Bibliotekę króla w wilanowskim pałacu dekorują malowidła tworzące spójny program ikonograficzny: szesnaście tond z portretami najwybitniejszych postaci nauki i sztuki otacza dwa plafony ukazujące alegorie filozofii i teologii. Jedno pomieszczenie biblioteki zamyka w ten sposób w sobie symbolicznie całość wielkiego dorobku ducha ludzkiego. Filozofia i teologia w zestawieniu tym reprezentują dwie fundamentalne dla nowożytnego erudyty dziedziny wiedzy, kreślące horyzont ówczesnego poznania świata. Pierwsza, na wilanowskim plafonie przedstawiona z cyrklem w ręku, odpowiadałaby wiedzy opartej na empirii i na rozumie, druga, wpatrzona w Boga, na poznaniu, którego źródłem jest nadprzyrodzone objawienie. W czasach nowożytnych pragnienie połączenia tych dwóch biegunów myśli stało się ważnym zadaniem dla myślicieli chrześcijańskich.
Pod pojęciem teologii w tradycji chrześcijańskiej zwykliśmy rozumieć racjonalny namysł nad wiarą i jej przedmiotem; pewną rozumową konstrukcję, która ze swego założenia łączy logiczną, podlegającą krytyce argumentację z niedającymi się dowieść dogmatami. To nieoczywiste połączenie miało znaczny wpływ na zachodnioeuropejską mentalność. Co ważne, teologia jako taka bardzo szybko sama stała się przedmiotem dyskusji i filozoficznej refleksji.
Niezwykle ciekawy rozdział wielkiego pytania o sens i racjonalność wiedzy teologicznej otworzył się u zarania nowożytności. Wpłynęło to na sposób uprawiania tej refleksji w zachodnim chrześcijaństwie, czego efekty są widoczne właściwie do dziś. W XVI i XVII wieku gruntowne zmiany, jakich doświadczała w tym czasie powszechnie nauka, uwidoczniły się również w teologii. Do działalności publicznej, akademickiej i wydawniczej przystąpiło pokolenie uczące się krytycznej lektury tekstów, poświęcające się badaniom historycznym i lingwistycznym, postulujące nowe zaczerpnięcie w źródle antycznym. Jego symbolem stanie się Erazm z Rotterdamu.
Jednocześnie od początku XVI wieku silnie dały o sobie znać ruchy religijne mające na celu odnowę życia kościelnego. Postulat powrotu do pierwotnej czystości i prostoty czasów apostolskich nie ograniczał się jedynie do problemów praktycznych, ale obejmował także odnowienie refleksji i metodologii teologicznej.
Te dwa zjawiska, naukowe i religijne, wyznaczyły dynamikę przemian w nowożytnej teologii. W sposób naturalny dały one o sobie znać najsilniej w odmienionym stosunku nowożytnych do Pisma Świętego. Niezależnie od regionów, wyznań i temperamentów duchowych, całe pokolenie wzięło do rąk Biblię, by przeczytać ją na nowo. Powodowały nim zarówno zapał religijny, jak i niezaspokojona fascynacja intelektualna, która widziała w najważniejszej dla chrześcijaństwa księdze kopalnię wiedzy o starożytności. Wykształcone dzieci swojej epoki chciały stosować zdobycze filologii, krytyki tekstu, nowe wiadomości o cywilizacjach starożytnych również przy lekturze Pisma Świętego. Nowym zainteresowaniem zaczął się więc cieszyć zwłaszcza Pierwszy Testament, a w nim opisy architektury, zwyczajów i świąt żydowskich. W losach bohaterów biblijnych nowożytny odbiorca zaczął zwracać uwagę na warunki i detale historyczne.
