Johann III. Sobieski aus dem Wappengeschlecht Janina (1629-1696), Großhetman der Polnischen Krone, Großmarschall der Polnischen Krone, polnischer König. Er war der Sohn des Kastellans von Krakau Jakub und seiner Gattin Teofila, geb. Daniłowicz, Uhrenkel des polnischen Großhetman und Großmarschalls Stanisław Żółkiewski, jüngerer Bruder des Starosten von Krasnostaw Marek Sobieski sowie älterer Bruder von Katarzyna, Gattin von Michał Radziwiłł. Er kam am 17.08.1629 in Olesko auf die Welt, „zwischen vierzehn und fünfzehn Uhr, an einem Freitag”, einer Legende zufolge – während eines starken Gewitters, als das Schloss gerade von einem Tschambul der Tataren, die in der Gegend ihr Unwesen trieben, angegriffen wurde. Zuerst wurde er im elterlichen Haus in Olesko und Żółkiew (ukr. Schowkwa) unterrichtet, anschließend im Jahre 1640 wurde er sich zusammen mit seinem Bruder unter der Obhut von Paweł Orchowski an das Nowodworski-Kollegium in Krakau geschickt. In der eigens für diesen Aufenthalt angefertigten Belehrung forderte der Vater seine Söhne unter anderem auf, die Fremdsprachen, vornehmlich Latein und Deutsch, ferner Französisch, Italienisch und Türkisch eifrig zu studieren; neben Regeln, die unmittelbar den Unterricht betrafen, enthielt das Schreiben auch Anweisungen in Bezug auf das Alltagsleben, so empfahl er ihnen, mindestens zwei Mal im Monat in der Badewanne zu waschen, sowie alle 6-8 Wochen eine private Badeanstalt zu besuchen. Nach der Ankunft in Krakau nahmen die Brüder Sobieski einige Monate lang privaten Lateinunterricht, auf diese Weise konnten sie im Wintersemester 1640/41 gleich mit dem Unterricht in der zweiten Klasse (für Poetik) des Kollegiums anfangen. Nach zwei Jahren beendeten sie die dritte Klasse (für Dialektik) und immatrikulierten sich im Wintersemester 1642/43 an der Philosophischen Fakultät der Krakauer Akademie. Nach der Beendigung des Studiums und einem kurzen Aufenthalt in Żółkiew im Februar 1646 begannen die Brüder ihre Grand Tour, um Fremdsprachen und Militärarchitektur zu studieren. Sie nahmen den Weg über Lublin, Kazimierz, Radom, Kalisz und Posen und kamen am 1. April 1646 in Berlin an, anschließend besuchten sie Wittenberg (wo sie u.a. die Stube von Martin Luther besichtigten), dann Leipzig und Lützen (dort besichtigten sie das Schlachtfeld, auf dem Gustav II. Adolf im Jahre 1632 den Tod fand); sie nahmen den Weg über Brabant und passierten am 6. Juni die französische Grenze, drei Tage später erreichten sie Paris. Dort hielten sie sich fast ein Jahr auf, verbrachten dieses mit dem Studium und Besichtigungen der Stadt. Johann sollte dort übrigens auch für kurze Zeit in die königliche Garde Ludwigs XIV. auftreten sowie eine Liaison mit der Gattin eines Beamten beginnen, aus der ein gewisser „Monsieur de Brisacier” hervorging, der viele Jahre später in Polen auftauchte und nicht nur für ein internationales Skandal, sondern auch für ernsthafte Eheprobleme des damaligen Königs Johann III. sorgte. Der Aufenthalt in der französischen Hauptstadt wurde nicht Mal durch die Nachricht vom Tod des Vaters unterbrochen, von dem Johann das Starostenamt von Jaworów (ukr. Jaworiw) erbte. Am 1. Mai 1647 verließen die Brüder Sobieski Paris und setzten ihre Grand Tour durch Frankreich fort, besuchten dabei u.a. Chartres, Orlean, La Rochelle, Poitiers, Tulouse, Carcasson, Marseille und Lyon. Am 12. Oktober verließen sie Calais und erreichten per Schiff England, wo sie über einen Monat verbrachten. Nach der Rückkehr bereisten sie Seeland und die Niederlande, lernten den Prinzen Wilhelm II. von Oranien und den Admiral Cornelius van Tromp kennen, besuchten Vorlesungen über Festungsbaukunst; dort auch im Juni 1648 erreichten sie die Nachrichten vom Tod des Königs Wladislaws IV. (gest. am 20. Mai 1648), vom Ausbruch des Kosakenaufstandes unter der Führung von Bohdan Chmielnicki und von der Niederlage der polnischen Truppen bei Korsuń (ukr. Korsun). In einem Brief der Mutter zur Rückkehr angefordert, verließen sie am 24. Juli Brüssel und passierten im September die Grenzen der Adelsrepublik.
Im Sommer 1649 fand sich Sobieski im polnischen Heer unter dem Oberbefehl des Königs Johann Kasimirs, der den Verteidigern der belagerten Festung Zbaraż (ukr. Sbarasch) zur Hilfe eilte. Am 15. August nahm er an der Schlacht von Zborów (ukr. Sboriv) teil, kämpfte dabei an der Spitze des Kosaken-Banners an der linken Flanke der polnischen Truppen. Sobieski nahm auch an der Schlacht gegen die vereinigten Truppen der Kosaken und Krimtataren bei Beresteczko (ukr. Berestetschko) teil (28-30. Juni 1651), am zweiten Tag der Schlacht erlitt er eine schwere Kopfverletzung und entging nur knapp der tatarischen Gefangenschaft. Ein Jahr darauf erkrankte er schwer und konnte dadurch nicht an dem Feldzug von Batoh teilnehmen, bei dem sein Bruder Marek den Tod fand. Im Jahre 1653 kämpfte er an der Spitze des Kosaken-Banners in der Schlacht bei Żwaniec (ukr. Schwanez); wurde damals eine von den Geiseln, die dem Khan İslâm III. Giray für die Dauer der Friedensverhandlungen überlassen wurden. Im Frühjahr 1654 reiste er als Mitglied der Gesandtschaft von Mikołaj Bieganowski ins Osmanische Reich und hielt sich zusammen mit dem Gesandten in Istanbul auf. Nach der Rückkehr beteiligte er sich an den Kämpfen gegen die russischen Truppen, die in der Ukraine eingefallen waren, am 29. Januar 1655 nahm er als Anführer einer Regiment an der siegreichen Schlacht über die vereinigten russischen und kosakischen Truppen bei Ochmatów (ukr. Ochmativ) teil. Im Frühjahr 1655 lernte er am königlichen Hof die vierzehnjährige Hofdame der Königin Marie Ludowika Maria Kazimiera d’Arquien kennen, die von nun an zu seiner „unüberwindbaren Leidenschaft” werden sollte.
