Młyny istniejące w Krakowie u schyłku średniowiecza i na początku okresu nowożytnego (w XVI w.) były własnością królewską. Tylko niektóre z nich (usytuowane powyżej miasta, na rzekach Rudawie i Prądniku) zostały przekazane przez monarchę w „obce ręce”, tzn. na rzecz miasta Kazimierza, albo instytucji i osób prywatnych posiadających podkrakowskie dwory i majętności. Piwowarzy i piekarze z Krakowa oraz z Kleparza zobowiązani byli do korzystania z królewskich młynów przy przerobie słodów i przemiale zbóż na mąkę. Młyny były dużym ówczesnym przedsiębiorstwem, które przynosiły właścicielowi i zarządcy znaczne dochody. W latach 1552-1562 ich administratorem (wielkorządcą) był Jan Boner z Balic, a współpracowali z nim jego bracia – Seweryn i Jakub Fryderyk.
W ówczesnym mieście istniało i działało 5 młynów królewskich. Największy i najbardziej dochodowy był młyn tak zwany Kutlowski (od Kutelhof – niem. rzeźnia) usytuowany na wale przed bramą św. Mikołaja, nad rzeką Rudawą. Miał on aż 8 kół korzecznych (zwanych inaczej nasiębiernymi; ich działanie polegało na tym, że woda wypełniała koryta umieszczone na ich obwodzie, powodując zarazem obrót kół), z czego 5 umieszczonych było na górze, a 3 pod wodą. Mielono w nim słód (kiełkujące i wysuszone ziarna zbóż, służące jako jeden z surowców do produkcji piwa) oraz pszenicę i żyto na mąkę. Inny młyn, zwany Kamiennym, położony koło Bramy Szewskiej, wyposażony był w 10 kół i prowadził przemiał słodów. Przy nim działał także tzw. młyn Dębny (mieszczący urządzenia garbarskie), folusz (urządzenie do spilśniania sukna) i stępy. Młyn ten znajdował się wówczas w zastawie u spadkobierców Franciszka Bonera, za pożyczkę udzieloną królowi. Działały jeszcze trzy inne młyny usytuowane nad Prądnikiem, zwane Mikołajski, Rakowicki i Na Piasku, prowadzące przemiał żyta na mąkę oraz – jedynie w ostatnim – dodatkowo przemiał pszenicy.
Wszystkie młyny pracowały przez cały rok, także zimą. Tylko czasem, zwłaszcza pod koniec lata (w drugiej połowie sierpnia i we wrześniu) z powodu niskiego stanu wód działalność młynów ulegała zahamowaniu, albo wyjątkowo musiała zostać wstrzymana. Ilość przemiału słodów malała w okresie postu, zapewne w związku z mniejszym w tym czasie spożyciem piwa. Natomiast większą ilość słodów oraz zboża mielono w miesiącach wiosenno-letnich, poprzedzających nowe zbiory.
Dochody z młynów w 2/3 należały do króla, a w 1/3 zaś do zarządcy. Tylko z będącego wtedy w zastawie młyna Kamiennego dochody czerpali wyłącznie Bonerowie. Podobnie dzielono koszty utrzymania młynów – wydatki na zakup drewna, niezbędne prace remontowo-budowlane, zatrudnienie czeladzi. W celu zwiększenia kontroli nad zyskami młynnymi zatrudniono dodatkowo urzędnika zwanego miernikiem. W 1558 r. był nim imć pan Dembicki, który pilnował głównie przynoszących największy dochód miar słodowych. Działalność miernika uzupełniał jeszcze gospodarz (alfarz), który nadto „strzegł wody na rzekach” oraz zarządzał pracą 5 wozów przewożących słód i zboże do młyna Kutlowskiego. Zyski otrzymywane z przemiału słodu były wyższe niż od przerobu zboża na mąkę. Słód w przeciwieństwie do maki i krup (z przemiału kasz) nie mógł być przechowywany przez dłuższy czas, bo ulegał fermentacji. Wyrabiane z niego piwo było wtedy powszechnie spożywanym napojem, którego większe ilości zakupywano z okazji świąt, w czasie zjazdów, jarmarków oraz żniw.
