XVII wiek to czas formowania „czarnej legendy” czorsztyńskich starostów i tenutariuszy (m.in. Pieniążków, Paniowskich, Dembińskich, Sienieńskich, Cikowskich, Baranowskich i Potockich). Zamek zaczęto kojarzyć z przemocą, łamaniem prawa, więzieniem i torturami. Niewiele później zaczął się rodzić mit o szlachetnych porywach, jakie kierowały Aleksandrem Kostką Napierskim, który miał rzekomo chcieć ulżyć ciężkiej doli chłopów (Jakub Kazimierz Haur, Kostka Napierski, buntownik w górach za Krakowem, 1702; druk 1938).
W rzeczywistości w 1651 Bohdan Chmielnicki, szykując się na czele Kozaków i Tatarów do orężnej rozprawy z Rzeczpospolitą, próbował prowadzić akcje dywersyjne wśród chłopów. Aleksander Leon Kostka-Napierski (faktycznie Stanisław Bzowski), urodzony w 1617, podawał się za nieślubnego syna Władysława IV. Był w nowicjacie jezuickim, potem służył w wojsku polskim i szwedzkim. Podczas wojny trzydziestoletniej był kapitanem armii szwedzkiej. Te związki z będącą w połowie XVII wieku u szczyty swej ekspansywności Szwecją zawowocowały podejrzeniem o agenturalną działalność na rzecz Sztokholmu. Faktycznie Napierski był jednym z agitatorów Bohdana Chmielnickiego, którzy wiosną 1651 dążyli do wywołania w Koronie powstania. Mechanizm działania znamy z zeznań złożonych przed sądem ławniczym miasta Kalisza, przed którym stanął jeden z takich wysłanników Siczy, Wojciech Kołakowski. On i jego dwaj towarzysze dostali od Chmielnickiego 3000 złotych za wywołanie powstania w okolicach Krakowa. Podobne zdarzenia miały miejsce w Wielkopolsce i na Litwie.
W 1651 Napierski poprowadził górali i opanował (14 czerwca) na krótki czas pograniczny zamek Czorsztyn. Wykorzystał moment, że zamek był bez załogi, a okoliczna szlachta brała udział w pospolitym ruszeniu. Napierski, który nie ukrywał swych finansowych oczekiwań, spisał się najlepiej spośród kozackich agentów. Wydawał, najczęściej tęgo ze swymi kompanami popiwszy, uniwersały do wszystkich chłopów w Polsce, wzywając ich do obalenia władzy panów. Jego odezwy nie spotykały się jednak z szerszym odzewem. Napierski sfałszował też królewskie uniwersały, które jakoby zezwalały mu na zaciąg ochotników. Bezpośrednim doradcą przywódcy buntu, jak również redaktorem uniwersałów i fałszerzem dokumentów królewskich był Marcin Radocki – bakałarz z Pcimia. Napierski próbował wykorzystać powszechne przekonanie poddanych, że król ich kocha, tylko możni stoją na zawadzie społecznej idylli. On sam jednak nie ukrywał, kim jest jego faktyczny mocodawca. Wśród jego papierów znaleziono dokument, w którym Bohdan Chmielnicki pisał: Wiadomo czynię wszystkim poddanym Korony Polskiey, iż za szczęściem i błogosławieństwem od Pana Boga nam danem, pod moc i władzę naszę podbiwszy państwa teyże Korony Polskiey, uwolnić was wszystkich obiecuję od ciężarów i robocizny. Bunt został stłumiony przez dragonię wysłaną z Muszyny przez biskupa krakowskiego Piotra Gembickiego. W czasie oblężenia zamek uległ znacznym zniszczeniom. Zamek został poddany po pertraktacjach, a wydanego przez buntowników Napierskiego ujęto. Napierskiego, Radockiego i wraz z innymi kierującymi buntem stracono w Krakowie, na Wzgórzu św. Bronisławy, w miejscu zwanym dziś Na Zbóju. Napierski skonał na palu.
Działalność Napierskiego była szczególnie szkodliwa dla Rzeczypospolitej. Wieść o buncie trafiła na Ukrainę, do szlacheckiego obozu pod Beresteczkiem już 23 czerwca 1651. Jeszcze większe wrażenie zrobiły radykalne, antyszlacheckie uniwersały rozsyłane z Czorsztyna. Pospolite ruszenie uświadomiło sobie, że kiedy ono tu na Ukrainie „własnymi piersiami Rzeczpospolitą zasłania”, ich domy i rodziny w Koronie zostały właściwie bez ochrony. Akcja dywersyjna Napierskiego nie uchroniła wprawdzie przed klęską berestecką Kozaków, ale równocześnie uniemożliwiła Janowi Kazimierzowi wykorzystanie zwycięstwa. 16 lipca król zdał dowództwo w ręce hetmanów koronnych i wrócił do Warszawy. Cofnęło się także pospolite ruszenie. 22 września zawarto ugodę pod Białą Cerkwią.
I jeszcze aspekt ostatni – fascynacja postacią Napierskiego w literaturze pięknej (m.in. Kasprowicz Jan: Bunt Napierskiego, poemat dramatyczny, 1899 [wyd. książkowe 1905]; Orkan Władysław: Kostka Napierski, powieść historyczna, 1925; Tetmajer Kazimierz: Maryna z Hrubego [pierwsza część powieści Legenda Tatr, dotycząca powstania Kostki Napierskiego]; 1910; Olearczyk E.: Ballada o Aleksandrze ze Sztemberku Kostce Napierskim, pieśń na głos i fortepian do słów S. R. Dobrowolskiego, 1952). No cóż, z czasem motywy i okoliczności powstania zatarły się w ludzkiej pamięci, zastąpiła je legenda o odważnym chłopskim przywódcy, który śmiało porwał się na królewską warownię strzegącą doliny Dunajca.