In der Anfangsphase der „Schwedischen Sinnflut” kämpfte Sobieski gegen die Schweden in den Schlachten bei Żarnow und Wojnicz, bald allerdings wechselte er zusammen mit dem Großfähnrich der Polnischen Krone Aleksander Koniecpolski die Seite und schloss sich dem Schwedenkönig Karl X. Gustav an, in seinen Diensten blieb er bis Frühjahr 1656; kämpfte in dieser Zeit u.a. in der Schacht bei Gołąb (18. Februar 1656) gegen die Truppen Stefan Czarnieckis. In die polnische Armee kehrte er Ende März 1656. Bereits am 7. April zeichnete er sich in der Schlacht bei Warka durch besondere Tapferkeit aus, anschließend beteiligte er sich an der Verfolgung der Reste der geschlagenen Truppen des Markgrafen Friedrich VI. von Baden-Durlach; als Anerkennung für seine Verdienste wurde er am 26. Mai 1656 zum Großfähnrich der Polnischen Krone ernannt. Er nahm am Feldzug von Großpolen und in der Schlacht bei Warschau am 28-30. Juli desselben Jahres teil, 1657 kämpfte er gegen die Siebenbürgischen Truppen unter der Anführung von Georg II. Rákóczi (u.a. in der Schlacht bei Czarny Ostrów, ukr. Tschornyj Ostriw), war auch bei dessen Kapitulation anwesend.
Durch die Liebe zu Maria Kazimiera schloss er sich immer enger den Hofkreisen und der profranzösischen Fraktion (wofür er übrigens auch vom französischen König Ludwig XIV. entlohnt wurde) an, die sich damals für Reformen in der Adelsrepublik wie die Einschränkung des Liberum Veto, Regulierung des Parlamentswesens oder Einführung der Königswahl zu Lebzeiten des Vorgängers (electio vivente rege) einsetzte; gleichzeitig strebten die Reformbefürworter die Lockerung der Beziehungen zu den Habsburgern an, bei gleichzeitiger Konsolidierung der Zusammenarbeit mit Frankreich. Sobieskis Beziehungen zum Hof änderte auch nicht die von der Königin arrangierte Heirat Maria Kazimieras mit dem Mundschenk der Polnischen Krone Jan „Sobiepan” (dt. „Sich selbst der Herr“) Zamoyski. Im Herbst 1658 unternahm er zusammen mit Aleksander Koniecpolski einen Feldzug nach Königlich-Preußen, wo er zuerst Sztum (dt. Stuhm) belagerte, anschließend die Schweden aus dem Feldlager bei Dzierzgon (dt. Christburg) angriff. Anfang Dezember zog er gegen Thorn. Nach der Kapitulation der Stadt nahm er als Abgeordneter am Sejm von Warschau im Jahr 1659 teil, wurde dabei zum Mitglied der Kommission ernannt, welche die Aufteilung der Güter der orthodoxen Kirche zwischen den Unitierten und Orthodoxen beaufsichtigen sollte. Im März 1660 erhielt er das Amt des Starosten von Stryj, reiste gleichzeitig auf Anordnung der Königin an der Spitze des eigenen Kavallerieregiments nach Preußen, wo in Oliva bei Danzig Friedensverhandlungen mit den Schweden geführt wurden.
Nach dem Friedensvertrag von Oliva nahm Sobieski nach einem kurzen Aufenthalt in Jaworów an dem Ukrainefeldzug von 1660 teil. Er kämpfte in den Schlachten bei Lubar (ukr. Ljubar) (16. September), Cudnów (ukr. Tschudniw) (27. September und 14. Oktober) und Słobodyszcze (ukr. Slobodischtsche) (7. Oktober), unterzeichnete anschließend das Friedensabkommen von Cudnów, kraft dessen die Saporoger Kosaken unter die Herrschaft des polnischen Königs und Polen-Litauen zurückkehrten, begab sich dann nach Warschau, um als einer der zwölf militärischen Abgeordneten beim Sejm von 1661 die Forderungen der im sog. Geheiligten Bund vereinigten Soldaten darzulegen. Beim Sejm vertrat er die Interessen der höfischen Fraktion, versuchte dabei, die Szlachta von der Notwendigkeit der Wahl eines neuen Königs bereits zu Lebzeiten des amtierenden Herrschers Johann Kasimirs Wasa zu überzeugen. Am 26. Juli 1661 unterzeichnete er zusammen mit einer Gruppe der dem Hof nahestehenden Magnaten einen Brief an den Prinzen Louis de Condé, in dem er sich für die Wahl vivente rege aussprach, nach dem Sejm versuchte er, das Heer für dieses Projekt zu überzeugen; seine Bemühungen bleiben allerdings, ähnlich wie die Aktivitäten des Hofs erfolglos. Im Jahre 1662 wurde er auf dem Sejmik (einem regionalen, sog. Kleinen Landtag) der Woiwodschaft Ruthenien in Sądowa Wisznia (ukr. Sudowa Wyschnja) zum Sejmabgeordneten ernannt, allerdings auf Betreiben des Großmarschalls der Polnischen Krone und Hofgegners Jerzy Lubomirski wurde der Sejmik gerissen, wodurch die Wahl Sobieskis die Gültigkeit verlor. Dieser reiste darauf nach Warschau an der Spitze einer starken Truppe, die den König gegen vermeintlichen Angriff der Konföderierten des Geheiligten Bundes verteidigen bzw. eventuell den Kampf mit den Gegnern des Hofes aufnehmen sollte. Der Kampf konnte vermieden werden, allerdings der Sejm, eingeschüchtert durch die Drohungen der Konföderierten, stellte sich gegen die königlichen Pläne der Neuwahl.
