej farsie, zdając sobie sprawę, komu ona w rzeczywistości służy. Aczkolwiek Sapiehowie nie uniknęli przyjęcia przez sejm niekorzystnych dla siebie rozwiązań, były to jedyne uchwały wówczas podjęte – na inne nie starczyło już czasu.
