Już w czasie sejmu 1683 r., który przygotowywał państwo do wojny z imperium osmańskim, stwierdzono konieczność podjęcia współpracy z Kozakami „bez których wojny tureckiej przedsiębrać trudno”. Echa wyprawy Stefana Kunickiego na Mołdawię z przełomu 1683 i 1684 r. sprawiły, iż na dworze królewskim powrócono do koncepcji odbudowy wojska zaporoskiego jako siły militarnej z jednej strony wspierającej armię koronną walkach z Turkami i Tatarami, a z drugiej – jako osłonę ziem ukrainnych przed najazdami tatarskimi. Początkowo król i jego doradcy myśleli jedynie o zorganizowaniu kilku jednostek, które wspierałyby armię koronną w walkach z Turkami, jednak niepowodzenia planów królewskich w sprawie wciągnięcia Rosji do wojny z Osmanami, jej niechętny stosunek do werbowania na Zadnieprzu Kozaków pod sztandary Jana III oraz konieczność ciągłego uzupełniania walczących szeregów skłoniły polskiego monarchę do odrestaurowania Kozaczyzny stałej, osiadłej w granicach Rzeczypospolitej i od niej tylko zależnej. W 1684 roku król wydał uniwersał skierowany do Kozaków, w którym zezwolił im na osadnictwo między Bohem a Dnieprem, na południe od będącej w polskich rękach twierdzy w Białej Cerkwi i poręczając ich dawne prawa i przywileje. Nie skupiono się jedynie na organizowaniu jednostek wojskowych, podjęto też szereg działań zmierzających do odbudowy instytucji kozackiego hetmanatu na Prawobrzeżu, który został zniszczony podczas wojny z Turcją i Piotrem Doroszenką w latach 70. XVII w. Przejawem tego były dokonywane przez króla mianowania kolejnych nowych hetmanów kozackich od Stefana Kunickiego i Andrzeja Mohyły począwszy, a na Samusiu skończywszy. Te działania zbiegały się z procesem samowolnej rekolonizacji kraju, którą dwór musiał w jakimś stopniu kontrolować, by prawobrzeżna Ukraina nie dostała się w ręce prorosyjskich hetmanów zadnieprzańskich. Stamtąd bowiem pochodzili Kozacy przesiedlający się na prawy brzeg Dniepru. Tę politykę wspierania odbudowy wojska zaporoskiego ułatwiała sympatia, jaką Jan III darzył Kozaków, uważając ich za dobrych i wytrzymałych żołnierzy, idealnych do walki z Tatarami i Turkami.
Pierwsze lata pokazały, że pomysł królewski przynosi sporo korzyści państwu. Wielu Kozaków przesiedliło się z Zadnieprza na prawy brzeg rzeki, wstąpiło do kozackich pułków na służbie polskiego monarchy i aktywnie uczestniczyło w walkach z Turkami i Tatarami. Szybko też postępowała kolonizacja pustych ziem, na które wraca ludność zbiegła w obawie przed Turkami na Zadnieprze, w latach 70. Kolonizacja postępowała intensywnie, a w ostatnim dziesięcioleciu XVII w. objęła także inne obszary – Polesie kijowskie aż do rzeki Słucz na Wołyniu. Ten ruch był już jednak sterowany przez pułkownika Semena Paleja, marzącego o odbudowie silnej Kozaczyzny. Napływ ludności zza Dniepru przyczynił się do wzrostu liczebności kozackich oddziałów dowodzonych przez propolskich hetmanów, co przełożyło się na skalę i zasięg ich działań przeciwko Turkom i Tatarom. Potwierdzeniem zarówno polityki królewskiej jak też faktu dostrzeżenia potrzeby utrzymania wojska zaporoskiego na służbie Rzeczypospolitej było postanowienie sejmu 1685 r., które potwierdziło prawa i przywileje kozackie oraz pozwoliło im osiedlać się nie tylko w królewszczyznach, których było za mało, ale także w prywatnych majątkach szlacheckich. Polskie elity władzy kierowały się w tych działaniach zasadą „mniejszego zła” – wobec ciężkich walk z Turkami pozwoliło na odbudowę wojska zaporoskiego jako wojskowo-politycznej siły. Ujawniły się jednak także zagrożenia, takie jak podejmowane przez Kozaków próby odrodzenia instytucji hetmanatu na prawobrzeżnej Ukrainie, w nawiązaniu do czasów Piotra Doroszenki. Nie była to już jednak ta sama Kozaczyzna, co przed kilkunastu laty. Jednostki kozackie były mniej liczne – ok. 10–15 tysięcy ludzi, a od momentu odtworzenia wojska zaporoskiego w łonie starszyzny rozpoczęły się kłótnie i walka w władzę. Z czasem wytworzyły się dwa wrogie ośrodki – w Niemirowie, gdzie była główna kwatera hetmana kozackiego i komisarza królewskiego oraz w Chwastowie gdzie miał swoją rezydencję Semen Palej, cieszący się sławą i popularnością dowódca, który zgromadził wokół siebie liczne zastępy kozackie. Ten ostatni był też inicjatorem wypraw kozackich przeciwko Tatarom na wybrzeża Morza Czarnego i często współpracował z hetmanem zadnieprzańskim Iwanem Mazepą (od 1688 r.). Miał też poparcie – choć do czasu – Jana III, który cenił Paleja jako znakomitego zagończyka i bardzo go lubił, często też osłaniał przed magnatami, z którym Palej wchodził w spory i konflikty.
W ciągu wielu lat zmagań wojsk koronnych o odzyskanie Kamieńca i walki o Mołdawię Kozacy stali wiernie po stronie Rzeczypospolitej. Uczestniczyli w każdej wyprawie i osłaniali granice państwa przed wypadami ordy. Jednak z czasem, wobec coraz śmielszych poczynań m.in. Paleja, który kolonizował Polesie i usuwał stamtąd szlachtę, dochodziło do licznych sporów Kozaków ze szlachtą i magnatami. Jan III starał się łagodzić te konflikty i osłaniał Kozaków jak mógł. Dopiero po jego śmierci sejm w 1697 r., pod wpływem szlachty kijowskiej i bracławskiej uchwalił konstytucję nakazującą Kozakom opuszczenie dóbr szlacheckich. W miarę jak cichły odgłosy wojny z imperium osmańskim, rosły protesty szlachty i wołania o wypędzenie panoszących się na Ukrainie jednostek kozackich, a zwłaszcza ich dowódców. Kiedy więc w 1699 r. zawarty został pokój z Turcją, jeszcze w tym samym roku sejm zdecydował o likwidacji wojska zaporoskiego. Trwało to jeszcze kilka lat zanim ostatecznie zlikwidowano te oddziały, gdyż król August II odwlekał podjęcie decyzji, chcąc wykorzystać Kozaków do walki ze Szwecją, a później wybuchło – pod wodzą S. Paleja – ostatnie już powstanie kozackie, stłumione krwawo przez wojska koronne i pułki Iwana Mazepy.
Tym samym zakończyła się ponad 200-letnia historia Kozaczyzny w Rzeczypospolitej. Przez 70 lat przetrwała ona jeszcze na Zadnieprzu, ostatecznie zlikwidowana przez tę samą osobę, która przyłożyła się do rozbiorów Polski – carycę Katarzynę II.