Im August 1663 zog Sobieski an der Spitze einer 6000 Mann starken Reitertruppe, welche die Vorhut der Truppen Johann Kasimirs bildete, in die Ukraine. Während des Feldzugs beteiligte er sich an der Bekämpfung des Aufstandes der Banner des ausländischen Autoraments, der ausgebrochen war, als den Soldaten Juwelen beschlagnahmt worden waren, die sie als Pfand für den nicht ausgezahlten Sold erhalten hatten. Nach dem Einzug in die durch die Russen besetzten Gebiete eroberte er in Sturm Boryspol (ukr. Boryspil), anschließend zog er zusammen mit der Verstärkung der Tataren und Kosakentruppen unter der Anführung von Paweł Tetera in Richtung Südosten, wo er ohne nennenswerten Widerstand die Gebiete bis Worskla erobern konnte; zu stärkeren Kämpfen kam es nur bei Romny und Przyłuki (ukr. Priluki), bis Jahresende gelang es Sobieski allerdings, über 50 Städte und Ortschaften zu besetzen. Nach dem Befehl des Königs, zum Hauptheer zurückzukehren, das zu diesem Zeitpunkt in schwere Kämpfe mit russischen Truppen auf dem Gebiet von Weißrussland beteiligt war, kehrte Sobieski in den Norden zurück und schloss sich am 18. Januar 1664 in Korop den Truppen Johann Kasimirs an. Er beteiligte sich an der erfolglosen Belagerung von Głuchów (ukr. Gluchiv), marschierte dann gemeinsam mit dem königlichen Heer bis nach Siewsk (ukr. Sewsk), wo Mitte Februar zu einem Treffen mit den litauischen Truppen unter der Führung des litauischen Feldhetman Michał Pac kam. Während des Rückzugs aus der Linksufrigen Ukraine übernahm Sobieski den Oberbefehl über die Nachhut, gewann dabei die Kämpfe bei Sośnica (ukr. Sosnyzja) und Kopyśniki, leitete dann die Angriffe gegen Iwan Brzuchowiecki, bis ihm schließlich gelang, den Gegner auf die bei Nowogrod Siewierski (ukr. Nowhorod-Siwerskyj) stationierten Haupttruppen des Königs zu führen; in der Schlacht erlitten die Kosaken eine schwere Niederlage, den königlichen Truppen gelang es allerdings nicht, das feindliche Lager zu erobern. Nach der Rückkehr in die Rechtsufrige Ukraine begab er sich zusammen mit Jan Sapieha in die Gegend von Kiew, um dort die Züge der Russen zu beobachten; mit dem Hauptheer verband er sich erst Ende Mai. Er blieb in der Ukraine bis Ende Juli oder Anfang August.
Im Herbst 1664 besuchte Sobieski (in Begleitung von 600 Reitern) als königlicher Gesandte die ruthenischen Sejmiki, die den Auftakt zum großen Sejm bildeten; beim Sejmik in Sądowa Wisznia wurde er als Abgeordneter für den Sejm in Warschau gewählt, wobei ihm gleichzeitig angeordnet wurde, sich für den des Verrats angeklagten Lubomirski einzusetzen. Beim Sejm ergriff er entgegen der Anleitung des Sejmik die Partei des Königs, nahm allerdings nicht am Sejm-Gericht teil. Nach dem Gerichtsurteil des Sejm, das den Marschall zur Verbannung und Beschlagnahme seiner Güter verurteilte (dieses Urteil hielt er übrigens für ungerecht) bemühte er sich zunächst um die nach Lubomirskis Verbannung vakanten Ämter des Feldhetman und des Großmarschalls der Polnischen Krone, als ihm dann aber im Januar 1665 das Marschallamt angeboten wurde, wollte er der Ernennung nur unter der Bedingung zustimmen, dass sich Maria Kazimiera von Zamoyski scheiden lässt; letztendlich weigerte er auch, das Amt des Feldhetman zu empfangen. Mit der Zeit war er auf Betreiben von Maria Kazimiera immer mehr dazu entschlossen, das Amt des Marschalls zu übernehmen, sein Widerstand wurde schließlich gebrochen, als Zamoyski am 7. April 1665 verstarb. Bereits am 14. Mai heiratete er heimlich (wegen der Trauerzeit) Maria Kazimiera, am 5. Juli wurde die Zeremonie mit großem Prunk wiederholt. Am 18. Mai trat er das Amt des Großmarschalls an, das ihm erneut angeboten wurde; zwei Wochen später unterzeichnete er zusammen mit anderen Würdenträgern die Zustimmung für die Kandidatur des Prinzen Henri d’Enghien bzw. dessen Vaters Louis de Condé als Nachfolger für den polnischen Thron. Am 12. Juli zog er gegen Lubomirski. Nach dem Friedensabkommen von Palczyn (am 6. November 1665) stimmte er zwar dem Rücktritt vom Marschallamt zu, um den Friedensabschluss mit dem Rebellen nicht zu gefährden, erklärte sich jedoch gleichzeitig bereit, auf eigene Kosten eine Truppe aus 2000 walachischen Reitern aufzustellen, die er an mehreren Knotenpunkten landesweit platzieren wollte, die als potentielle Treffpunkte für die sich neu versammelten Verbündeten Lubomirskis dienen könnten. Aus Furcht vor Beschimpfungen seitens der ihm feindlich gesinnten Szlachta erschien er beim Sejm im Frühjahr 1666 erst auf ausdrücklichen Befehl der Königin, die von Maria Kazimiera unterstützt wurde. Trotz Einfeindungen der Adligen und des Militärs (man wollte seine Marschallwürde nicht anerkennen), verweigerte er schließlich den Rücktritt vom Amt, entschloss er sich außerdem, das Amt des Hetman in Nachfolge des vor einem Jahr verstorbenen Czarniecki zu übernehmen; Am 30. April 1666 wurde er zum Feldhetman der Polnischen Krone ernannt. Die Angriffe der Gegner setzten auch fort, als der Sejm zerrissen wurde und offenbarten sich in zahlreichen im Land verbreiteten Schmähschriften; frustriert von diesen Anfeindungen spielte Sobieski sogar mit dem Gedanken, die Adelsrepublik zu verlassen und nach Frankreich zu ziehen. Die Lage verschlimmerte der schlechte Zustand seiner Finanzen, hervorgerufen durch die Beteiligung am Bürgerkrieg, sowie durch den Streit mit den Erben Jan Zamoyskis. Das Urteil des Sejm-Gerichts vom 25. April 1666 verpflichtete zwar die letzteren, an die Familie Sobieski einen Betrag von 800 000 polnischen Zloty zu zahlen, jedoch erst die im September mit Gryzelda Wiśniowiecka und Stanisław Koniecpolski, den Erben des verstorbenen Majoratsherrn geschlossene Vereinbarung führte zur Auszahlung des mittlerweile um die Hälfte reduzierten Betrags.
