Polityka bałtycka króla Jana III wiąże się przede wszystkim ze sprawą Prus Książęcych. Jak wiadomo, były one lennem polskich królów od słynnego hołdu pruskiego złożonego królowi Zygmuntowi Staremu w 1525 r. przez Albrechta Hohenzollerna, ostatniego wielkiego mistrza zakonu krzyżackiego i pierwszego świeckiego księcia w Prusach. Wbrew podpisanemu wtedy traktatowi krakowskiemu, przewidującemu włączenie Prus Książęcych do Rzeczypospolitej po wygaśnięciu po mieczu linii Albrechta, Rzeczpospolita za panowania Zygmunta III zgodziła się na objęcie lenna pruskiego przez brandenburską linię Hohenzollernów. Jak błędna była to decyzja, okazało się w okresie potopu szwedzkiego. Książę Fryderyk Wilhelm Hohenzollern zwany wielkim elektorem nie tylko poparł Szwedów, ale też podjął próbę połączenia pruskiej i brandenburskiej części swego państwa, uczestnicząc w niewykonanym na szczęście traktacie w Radnot przewidującym dokonanie rozbioru Rzeczypospolitej. Za cenę odstąpienia od Szwedów wielki elektor na mocy traktatów welawsko-bydgoskich z 1657 r. został uwolniony od zależności lennej. Nawiązano do tego w podpisanym w 1675 r. w Jaworowie tajnym traktacie między królem Janem III a wysłannikami króla Francji Ludwika XIV, przypominając, że Prusy Książęce to kraj, który „jest dawnym lennem Polski, którego niezależność wasal ów [Fryderyk Wilhelm – S.C.] wymusił na zmarłym królu Janie Kazimierzu, gdy władca ten znajdował się w wojnie ze Szwecją i Moskwą”.
Jan III, kojarzony powszechnie jako pogromca Turków i Tatarów, interesował się też problemami regionu bałtyckiego, czemu sprzyjał fakt dzierżawienia starostwa gniewskiego nad dolną Wisłą (dogodnego punktu handlu z Gdańskiem) oraz starostwa puckiego.
Sobieski uważał traktaty welawsko-bydgoskie za poważny błąd polityków polskich. Dążąc do naprawienia tego błędu, nawiązał kontakty z Francją, dla której Rzeczpospolita oskrzydlająca Brandenburgię i całą Rzeszę od Zachodu była bardzo cennym sprzymierzeńcem. Taka była geneza wspomnianego już traktatu w Jaworowie. Ambasador Francji, podpisując traktat w imieniu Króla Słońce, uznawał prawo Polski do rewindykacji Prus Książęcych i deklarował systematyczne zasiłki pieniężne dla Jana III w razie wybuchu wojny polsko-brandenburskiej. Dwa lata później został zawarty w Gdańsku podobny antybrandenburski układ z przedstawicielami króla Szwecji Karola XI.
Podjęcie jakiejkolwiek akcji zbrojnej przeciw Brandenburgii wymagało jednak uprzednio zapewnienia pokoju ze strony Turcji. W wyniku działań wojennych lat 1675–1676 udało się zawrzeć z Turcją rozejm w Żurawnie. Jego warunki były ciężkie: przy Turcji pozostały niemal wszystkie ziemie zagarnięte przez nią podczas wojny w 1672 r., ale Rzeczpospolita mogła się wreszcie cieszyć dłuższym okresem pokoju, po 28 latach niemal nieustannych wojen. Otwierała się też szansa realizacji bałtyckich planów Sobieskiego. Gdyby udało się je wykonać, skasowano by grożące śmiertelnym niebezpieczeństwem brandenburskie kleszcze u ujścia Wisły, a odebrane Hohenzollernom Prusy Książęce stałyby się zapewne dziedzicznym księstwem rodu Sobieskich, a – kto wie – może nawet swoistą trampoliną do polskiego tronu. Tak się jednak nie stało – antykrólewska opozycja wspierana szczodrze przez ambasadora Brandenburgii storpedowała te dalekowzroczne plany. Sama Francja wycieńczona wojną z koalicją (z udziałem m.in. Brandenburgii) zawarła kolejne układy pokojowe; polski sojusznik nie był już potrzebny.
Z problematyką bałtycką wiąże się także interwencja Jana III w Gdańsku w związku ze sporami pomiędzy Radą Miejską a tamtejszymi rzemieślnikami. W trakcie pobytu w mieście nad Motławą król podjął próbę wzmocnienia prerogatyw monarszych w stosunku do władz miejskich, ale potem musiał się z tych dążeń wycofać.
Jan III i Maria Kazimiera podejmowali też samodzielne przedsięwzięcia handlowe, szczególnie eksportując do Francji zboże. Ponieważ przeszkodą była monopolistyczna pozycja Gdańska (zwanego ironicznie Chłańskiem), królewska para zamierzała założyć nowy port na Żmudzi w rejonie Połągi. Planów tych jednak nie udało się jednak zrealizować i Gdańsk utrzymał stanowisko najważniejszego centrum handlowego Rzeczypospolitej.
