Turcja osmańska była krajem muzułmańskim i fakt ten miał fundamentalne znaczenie dla rozwoju nauki. Doktryna islamu uznawała teologię za jedyną prawdziwą naukę, zaś podstawą wszelkiej wiedzy były Koran i tradycje Proroka. Skoro nauka służyła religii, to i językiem nauki był język arabski – w którym spisany został Koran. Znakomita większość pisarzy i uczonych to byli kadiowie, muftowie i müderrisowie. W takiej sytuacji, kiedy rozum ma służyć religii, trudno było o rozwój nauk empirycznych – tak jak to stało się w XVII-wiecznej Europie.
Uczeni osmańscy zasłynęli przede wszystkim jako prawnicy. Ponieważ Koran drobiazgowo reguluje życie muzułmanina, właściwie nieustannie zachodzi konieczność uzgadniania różnych zagadnień z życia codziennego z przepisami Koranu. Miało to istotne znaczenie zwłaszcza na poziomie prawa państwowego, które musiało regulować sprawy, nie uwzględnione w Koranie. Sprawy te wchodziły w zakres kompetencji szejcha-al islam. Zbiory fetw, wydawanych przez szejchów-al islam, do tej pory są największym osiągnięciem nauki osmańskiej w zakresie prawa. Najwybitniejszym spośród szejchów-al islam był Ebussüud, który w XVI w. uzgadniał prawo świeckie i szariat na polecenie Sulejmana I, zwanego Prawodawcą.
Zdecydowana większość uczonych osmańskich, jeśli nie zajmowała się zagadnieniami z dziedziny szariatu, nie prowadziła też własnych badań, ale gromadziła wiedzę encyklopedyczną. Do takich należeli m.in. Mułła Lufti (XV w.), Ahmed Taszköprülüzade (XVI w.) i Katip Czelebi (XVII w.). Mułła Lufti, działający za panowania Bajezyda II, był matematykiem, teologiem, a zarazem wolnomyślicielem. Drwił on publicznie z licznych zabobonów, jakie panowały w społeczeństwie tureckim, toteż rychło został oskarżony przez ulemów o herezję. Ścięto go na stambulskim At-Mejdanie, czyli dawnym hipodromie, w 1494 r. Jego los stał się groźnym memento dla następców, choć on sam został z czasem uznany za męczennika za prawdę.
Lepiej było zatem porzucić spekulacje filozoficzne i zająć się czymś praktycznym, co też odpowiadało usposobieniu Turków. Wielkim poważaniem zaczęła się cieszyć geografia, jako nauka pomocna przy planowaniu podbojów. Turcy kopiowali i tłumaczyli europejskie podręczniki i atlasy, choć nieraz z wielkim opóźnieniem. Jeszcze w połowie XVII w. Katip Czelebi zapożyczył od Europejczyków wiedzę o tym, że Ziemia jest okrągła, ale jego głównym zmartwieniem było, jak uzgodnić ten fakt z nauką islamu? Dopiero też w 1685 r. przetłumaczono „Atlas Minor” Gerarda Mercatora, wydany w Amsterdamie w 1610 r., w którym Turcy mogli zaznajomić się z systemem kopernikańskim.
Nieco lepiej radzono sobie z bardziej „przyziemnymi” zadaniami. Osmański kartograf i admirał Piri Reis już w 1525 r. opublikował mapę wybrzeży Morza Śródziemnego – tzw. portolan – wzorowany na odpowiednikach portugalskich. Miało to oczywiście ułatwić tureckiej flocie działania przeciw Hiszpanom, Genueńczykom i Wenecjanom.
Niestety, ze szkodą dla rozwoju nauki w Turcji w XVI i XVII w. nasilał się fanatyzm religijny. Radykalizmem zasłynął zwłaszcza jeden z ulemów, Mehmed z Birgi (zm. 1573). Potępiał on wszystko, czego nie znalazł w szariacie, atakując również nader elastycznego w swych interpretacjach Ebussüuda. Uczniowie Mehmeda, fakihowie, zyskali sporą popularność, przyczyniając się do upadku nauk racjonalistycznych pod koniec XVI w. Już wtedy spierano się zresztą głównie o innowacje, tj. na ile można odejść w naukach od szariatu. Symbolem nowych czasów stały się losy obserwatorium astronomicznego w podstambulskiej Galacie. Polecił je wybudować w 1577 r. sułtan Murad III, jednak ulemowie uznali, że faktycznie służy ono astrologii. W sumie nie byli daleko od prawdy, jako że wówczas granica między astronomią a astrologią była dość płynna. „Podglądanie Boga” uznano jednak za działalność grzeszną, toteż kiedy w 1580 r. wybuchła epidemia dżumy, szejch-al islam uznał ją za karę Bożą za zuchwałość sułtana. Chcąc uniknąć niepokojów społecznych, Murad III musiał zgodzić się na zburzenie obserwatorium przez janczarów.
Dodajmy też, że choć książki i biblioteki cieszyły się u Turków wielkim poważaniem, to ich oddziaływanie na rozwój nauki było ograniczone przez niechęć do druku. Drukowanie książek religijnych uważano za grzech. Dopuszczone były do sprzedaży drukowane książki niereligijne, ale i tu korzystano początkowo z usług Żydów stambulskich, a następnie – od 1590 r. – z drukarń włoskich, które korzystały z czcionki arabskiej na potrzeby rynku osmańskiego. Był to kolejny przejaw skrępowania nauki przez uprzedzenia religijne.