Nach der Wiederaufnahme der Kampfhandlungen gegen Lubomirski im Sommer 1666 ergriff Sobieski erneut die Partei des Königs Johann Kasimir, seine Teilnahme am Bürgerkrieg kann allerdings nicht als Erfolg verzeichnet werden. In der Schlacht bei Mątwy am 13. Juli trug er gar zu der Niederlage der königlichen Truppen bei, da er einen Teil der Kavallerie vor die eigenen Dragoner aufstellte, was die letzteren daran hinderte, das Feuergefecht aufzunehmen und schließlich dazu führte, dass sie von den in Panik fliehenden Reitern überrannt wurden. Sobieski selbst gelang mit Mühe die Flucht aus dem Schlachtfeld: als er im Begriff war, die Brücke über die Netze zu passieren, wurde er in den Fluss gestoßen und verlor sein Säbel, den Kettenhelm, den Bogen und Armschutzplatten. Die Niederlage und Schuldzuweisungen, denen sich Sobieski nach der verlorenen Schlacht stellen musste, brachten ihn sogar dazu, die Gespräche mit Versailles wiederaufzunehmen. Am 6. Oktober 1666 unterzeichnete Ludwig XIV. eine Sonderurkunde, in der er sich verpflichtete, Sobieski (nach dessen Ankunft in Frankreich) die Würde eines Marschalls, ein Erbfürstentum und den Heiliggeistorden verleihen; schweigend ignoriert wurden indes die von Maria Kazimiera gestellten Forderungen nach Auszeichnungen für ihre eigene Familie, die in der königlichen Gunst nicht besonders hoch stand. Der Umzug nach Frankreich kam letztendlich nicht zu Stande.
In dieser Zeit eröffnete sich vor Sobieski ein neues Betätigungsfeld. Friedensgespräche, die zwischen den Vertretern Polen-Litauens und Russlands in Andrussowo geführt wurden, insbesondere dabei der am 30. Januar 1667 vereinbarte Waffenstillstand, resultierten in der Verschlechterung der Beziehungen zu den islamischen Ländern. Der drohende Krieg mit dem Osmanischen Reich konnte zwar durch die Entsendung der Gesandtschaft von Hieronim Radziejowski nach Istanbul verhindert werden, allerdings erforderten die sich wiederholenden Einfälle der Krimtataren eine Gegenmaßnahme. Bereits im Herbst desselben Jahres verteilte Sobieski Einheiten der festen polnischen Armee entlang der Flüsse Orynia und Dnister, Mitte des darauffolgenden Jahres warnte er den Adel vor dem drohenden tatarischen Einfall, es gelang ihm jedoch nicht, die Adligen zur Zusammenarbeit zu bewegen. Im Juni begann er eine Kampagne gegen die noch relativ seltenen Tschambuls der Krimtataren, die in den Woiwodschaften Ruthenien, Wolhynien und Podolien ihr Unwesen trieben. Im August passierten die Grenzen der Adelsrepublik die Hauptkräfte der Horde, angeführt von Kalga Adil Giray und unterstützt von den Kosaken unter der Führung von Petro Doroschenko; ihre vereinigten Truppen bestanden aus rund 30 000 Reitern, gegen die Sobieski gerade Mal 9000 Soldaten aufstellen konnte. Aus diesem Grund verzichtete er auf eine direkte Konfrontation, teilte stattdessen seine Kräfte in mehrere größere Reitereinheiten auf, die in einzelnen Bereichen, unterstützt von einer Festung, aktiv waren, diese Truppen fungierten als Grundstrukturen für kleinere Einheiten aus mehreren Hundert Mann, die direkt gegen die tatarischen Tschambuls eingesetzt wurden. Die Infanterie setzte er vor allem als Besatzung der Orte Lemberg, Biała Cerkiew (ukr. Bila Zerkwa) und Kamieniec Podolski (Kamianets-Podilskyi) ein. Der Plan hielt die Tataren auf: auf allen Routen begegneten sie mobilen polnischen Truppen, die weitere Plünderungen verhinderten. Sobieski selbst befestigte sich am 4. Oktober 1667 mit einer Truppe aus 3000 Mann in einem Feldlager bei Podhajce (Pidhajzi), bedrohte damit direkt die Verbindungsrouten der Tataren und Kosaken; damit zwang er die Gegner zunächst zu einem Versuch, das Lager in Stürm zu erobern (6. Oktober), anschließend zu dessen Belagerung, die mit Verhandlungen mit den Tataren (16 . Oktober) und Kosaken (19 . Oktober) endete. Dieses Abkommen erneuerte den Frieden zwischen dem Khan der Krimtataren und dem polnischen König (einschließlich der Geschenkübergabe an die Tataren und deren militärischer Unterstützung für die polnische Armee) und stellte die Kosaken erneut unter die Herrschaft Polen-Litauens; gleichzeitig erlaubte man den Tataren, ihre Gefangenen auf die Krim abzuführen. Das Aufhalten des tatarischen Feldzugs steigerte die Popularität Sobieskis in den Kreisen der ihm bisher nicht besonders wohlgesinnten Szlachta. Im selben Jahr erhielt er das lukrative Starostenamt von Gniew (dt. Möwe), das er sich seit zwei Jahren anstrebte. Am 5. Februar 1668 wurde ihm die Würde des Großhetman der Polnischen Krone verliehen (zum Feldhetman wurde Dymitr Wiśniowiecki ernannt, der Sobieski nicht wohlgesinnt war). Am 1. März reiste er zum Sejm nach Warschau, der allerdings bereits eine Woche später zerrissen wurde; Sobieskis versöhnlicher Auftritt konnte dabei zwar die Auflösung des Sejms durch die antifranzösischen Abgeordneten nicht