W wielu ośrodkach został podjęty trud przekładu Biblii na języki narodowe, czego najsłynniejszym i mającym niezwykłą siłę oddziaływania przykładem było oczywiście tłumaczenie Marcina Lutra. Wraz z badaniem lingwistycznym i krytyką literacką tekstu podjęta została dyskusja nad autentycznością poszczególnych fragmentów Biblii, ich znaczeniem i kanonicznością – czyli nad uznaniem, które z nich Kościół ma przyjąć za natchnione, czyli pisane z Bożej inspiracji i jako takie obowiązujące ludzi wierzących. W tych dyskusjach zarysowało się bardzo wyraźnie rozdarcie, które towarzyszyło teologii chrześcijańskiej od początku jej istnienia: między korzystaniem z nowości naukowych a posłuszeństwem tradycji, między śmiałością myślenia a strachem przed błędem. To napięcie między wolną myślą a dyscypliną, objawia się również w stosunku ludzi Kościoła do nauk ścisłych.
Zapoczątkowane w XVI wieku procesy przekładały się w wieku następnym coraz głębiej na kulturę chrześcijańską. Nowa lektura Pisma Świętego zaczęła przynosić owoce w piśmiennictwie religijnym – zarówno teologicznym, jak i dewocyjnym. Niezwykle ciekawym świadectwem nowego, analitycznego podejścia do historii świętej są ilustracje tekstu biblijnego przyjmujące formę pokrewną rozwijającej się wówczas ilustracji naukowej. Skrupulatnie zilustrowane elementy narracji biblijnej zostały w nich oznaczone legendą, wyjaśniającą ich znaczenie oraz odnoszącą do tekstu źródłowego.
Na niespotykaną dotychczas skalę rozwija się przy tym ikonografia, zwłaszcza starotestamentowa. Na potrzeby nowych odbiorców powstają biblie ilustrowane – zestawy rycin przedstawiających kolejne rozdziały Pisma. Jedną z najsłynniejszych realizacji druku tego typu jest wydane w 1643 w Amsterdamie przez Nikolausa Johannesa Piscatora Theatrum Biblicum: Hoc est historiae sacrae Veteris et Novi Testamenti tabulis Aeneis Expressae.
Osobnym zjawiskiem są parahistoryczne analizy opierające się na tekście biblijnym. Autorem jednego z takich dzieł, wydanego w 1675 roku Arca Noë, był jezuita Athanasius Kircher, postać o niezwykłej erudycji i niezaspokojonej ciekawości. Kircher był profesorem nauk matematycznych w Kolegium Rzymskim, interesował się jednak również innymi naukami przyrodniczymi, pozaeuropejskimi kulturami, o których informacje przywozili do Rzymu jezuiccy misjonarze, historią starożytną, mitologią. Badał także hieroglify. Tytuły jego licznych prac dowodzą, jak szerokie było spektrum jego zainteresowań: Organum mathematicum, Physiologia Kircheriana experimentalis, Ars Magnesia, Lingua aegyptiaca restituta, Oedipus Aegyptiacus, China monumentis.
We wspomnianej Arca Noë Kircher podjął się analizy biblijnego opisu tytułowej arki i próby jej rekonstrukcji. Publikacja zawierała ryciny wykonane na podstawie licznych i bardzo dokładnych rysunków autora. Przedstawiają one poszczególne piętra łodzi i rozmieszczone w nich zwierzęta, w tym dla ówczesnych Europejczyków egzotyczne. W arce Kirchera znalazło się oczywiście również miejsce dla Noego i jego rodziny, oraz magazyny dla pomieszczenia pożywienia dla wszystkich stworzeń – na cały czas potopu opisany w Biblii. Informacje wyczytane w Księdze Rodzaju Kircher połączył w ten sposób ze swoją bogatą wiedzą fizyczną i matematyczną oraz doniesieniami przyrodników o nowoodkrytych gatunkach zwierząt – by móc wyobrazić sobie, jak wyglądała i funkcjonowała arka Noego. Mamy oczywiście świadomość, że jesteśmy na peryferiach nie tylko myśli religijnej, ale i wiedzy historycznej. Niemniej, powstanie i popularność dzieła Kirchera są świadectwem pewnego sposobu myślenia i zakresu zainteresowań badaczy i teologów tego czasu. Wedle określenia Thomasa DaCosty Kaufmanna była to jedna z ostatnich epok uniwersalnej erudycji. Ostatni moment, w którym dla jednej osoby możliwe było opanowanie powszechnego stanu wiedzy światowej ze wszystkich dziedzin.
