Wiadomość o śmierci zwycięzcy spod Wiednia szybko dotarła do Krakowa; już 3 lipca 1696 r. rajcy zdecydowali, iż uroczystości żałobne odbędą się w Farze Mariackiej. W przystrojonym prezbiterium, rozjaśnionym jarzącymi się świecami, wybudowano okazałe castrum doloris, którego wygląd przekazał rysunek, zachowany w Clavis Archivi Urbis Cracoviae. Na postumencie, flankowanym obeliskami z herbami króla, wznosił się katafalk z trumną wsparta na orłach, otoczoną emblematami wojennymi i zwieńczoną monumentalną Janiną Sobieskich. Całość nakrywał paludament z aniołem, głoszącym chwałę Jana III.
Właściwy pogrzeb władcy – zgodnie z jednodniowym ceremoniałem – nastąpił jednak dużo później, bo 15 stycznia 1734 r., w dzień po uroczystym wjeździe koronacyjnym Augusta III do miasta. Sobieskiego chowano razem z Augustem II, królową Marią Kazimierą oraz z synkiem królewicza Jakuba Ludwika – małym Janem. Ciała królewskie przywieziono do Krakowa z końcem sierpnia 1733 r. Witane żałobnym dźwiękiem dzwonów wszystkich świątyń, zostały uroczyście odprowadzone do kolegiaty św. Floriana, gdzie – złożone na katafalku – spoczywały do połowy stycznia następnego roku.
Z kościoła św. Floriana, na dwóch paradnych wozach zaprzężonych w osiem koni, wieziono ciała zmarłych, osobno Sobieskich i Wettyna. Kondukt prowadzili sufragani: krakowski, kujawski, poznański i kapituła krakowska. Monarchów żegnali tłumnie zgromadzeni mieszkańcy, nie zdając sobie sprawy, że asystują ostatniemu takiemu pogrzebowi na Wawelu; odtąd już nigdy więcej nie pochowano tam polskich głów koronowanych.
W katedrze, przed konfesją św. Stanisława, wzniesiono castrum doloris, akcentowane w narożach piramidami z pochodniami, gdzie złożono królewskie trumny. Mszę celebrował biskup Lipski, a kazanie wygłosił sufragan kujawski Franciszek Kobielski. Po odśpiewaniu egzekwii kondukt skierował się ku południowym wrotom katedry, gdzie pomiędzy kaplicami Zygmuntowską i Wazów było wejście do krypt. Wszystkie trumny pochowaniu w sklepie grobowym pod kaplicą Wazów.
W setną rocznicę wiktorii wiedeńskiej (1783) król Stanisław August zlecił sporządzić swemu poprzednikowi nowy sarkofag z czarnego marmuru. Niestety, tumba grobowca, wykonana zapewne na podstawie błędnie zdjętych pomiarów (a może „na oko” ?), okazała się za mała dla istniejącej trumny. Zatem, nie licząc się zupełnie z pietyzmem dla królewskich szczątków, przełożono je w nową trumnę mniejszych rozmiarów, i tę dopiero złożono w sarkofagu.
Trumnę wielkiego króla otwierano raz jeszcze – 12 listopada 1938r., w związku z odnawianiem Krypty Św. Leonarda i koniecznością przestawienia sarkofagu na nowy poziom. Sporządzono wówczas „na wieczną rzeczy pamiątkę” protokół i dokumentację fotograficzną, obie zachowane w zbiorach Bazyliki Wawelskiej.
