Wiek XVI jest okresem licznych i ważnych przemian w polskim sejmie, z których większość miała ogromne znaczenie dla późniejszego funkcjonowania polskiego parlamentaryzmu. Na ten czas przypada ustabilizowanie się składu izby senackiej (rzymskokatoliccy biskupi-ordynariusze, wojewodowie, kasztelanowie oraz pięciu ministrów: marszałek wielki, kanclerz, podkanclerzy, podskarbi i marszałek nadworny) oraz rozrastanie się izby poselskiej. Panuje już wtedy przekonanie, że król nie może stanowić niczego bez zgody sejmu, wciąż jednak monarcha uznawany jest za jego zwierzchnika, a nie tylko za jeden z trzech równoprawnych stanów sejmujących.
Sejm w Polsce, podobnie zresztą jak we wszystkich krajach ówczesnej Europy, nie posiadł własnej, stałej siedziby. Obrady odbywały się w różnych miejscach, jak np. w wybranych komnatach na zamku królewskim. Sale te często były zupełnie nieprzystosowane do pomieszczenia tak dużej liczby osób, a kiepskie warunki powodowały wzmożoną nerwowość obradujących.
Jakkolwiek brak było precyzyjnych norm warunkujących działanie sejmu, jednak ogólny kształt obrad był dość ściśle określony zwyczajowo. W uniwersałach królewskich rozsyłanych na sejmiki oznaczone były miejsce i czas rozpoczęcia sejmu. Po zjechaniu na miejsce wszystkich posłów obrady rozpoczynały się uroczystą mszą do Ducha Świętego, który miał natchnąć sejmujących rozumem i mądrością. Po mszy udawano się na miejsce obrad, aby odbyć posiedzenie o charakterze przede wszystkim ceremonialnym. Najpierw przedstawiciel posłów (marszałek izby poselskiej) wygłaszał mowę powitalną, na którą w imieniu króla odpowiadał kanclerz. Po tych mowach następował akt całowania ręki królewskiej. Pierwsze posiedzenie kończyła propozycja sejmowa od tronu, w której monarcha przekazywał sejmującym swoje oczekiwania. Następnie przedstawiciele obu izb rozchodzili się.
Obrady sejmu składały się na przemian ze wspólnych i osobnych posiedzeń króla z senatem oraz izby poselskiej. Teoretycznie na przybycie na obrady plenarne w sali senatu posłowie ziemscy musieli uzyskać zgodę króla, w praktyce jednak często pojawiali się nieproszeni. Obradami w senacie i obradami plenarnymi kierował marszałek wielki, którego zadaniem było utrzymanie porządku w trakcie obrad. Między innymi uciszał zbyt głośne rozmowy, stukając laską w podłogę. Na swoje wezwanie miał też straż marszałkowską, jednak do jej interwencji uciekano się bardzo rzadko, ponieważ powodowało to zarzuty gwałcenia wolności szlacheckich. Obradom izby poselskiej przewodził wspomniany już wyżej marszałek poselski. Miał on niełatwe zadanie doprowadzenia posłów do zgodnej konkluzji, co, przy braku racjonalnego trybu prowadzenia obrad oraz jakiegokolwiek regulaminu, było rzeczą niełatwą i wymagającą niekiedy dużej dozy dyplomacji. Niekiedy zadanie to okazywało się tak wyczerpujące, że nie był on juz w stanie wygłosić pożegnalnej mowy do króla. Na sejmie warszawskim na przełomie 1563 i 1564 roku marszałek Mikołaj Sienicki zachorował i stracił głos, natomiast na sejmie lubelskim w 1569 roku marszałek Stanisław Czarnkowski zemdlał podczas żegnania monarchy.
Obrady sejmowe sprowadzały się de facto do wzajemnego przekonywania się aż do umilknięcia opozycji. Oprócz tego odbywały się też nieformalne spotkania posłów w gospodach, karczmach i zajazdach. Sejm kończył się uroczystym żegnaniem króla i mszą świętą. Niekiedy uczestnicy pozostawali jeszcze na miejscu, oficjalnych obrad już jednak nie prowadzono.