verhindern, trug jedoch zu einer größeren Beliebtheit bei; da er aber weiterhin die französische Kandidatur unterstützte, verlor er schnell erneut die Sympathien der Zeitgenossen. Nach der Abdankung Johann Kasimirs (am 16. September 1668) unterstützte der die Kandidatur des Prinzen de Condé ein, konnte sich jedoch nicht gegen die Adelsmassen durchsetzen, die am 19. Juni 1669 Michel Korybut Wiśniowiecki zum polnischen Herrscher wählten. Sobieski, dem kraft seines Amtes als Marschall die Verkündung der erfolgreichen Wahl oblag, stellte sich vom Anfang in Opposition zum neuen König: er war bei dem Treueschwur nicht anwesend, unterzeichnete auch nicht die Wahlurkunde, unterstützte stattdessen die Protestation von Marcin Zamoyski, der am 1. Juli versuchte, wegen seines Misserfolgs im Streit mit Gryzelda Wiśniowiecka den Wahlsejm zu zerreisen. Am nächsten Tag verließ er Warschau. Er nahm am Krönungssejm in Krakau teil und am 30. September 1669 leistete er zusammen mit anderen Senatoren Michel Korybut den Treueid. Etwa gleichzeitig erhielt nach langwierigen Verhandlungen mit Stanisław Radziejowski das Starostenamt von Solec. Trotz des scheinbaren Rückzugs setzte Sobieski seine Aktivitäten gegen den König fort. Zusammen mit anderen Gegnern des amtierenden Herrschers, die Malkontenten genannt wurden, nahm er schon im November 1669 an einer Verschwörung teil, mit dem Ziel, Michael zu entthronen und den französischen Kandidaten, Grafen St. Paul de Longueville, einen Neffen des Prinzen de Condé, auf den Thron zu bringen. Er versuchte, die Ehe des Königs mit Eleonore Maria Josefa von Habsburg zu verhindern (da die Verbindung den Thron stabilisieren könnte); über die Königin selbst äußerte er sich weitgehend positiv (wie er schrieb, „sie sei nicht hässlich und von unvergleichbarer Güte”), hielt allerdings die Ehe für unvorteilhaft für Polens Interessen, blieb deshalb im Februar 1670 von der königlichen Trauung in Tschenstochau fern, wurde dort von seiner Gattin Maria Kazimiera vertreten. Den Angriffen der Szlachta (auf dem Sejmik von Sieradz wurde sogar gefordert, ihm das Hetmanamt zu entziehen, angeblich wegen des schlechten Gesundheitszustands) und des Feldhetman Wiśniowiecki ausgesetzt, der ihn sogar beschuldigte, den Tatarenangriff absichtlich herbeigerufen zu haben, konnte er allerdings die Mehrheit der Truppen für sich zu gewinnen, die auf der Generalversammlung bei Trembowla im September 1670 die Partei ihres Oberbefehlshabers ergriffen. Sobieski bemühte sich um den Frieden mit den Kosaken, jedoch angesichts der Ernennung zum Hetman der Kosaken Michael Chanenkos, der zwar propolnisch war, allerdings über wenig Einfluss verfügte, konnte er einen Angriff des mit den Krimtataren verbündeten Doroschenko nicht verhindern. Als im Juli 1671 die Kosaken mit der Belagerung von Biała Cerkiew begannen, wiederholte er das Manöver vom 1667: einen Teil der Truppen verteilte er auf entlang der Strecken der vermuteten tatarischen Überfälle und auf Festungen, während er selbst an der Spitze einer kleinen Einheit in Richtung Peczora (ukr. Petschora) am Südlichen Bug marschierte, wo sich größere tatarische Kräfte in Erwartung der Verstärkung aus der Krim versammelten. Als die Tataren die Nachricht über Sobieskis Zug erhielten, zogen sie sich in das von Doroschenkos Kosaken besetzte Bracław (ukr. Brazlaw) zurück; am 26. August wurden sie vom Hetman aus der Stadt zurückgedrängt und anschließend bis an die Ufer des Bug gejagt, wobei es zu ernsthaften Verlusten seitens der Gegner kam. Nach einer Ruhepause, die er in der Stadt Bar verbrachte, setzte er im Oktober die Kampfhandlungen gegen die Tschambuls fort, besiegte diese anschließend bei Mohylow (Mohyliw-Podilskyj) und Kalnik (Kalnyk). Durch diese Aktivitäten wurde Doroschenko zurückgedrängt und die polnische Herrschaft rechts des Dnepr (für kurze Zeit) wiederhergestellt, nicht zu verhindern war allerdings der drohende Krieg mit dem Osmanischen Reich; als dann im November die von Pac angestifteten litauischen Truppen sich weigerten, den Kampf fortzusetzen, wurde Sobieski gezwungen, die Kampagne zu beenden. Der eskalierende Konflikt zwischen dem König und dessen adligen Anhängern und den Malkontenten ließ die beiden Sejms des kommenden Jahres zerreißen, womit zwar der Plan verhindert wurde, den Abgeordneten die Zustimmung zur Abdankung des Königs aufzuzwingen (die Hauptrolle in diesem Plan sollten die dem Hetman unterstellten Truppen spielen, die zu diesem Zweck nach Warschau herbeigeschafft wurden), gleichzeitig aber blieb das Land angesichts der anrückenden Armee des Sultans beinahe unbewaffnet. Am 1. Juli 1672 unterzeichnete Sobieski zusammen mit anderen Malkontenten eine gegen den König gerichtete Konföderation und wandte sich an Ludwig XIV. mit der Bitte um Unterstützung und Entsendung eines Kandidaten für den polnischen Thron.
