Po wygaśnięciu dynastii Jagiellonów ustalono, że koronację nowego władcy będzie zawsze poprzedzał pogrzeb poprzednika. Wszakże, z uwagi na sytuację polityczną, pogrzeb króla Stefana Batorego odbył się już po koronacji Zygmunta III Wazy, tzn. 23 maja 1588 r., i był ostatnim pogrzebem z trzydniowym ceremoniałem.
Ciało królewskie, sprowadzone z Grodna w trumnie cynowej, złożono najpierw w Łobzowie, skąd kondukt ruszył w kierunku Krakowa. Naprzeciw wyszły mu z Kleparza wszystkie procesje, „każdy swoim zwyczajem i obrzędem”. Jak podawał współczesny opis funeralnej celebry, „był to dzień bardzo gorący”. Trumnę postawiono przed kościołem św. Floriana, gdzie „mszę najpierwszą odprawowali”. Następnie żałobny orszak ruszył w miasto, a „póki stawało świec, dawano każdemu”. Za duchowieństwem i ubogimi jechali chorążowie ziemscy, koronni i litewscy, za którymi niesiono 40 mar „pod rozmaitego złotogłowiu przykryciem”. Dalej masztalerze prowadzili 30 koni okrytych czarnym suknem. Po nich postępowali konno: Tereus Weselin, „miłośnik króla Stefana”, w zbroi, z obnażonym mieczem w ręku; pan Stojowski w zbroi, niosąc „drzewce czarne, magierkę pod pierzem białym”, oraz „Węgrzyn na bardzo cudnym koniu”, z tarczą. Osobę zmarłego prezentował podstoli Srzeniawa, „w szacie króla Stefana”.
Po królewskiej kapeli i muzykach, śpiewających „bardzo żałośnie psalmy łacińskie”, szedł dwór Zygmunta III Wazy, panowie koronni i litewscy oraz posłowie pruski i brandenburski. Następnie niesiono insygnia koronne, poprzedzając wóz zaprzężony w 12 koni „pod czarnym aksamitem” z ciałem królewskim, otoczonym setką dworzan, trzymających zapalone świece. Za wozem postępowali: król Zygmunt III i królowa Anna Jagiellonka, królewna szwedzka Anna Wazówna oraz kardynał Jerzy Radziwiłł, poseł papieski, trzech marszałków oraz dwóch braci Batorych – kardynał Jerzy i Baltazar. Pochód zamykali królewscy drabanci, hajducy, „panie wojewodziny krakowskie” i fraucymer. „I tak ciało na zamek krakowski zaprowadzili – czytamy w relacji. – (...) W trumnę dębową trumnę cynową z ciałem ułożyli, która bardzo osobliwą robotą była w Gdańsku urobiona, cudnymi kunszty odlewana. Była też w tej trumnie po boku uczyniona tabliczka pod szkłem, malowana twarz króla Stefana własna jako żywa (...). Pochowano ciało za wielkim ołtarzem, na zamku w kościele w kaplicy i nowy grób, z gruntu murowany, w którym leży w tejże trumnie cynowej Batory Stefan I, król Polski”. Dwa dni następne, 24 i 25 maja, przeznaczono na obejście pięciu krakowskich kościołów, w których odprawiono egzekwie, oraz na odprawienie mszy i wygłoszenie kazania na zamku wawelskim.
Trumnę króla Stefana otworzono w 1877 r. Według relacji, zamieszczonej w „Kalendarzu Krakowskim na rok 1878”, leżąca na aksamitnej poduszce sczerniała czaszka Batorego zachowała się dość dobrze, „z wąsem i brodą brunatnego koloru”; na niej widać było zzieleniałą miedzianą („a pewniej ze srebrnej blachy”) koronę, obok berło i jabłko. „Ciała, nawet rąk, nie widać – okrywa je bowiem kapa ze złotogłowiu, snać na tle pąsowym dzianego, brzegami tak na siebie zsunięta, że nie widać będącego zapewne pod nią spodniego ubrania. Nie odsłaniano tej kapy, nie dotykając zwłok. Od kolan chmiel”. Stan królewskich szczątków niewiele zmienił się do czerwca 1930 r., gdy trumnę otwarto ponownie w celu konserwacji cynowych trumien.
