Silva Rerum Karmelici to zakon zorganizowany w XII w. w Palestynie przez św. Bertolda i św. Brokarda, początkowo jako wspólnota eremicka, a od 1247 r. cenobicka, zatwierdzony ostatecznie na soborze lyońskim II (1274) jako zakon żebrzący. W średniowieczu rozprzestrzenili się w Europie (w 1390 założyli dom w Krakowie). Druga z gałęzi zakonu (karmelici bosi), zapoczątkowana przez św. Teresę od Jezusa i św. Jana od Krzyża, została zatwierdzona w 1593 przez Stolicę Apostolską jako oddzielny zakon. Do karmelitów bosych w latach 1604-1605 zwrócił się metropolita unicki Hipacy Pociej, prosząc o przysłanie zakonników celem przeprowadzenia reformy bazylianów. Kapituła Kongregacji Włoskiej wyraziła jednak zgodę tylko na założenie klasztoru w Krakowie. W 1606 podjęto budowę pierwszego drewnianego kościoła i klasztoru (poniżej dzisiejszego kościoła szpitalnego pw. św. Łazarza przy ul. Kopernika).
Wkrótce po powstaniu samodzielnej prowincji polscy karmelici bosi rozpoczęli starania o założenie eremu. 20 VI 1620 zezwoliło im na to Definitorium Generalne w Rzymie. Nie było to proste, zakon bowiem nie dysponował wystarczająco zasobnymi funduszami własnymi. W 1625 karmelici pozyskali dla swej sprawy Agnieszkę z Tęczyńskich Firlejową, która obiecała ufundować erem w swych dobrach. Upoważniła zakonników do wyszukania miejsca, które będzie odpowiadać wymogom reguły. Początkowo zakonnicy wybrali las siedlecki, by ostatecznie ulokować erem na górze w Czernej należącej do Jana Tęczyńskiego. Po zamianie dóbr, 4 IV 1630 Tęczyński oficjalnie przekazał zakonnikom stok góry czerneńskiej. 10 V 1631 Agnieszka Firlejowa wystawiła dokument erekcyjny eremu pw. św. Eliasza. 28 IX 1633 zakonnicy wprowadzili się do częściowo wybudowanego klasztoru. W latach 1635–1637 na zachód od klasztoru zbudowano eremitaże: św. Jana Chrzciciela i Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny. Na południe od klasztoru, blisko murów zewnętrznych otaczających całe założenie, sięgające daleko na północ od klasztoru i obejmujące zachodnią część sąsiedniej góry siedleckiej, usytuowano eremitaż św. Agnieszki. W obrębie murów zewnętrznych tzw. wielkiej klauzury papieskiej znajdowały się mury małej klauzury, otaczające sam klasztor oraz ujmujące drogi dojazdowe do niego od południa, a później (gdy przy moście w dolinie wybudowano nową furtę) od wschodu, od bramy na szczycie góry siedleckiej. 21 IX 1640 biskup przemyski Piotr Gembicki poświęcił i konsekrował kościół pw. św. Eliasza Proroka. Stało już wtedy jedno skrzydło klasztoru i brama od północy (z datą: 1640), zamykająca tzw. małą klauzurę. W latach 1644–1651 na podwórzu do północnego zachodu wykuto studnie. Przed 1646 istniał też most, przerzucony nad potokiem w dolinie dzielącej wzgórza czerneńskie i siedleckie, oraz eremitaże rozrzucone po wzgórzach. W 1668 przeprowadzono nową drogę do eremu. W latach 1671–1691 wzniesiono słynny, zachowany w postaci ruiny, most arkadowy z kamiennymi balustradami zakończonymi figurkami świętych. W 1672 zakończono budowę zewnętrznego muru wielkiej klauzury papieskiej o długości 4180 m, ujmującego las o powierzchni 80 ha.
Życie eremitów było objęte szczegółowym regulaminem. Czas dzielono między modlitwę, czytanie ksiąg religijnych i pracę fizyczną. Eremitów obowiązywało wieczne milczenie. Dwa razy w roku część z nich udawała się do odrębnych pustelni, gdzie tryb życia był znacznie surowszy. W czasie pobytu w pustelniach eremici zachowywali klasztorny rozkład zajęć. Na głos dzwonu z wieży klasztornej i oni dzwonili na znak, że czuwają i łączą swe modlitwy z modlitwami współbraci. Dla podtrzymania pobożności i dzielenia się z innymi własnymi przemyśleniami co pewien czas zbierali się na tzw. kolacje duchowe, czyli rozmowy na tematy religijne.
Klasztor czerneński pełnił funkcję eremu do 1792 r. Pięć lat później – w związku z prześladowaniami cesarskimi – erem zmienił swój charakter. W 1805 zniesiono wielką klauzurę papieską, czyli faktycznie erem w Czernej. Prawna zmiana eremu na klasztor cenobicki nastąpiła w 1807.