Mitte Juli verließ der Hetman Warschau und widmete sich den Vorbereitungen zur Verteidigung des Landes. Nach dem Fall der Festung Kamieniec Podolski zog er Mitte September an der Spitze von mehreren Tausend Reitern aus Jaworów (Jaworow) und rückte Anfang Oktober in Richtung Zamośc, bekämpfte dabei unterwegs die in der Gegend grassierenden Einheiten der Krimtataren. Am 7./8. Oktober eroberte er bei Niemirów (ukr. Nemyriw) das Lager von Dschambet Giraj, am 9. Oktober ein weiteres Tatarenlager bei Komarno, am 14. Oktober besiegte er eine starke Tatareneinheit bei Kałusz (Kalusch), bewältigte dabei während des berühmten zehntägigen „Feldzugs gegen die Tschambuls” eine Strecke von mehr als 300 km, befreite rund 44 000 tatarische Sklaven und nahm selbst zahlreiche Gefangene. Seine Aktivitäten konnten allerdings den Hass der gegen ihn gerichteten Szlachta nicht vermindern, die sich am 16. Oktober in Gołąb zu einer Konföderation für den König schloss und forderte, die Malkontenten strafrechtlich zu verfolgen; anschließend begannen die Konföderaten, die Güter des als Verräter bezichtigten Hetman und dessen Verwandten zu plündern; überfallen wurde sogar eine Tante Sobieskis, die Benediktinerin Dorota Daniłowiczówna. Im November erreichten die Vertreter des Adels die bei Zamość stationierenden Truppen des Hetman und versuchten die Soldaten zu überzeugen, sich der Konföderation anzuschließen, sie wurden allerdings mit solch feindlicher Reaktion konfrontiert, dass sie nur durch Sobieskis Intervention ihr Leben retten konnten. Als Antwort wurde am 23. November die militärische Konföderation von Szczebrzeszyn geschlossen, die für die Rechte der Adelsrepublik, insbesondere dabei für die Prärogativen des Hetman, die von den Verbündeten von Gołąb missachtet wurden, vortrat. Nach der Gründung der Konföderation begab sich Sobieski nach Łowicz, um den Primas Mikołaj Prażmowski gegen die feindlich gesinnten Adligen zu verteidigen; während der Gespräche kehrten die Malkontenten zum Konzept der Entthronung Michaels zurück, worauf Sobieski am 30. Dezember 1672 erneut schriftlich von Ludwig XIV. die Entsendung eines Prinzen als Kandidaten für den polnischen Thron forderte. Die Entthronung kam allerdings nicht zustande und angesichts der türkischen Bedrohung bemühten sich beide Parteien, den Konflikt friedlich zu beenden.
Am 4. Januar 1673 trafen sich in Warschau die Konföderaten von Gołąb zum Generalrat. Am 12. Februar unterzeichnete Sobieski im Namen der Malkontenten eine Absichtserklärung, den Konflikt zu beenden, versprach dabei, dem König den Treueid zu leisten, nach dessen Vollzug kam er am 28. Februar in Warschau an. Im März, nach der Unterzeichnung des Friedensabkommens zwischen den Konföderaten von Gołąb und den Malkontenten wurde der Rat der Konföderation in einen Pazifikationssejm umgewandelt. In den Sitzungen stellte Sobieski sein Projekt zur Verteidigung des Landes vor dem erwarteten Angriff des Sultans vor, sprach sich dabei für ein antitürkisches Bündnis mit dem Zaren von Russland, dem christlichen Kaiser und dem Schach von Persien aus, ferner für die Anerkennung Doroschenkos als Kosakenhetman, mit dem Ziel, diesen auf die polnische Seite zu bringen, für die Gewinnung der Walachen für die polnische Sache und schließlich für die Ausstellung einer gut ausgestatteten und regulär bezahlten sechzigtausend Mann starken Armee, die überwiegend aus Infanterie bestehen und mit 60-80 Kanonen ausgestattet werden sollte. Trotz der Zustimmung der Sejmabgeordneten, die sich u.a. in der Zusage einer Finanzierung in Höhe von 150 000 Zloty für den Hetman, der Erstattung der bereits von ihm für die Truppen und Gesandtschaften ausgegebenen Summe von 63 165 Zloty und Erhöhung der Steuern äußerte, konnte die für die neue Kampagne aufgestellte Armee die von Sobieski geforderte Stärke nicht erreichen; unter seinem Oberbefehl fanden sich schließlich 46 500 Mann und 65 Kanonen. Es gelang ihm auch nicht, Doroschenko zu gewinnen, trotz der Vermittlungsversuche des orthodoxen Bischofs von Lemberg Józef Szumlański; zu alledem wechselte der von König unterstützte Chanenko nach einem Streit mit dem Oberst Jan Piwo die Seiten und wurde zum Verbündeten Moskaus, mit ihm verlor die Adelsrepublik die Unterstützung der von ihm angeführten Kosakenstreitkräfte.
Am 12. August 1673 verließ Sobieski Warschau. Über Pielaszkowice und Jarosław erreichte er am 1. September Jaworów (ukr. Jaworiv) und stieß schließlich am 12. Oktober auf die bei Chocim (ukr. Khotyn) versammelte, dreißigtausend Mann starke osmanische Armee, die von Beylerbey von Sylistra Hussein Pascha angeführt wurde. Anfang November verband sich die polnische Armee mit den litauischen Truppen unter der Führung von Michał Pac, sowie mit den moldauischen und walachischen Truppen, die auf die polnische Seite wechselten. Am 9. November rückten die verbündeten Truppen an die von den Osmanen besetzte Festung heran. In der zweitägigen Schlacht am 10./11. November gelang es Sobieski, die türkischen Truppen vernichtend zu schlagen und sie aus Chocim zurückzudrängen; die wenigen Überlebten zogen sich nach Kamieniec zurück. Der siegreiche Hetman wollte nun gen den Süden ziehen, um die Truppen auf die Winterquartiere in den Donaufürstentümer zu verteilen, musste allerdings von diesen Plänen Abstand halten – wegen der Geldprobleme breitete sich unter den Soldaten Fahnenflucht aus, auch der mit Sobieski zerstrittene Pac wollte sich nicht länger an den Kämpfen beteiligen und schließlich die bevorstehende Königswahl (Michael Korybut verstarb am 10. November) zwang die Magnaten, nach Polen zurückzukehren. Am 30. November reiste der Hetman nach Kałusz (ukr. Kalusch) ab, ließ in Moldau Hieronim Sieniawski mit einigen Tausend Reitern und Dragonern zurück.
