Marek i Jan Sobiescy odebrali staranne wykształcenie w Kolegium Nowodworskim w Krakowie. Uczyli się poetyki, filozofii moralnej, retoryki, oratorstwa, dialektyki, fizyki, historii starożytnej, geografii, dodatkowo zaś języków obcych. Zwieńczeniem ich edukacji miała być zagraniczna peregrynacja. Zgodnie z zaleceniami Jakuba Sobieskiego jego synowie wybrali się w podróż edukacyjną po Europie pod opieką Pawła Orchowskiego, Marcjana Lisowskiego i Sebastiana Gawareckiego. Ten ostatni pozostawił po sobie cenną relację z tej podróży, dzięki której możemy śledzić losy młodych Sobieskich. Przed wyjazdem Marek i Jan otrzymali od ojca instrukcję dotyczącą ich edukacji. Mieli się skupić przede wszystkim na nauce francuskiego (który będzie przydatny nie tylko na dworach, wśród rodów panujących i arystokracji, lecz także do nauki architektury wojskowej w Niderlandach) i niemieckiego, historii, a poza tym na ćwiczeniach fizycznych i nauce tańców dworskich.
Dnia 21 lutego 1646 r. młodzi Sobiescy wyruszyli zatem z Żółkwi i przez tereny Rzeczypospolitej Obojga Narodów i cesarstwa kierowali się w stronę Paryża. Wielkanoc spędzili w Berlinie, w którym nie było wówczas kościoła katolickiego, więc Marek i Jan mogli uczestniczyć tylko we mszy protestanckiej. Mijano kolejne miasta na terenach niemieckich, m.in. Wittenbergę (gdzie odwiedzono nagrobek Filipa Melanchtona), Lipsk (w którym zachwycano się ufortyfikowaniem i renesansowym ratuszem), Wolfenbüttel (gdzie podziwiano bibliotekę, w której zdeponowano 40 tys. pięknie oprawionych książek, a kolejnych 20 tys. czekało na oprawę). Sobiescy kierowali się w stronę Hamburga, by następnie dostać się do Holandii. Ich uwagę przyciągnął Amsterdam, miasto na wodzie, w którym znajdowało się 20 tys. mostów, a pod miastem 20 tys. okrętów ludzi różnych narodowości. Kolejnym przystankiem w ich podróży był Utrecht, gdzie spotkali się z Janem Zamoyskim, który był pierwszym mężem Marii Kazimiery d’Arquien, późniejszej żony Jana Sobieskiego. Następnie Sobiescy zajechali do Antwerpii (w której podziwiali mennicę i jezuicki kościół pw. św. Karola Boromeusza, a w nim obrazy Rubensa), potem do Brukseli (tu zaś zachwycali się zamkiem i ogrodem z licznymi drzewami i rozmaitym ptactwem oraz zwierzyńcem).
Dłuższym przystankiem w ich podróży był Paryż, do którego zajechali 9 czerwca 1646 r. Podziwiano położenie miasta nad Sekwaną, piękne kamienice, wiele bogatych pałaców, zwłaszcza Luwr, liczne kościoły, no i samą sławną i zacną akademię Sorbona nazywaną. Zwiedzono Bastylię, arsenał, ówczesne przedmieścia, jak Montmartre. W czasie pobytu w stolicy Francji Marek i Jan otrzymali wiadomość o śmierci ojca, który zmarł 13 czerwca 1646 r. W Paryżu spędzili jednak prawie rok i zapewne byli posłuszni ojcowskiej instrukcji. Ta przewidywała pięć godzin nauki dziennie: godzina rano – ćwiczenia stylistyczne po łacinie, następne pół godziny – ich poprawa pod okiem profesora, godzinny wykład profesora – lektura z komentarzem z zakresu historii rzymskiej, pół godziny – indywidualna lektura (łącznie trzy godziny przed południem), po południu: dwie godziny nauki języka francuskiego w połączeniu z historią Francji. Już w Paryżu (mimo zaleceń ojca, by czynić to dopiero w Italii) uczyli się szermierki. Ojciec zalecał też naukę jazdy konnej i grę w piłkę (w wolne dni). Dodatkowo młodzieńcy mogli sami decydować o nauce tańca i grze na instrumentach.
Dnia 1 maja 1647 r. wyruszono ze stolicy Francji, by poznać inne jej regiony. Młodzi Sobiescy zwiedzili Orlean (miasto Joanny d’Arc z najpiękniejszym kościołem we Francji – według relacji Gawareckiego, czyli katedrą Sainte-Croix), Tours, Nantes, La Rochelle, Poitiers, Bordeaux (w którym doceniono grzeczne społeczeństwo i piękne stroje, zwłaszcza kobiece). Dalsza peregrynacja wiodła przez: Tuluzę, Narbonę, Carcassonne, Perpignan, Montpellier, Nîmes, Arles, Marsylię, Tulon, Aix-en-Provence, Awinion, Grenoble, Lyon, Fontainebleau, Amiens, Calais.
Następnie na kilka tygodni (od 12 października do 15 listopada 1647 r.) udano się do Anglii, przede wszystkim w celu zobaczenia Londynu (w którym Sobiescy spędzili cztery tygodnie). Do ojczyzny wracali przez terytoria niderlandzkie. Tym razem zwiedzono m.in.: Rotterdam, Delft, Hagę, Brukselę, Lowanium. Planowanej przez ojca podróży do Italii Marek i Jan Sobiescy nie odbyli.