Silva Rerum Szesnastowieczna Rzeczypospolita jawiła się jako raj i przytulisko dla wszelakiej maści heretyków i schizmatyków. Tolerancja religijna panująca na obszarach rządzonych przez polskich i litewskich Jagiellonów była konsekwencją wielu lat ich władztwa, w którym tylko poszanowanie swobód gwarantowało spokój w państwie. Wraz ze wstąpieniem na tron Zygmunta III Wazy, zakończył się czas spokoju religijnego. Władca ten, powodowany głęboką, wręcz fanatyczną wiarą oraz swoiście pojmowanym interesem państwa, gorliwie popierał działania kontrreformacyjne, skierowane zarówno przeciwko wyznaniom protestanckim, jak i prawosławiu.
Kiedy nad Wisłą i Wilią sięgały zenitu spory teologiczne pomiędzy katolikami i protestantami, a kultura doby polskiego baroku wznosiła się na szczyty, prawosławie przeżywało głęboki kryzys. Ciągle w defensywie, z biegiem czasu stawało się religią mas. Magnaci przechodzili na katolicyzm i kalwinizm. Wpływ na taki stan rzeczy miał niski poziom prawosławnego kleru i brak odpowiednich szkół. Próbował temu zadziałać wielki opiekun religii prawosławnej, a przy tym humanista i właściciel olbrzymiego majątku, książę Konstanty Ostrogski. To on założył słynną Akademię Ostrogską, z murów której rozeszły się ożywcze prądy dla religii greckiej. Ostrogski docenił także rolę druku w reformowaniu Cerkwi i założył drukarnie w Ostrogu i Dermaniu.
Na przekór wysiłkom Ostrogskiego i spokojowi w państwie, Zygmunt III doprowadził do unii brzeskiej w 1596 roku. Prawosławni mieli uznać nowy kościół greko-katolicki i przyjąć zwierzchnictwo papieża. Zdecydowana część wiernych nie uznała jednak unii i nowych hierarchów. Wkrótce doszło do sytuacji, w której hierarchowie nowego kościoła posiadając majątki i świątynie, nie mogli ich zapełnić wiernymi.
W sytuacji hierarchii bez wiernych i wiernych bez hierarchii, w sprawie cerkwi głos zaczęli zabierać Kozacy. Domagając się przywilejów dla siebie, występowali również w obronie „religii greckiej”. Przełomowym dla uczynienia z Kozaków obrońców prawosławia była wizyta patriarchy jerozolimskiego Teofanesa, który w 1620 roku przybył na Ukrainę. Będąc pewien poparcia siczowego bractwa, wyświęcił prawosławnych biskupów. Pobłogosławił także Kozaków i rozgrzeszył ich z wyprawy przeciwko prawosławnej Rosji.
Władze w Warszawie protestowały przeciwko takiej samowoli, jednak wobec klęski Stanisława Żółkiewskiego pod Cecorą i spodziewanego starcia z Turcją, nie były w stanie nic zrobić. Kozackie szable znaczyły zbyt wiele i jak się okazało bardzo się przydały pod Chocimiem w 1621 roku. Od tego jednak czasu Kozacy uznali się opiekunami Cerkwi i posługując się argumentami religijnymi, coraz natarczywiej zaczęli domagać się praw ekonomicznych i politycznych. Tak było chociażby w 1630 roku, kiedy to Taras Fedorowicz podniósł żagiew buntu przeciwko Rzeczypospolitej.
Wstąpienie na tron tolerancyjnego Władysława IV wydawało się, że otwiera nowy rozdział w stosunkach z Kozakami i Cerkwią. Władca przywracał wolność kultu religii prawosławnej i oddawał cerkwi część majątków. Miał to być pierwszy krok do rozwiązania kwestii ukraińskiej. Niestety był on krokiem ostatnim, a nierozwiązane i tłumione problemy, wybuchły ze zwielokrotnioną siłą w 1648 roku.