Im Dezember 1673 kam Sobieski in Lemberg an. In der bevorstehenden Königswahl hatte er vor, die Kandidatur des Prinzen Condé zu unterstützen, allerdings angesichts der Unentschlossenheit Ludwigs XIV., der den in Polen wenig beliebten Herzog von Pfalz-Neuburg unterstützte, schien es zunächst, dass diesmal der Kandidat der österreichischen Fraktion, Herzog Karl von Lothringen die größten Chancen haben wird. An die Kandidatur Sobieskis dachten damals vor allem die mit ihm verfeindeten Pac und erzielten bei dem Konvokationssejm (15. Januar -22. Februar 1674) einen mündlichen Ausschluss der Kandidatur eines „Piasten”, d.h. eines polnischen Adligen. Sobieski selbst dachte vermutlich an die eigene Kandidatur erst als sich die Position des lothringischen Herzogs allmählich befestigte; mit der Zeit gewann er eine ständig größere Unterstützung der Szlachta (zu seinen Anhängern zählten u.a. Andrzej Maksymilian Fredro, Stanisław Jabłonowski, Stefan Czarniecki) und dank der Vermittlung seiner Gattin Maria Kazimiera auch des französischen Gesandten Forbin-Janson, der für die Wahlkampagne einen Betrag von 9000 Livres beisteuerte. Die Wahl begann am 19. Mai; vom ersten Tag an wurde von den meisten Adligen unterstützt, die ihn – noch vor der offiziellen Wahl – bereits am 20. Mai zu seinem Sieg beglückwünschten. Die Kampagne der Anhänger des lothringischen Kandidaten brachte keine nennenswerte Erfolge; die Anhängerschaft des Hetman stieg weiter an, sogar die ihm nicht freundlich gesinnten Litauer gaben ihre Stimmen für ihn ab. Am 21. Mai begannen die Adelsmassen, zu Ehren des Königs Johann zu jubeln; die Proteste von Michał Pac und dessen Anhänger wurden übertönt und anschließend rief der Krakauer Bischof Andrzej Trzebicki in Vertretung für den verstorbenen Primas Kazimierz Florian Czartoryski Johann Sobieski zum König aus.
Der neue König beschloss, die durch den Wahlsejm für Juli 1674 festgelegte Krönung auf einen späteren Zeitpunkt zu verschieben. Er wollte vorerst seinen Einfluss in der Adelsrepublik konsolidieren und, da er keinen Nachfolger für sein Amt als Großhetman ernannte, den Oberbefehl über die Armee angesichts des kriegerischen Konflikts mit der Türkei behalten. Im Herbst 1674 zog er nach Podolien, den polnischen Truppen gelang es, Niemirów, Bracław und Kalnik zurückzuerobern. Der litauische Großhetman Michał Kazimierz Pac zog ohne die königliche Zustimmung einen Teil der litauischen Arme aus dem Kampf zurück. 1675 gelang es Sobieski, die türkisch-tatarische Offensive aufzuhalten, am 22. August schlug er bei Lemberg das Heer der Krimtataren und die feindlichen Truppen zogen sich darauf jenseits des Dnister zurück. Auf der politischen Bühne Europas kam es allerdings indes zu neuen Konfigurationen, die Polen vor eine Möglichkeit stellte, die Richtung der Außenpolitik umzuleiten. Für Frankreich unter Ludwig XIV., das traditionsgemäß mit dem Osmanischen Reich und Schweden verbunden war, war es wichtig, Polen gegen eine Koalition zu gewinnen, die u.a. von Habsburgern, Brandenburg und Dänemark geschlossen wurde. Am 11. Juni 1675 unterzeichnete Johann III. in Jaworów (ukr. Jaworiv) ein Geheimabkommen mit Ludwig XIV., das die Rückgabe des Herzogtums Preußen an Polen vorsah. Frankreich verpflichtete sich u.a. zur Auszahlung von Subsidia für den Krieg mit Brandenburg sowie zur diplomatischen Vermittlung in den Friedensverhandlungen zwischen der Adelsrepublik und dem Osmanischen Reich. Einige Historiker vertreten dabei die These, dass der König beabsichtigte, das Herzogtum Preußen in ein von der Familie Sobieski regiertes Lehen Polen-Litauens zu verwandeln.
Am 2. Februar 1676 fand in Krakau die Krönung von Johann III. und Maria Kazimiera statt, beim Krönungssejm wurden die polnischen Hetmansämter vom Herrscher neubesetzt –Dymitr Wiśniowiecki wurde zum Großhetman, Stanisław Jabłonowski zum Feldhetman ernannt. Es gelang dem König nicht, Armee wesentlich zu vergrößern, der Sejm beschloss zwar die benötigten Steuern, die Szlachta weigerte sich allerdings, den festgelegten Betrag zu bezahlen. Angesichts der Gefahr einer neuen türkischen Offensive verschanzte sich der König zusammen mit dem polnischen und dem litauischen Heer in einem Feldlager bei Żurawno (ukr. Schurawno) am Dnister und schlug zwischen dem 29. September und 14. Oktober 1676 mehrere Angriffe der türkisch-tatarischen Truppen zurück. Der am 17. Oktober geschlossene Waffenstillstand übernahm zwar die Friedensbedingungen von Buczacz (Butschatsch), enthielt allerdings nicht mehr die Forderung der Tributzahlungen, die Adelsrepublik bekam außerdem die Orte Biała Cerkiew und Pawołocz (ukr. Pavoloch) zurück. Der Waffenstillstand mit den Osmanen hätte der erste Schritt in der Umsetzung des Abkommens von Jaworów sein können. Die königlichen Pläne stießen allerdings auf Widerstand seitens der Opposition, die sich für eine Anbindung an den Kaiser und den brandenburgischen Kurfürsten aussprach, außerdem die Konsolidierung der königlichen Macht verhindern wollte. Auf dem Sejm von 1677 wurden gegen den Willen Johanns III. die Verhandlungen mit dem Kaiserhaus und Brandenburg wiederaufgenommen, auch die Truppenstärke wurde reduziert. Sobieski begann, einem Teil dieser Truppen aus eigenen Mitteln den Sold zu bezahlen und unterstützte damit – in Absprache mit Frankreich - ungarische Rebellen, die gegen die Habsburger kämpften. Nach dem Ende der Sejmdebatten reiste Johann III. nach Danzig, um von der Möglichkeit der Mediation bei den in der Stadt herrschenden Konflikten Gebrauch zu machen und damit seinen Einfluss in der Stadt zu vergrößern. Ohne auf seine Pläne im Ostseeraum zu verzichten, schloss er am 4. August 1677 ein Bündnis mit Schweden (das sich gerade im Krieg gegen Brandenburg befand), um gemeinsam das Herzogtum Preußen angreifen zu können. Für die Vorbereitung dieses Angriffs rüstete er mit finanzieller Unterstützung Frankreichs neue Truppen auf. Vergeblich wartete er allerdings auf den Einfall der schwedischen Truppen aus Livland im Herzogtum Preußen, denn der litauische Hetman M.K. Pac verweigerte seine Zustimmung, die Schweden durch Samogitien ziehen zu lassen und drohte mit bewaffnetem Widerstand. Die Schweden erlitten Niederlagen in Pommern, auch die für Polen bisher günstige Kräfteaufstellung in Europa änderte sich. Im Sommer 1678 schloss Frankreich in Nijmegen einen Friedensvertrag mit den Niederlanden, mit dem Sobieskis Pläne für die Franzosen von nun an unwichtig wurden. Wenig Erfolg brachten auch die vom Sejm im Jahre 1677 entsendeten Gesandtschaften - Jan Gniński unterzeichnete 1678 in Istanbul ein Friedensabkommen, das die Bedingungen des Waffenstillstands von Żurawno lediglich wiederholte, während Michał Czartoryski und Kazimierz Jan Sapieha in Moskau gelang, den Waffenstillstand von Andrussowo lediglich um die nächsten 13 Jahre zu verlängern. Die Opposition (in der u.a. der Krakauer Bischof Andrzej Trzebicki und Hetman D. Wiśniowiecki aktiv waren) schmiedete indes Pläne bezüglich der Absetzung Johanns III. Angesichts dieser Lage sah sich Sobieski auf dem Sejm von 1678/79 gezwungen, ein Kompromiss mit seinen Gegnern zu schließen und endgültig auf die Pläne im Ostseeraum und die Annäherung an Frankreich zu verzichten. Im Gegenzug erhielt er deren Unterstützung für die antitürkische Politik und für weitere Versuche, Verbündete gegen das Osmanische Reich zu gewinnen. Der Kaiser allerdings, der gerade damit beschäftigt war, sich auf der europäischen Bühne gegen Frankreich zu behaupten, hatte kein Interesse, gegen die Osmanen ins Feld zu ziehen, während Moskau gerade einen Waffenstillstand mit ihnen unterzeichnet hatte.
Sobieskis politische Isolation auf dem internationalen Forum ging mit der fehlenden Unterstützung im Inland einher, denn die bisherigen Anhänger Frankreichs schlossen sich der Opposition an, es gelang ihm auch nicht, die Fraktion des Kaisers und des Kurfürsten für sich zu gewinnen. Wie die Historiker bemerkten, verfügte Johann III. nicht wie Johann Kazimierz oder sogar Michael Korybut Wiśniowiecki über eine eigene Fraktion in den Magnatenkreisen. In Litauen unterstützte er zunächst die Familie Sapieha gegen die Pac, als die ersteren allerdings die Vorherrschaft im Großfürstentum gewonnen konnten, wechselten sie zur Opposition. Die Anführer der königlichen Opposition in Polen waren Stanisław Jabłonowski, Jan Andrzej Morsztyn, Großschatzmeister der Polnischen Krone und der Woiwode von Posen Krzysztof Grzymułtowski. Auf dem Sejm von 1681 beschuldigte die Opposition Johann III., er missachte die Rechte der Adelsrepublik, die Königin wurde der Einmischung für die staatlichen Angelegenheiten bezichtigt. Dieser Sejm wurde auf Betreiben der französischen Diplomatie zerrissen.
Als im Jahre 1682 die antihabsburgischen ungarischen Rebellen Oberungarn besetzten und seinen Anführer Emmerich Thököly zum König ausriefen, dieser wiederum erklärte sich zum Vasallen des Sultans, wechselte Kaiser Leopold I. seine bisherige Politik in Bezug auf ein Bündnis mit Polen-Litauen. Diese Situation stellte Johann III. vor die Möglichkeit, mit Österreich ein Militärbündnis einzugehen, um die verlorenen Gebiete zurückzuerobern. Um die französische Fraktion für das Vorhaben zu gewinnen, verteilte der König Ämter an deren wichtigste Vertreter: S. Jabłonowski wurde zum Großhetman der Polnischen Krone, Hieronim Lubomirski zum königlichen Schatzmeister ernannt, in Litauen wiederum wurde Kazimierz Jan Sapieha mit der Würde des litauischen Großhetman bedacht, sein Bruder Benedykt zum Großschatzmeister Litauens. Im März 1683 wurde der Schatzmeister Morsztyn vor dem Sejm-Gericht des Hochverrats angeklagt, die Beweise dafür fand man in seinem durch das königliche Geheimdienst entschlüsselten Briefwechsel mit Frankreich. Morsztyn gelang es, während einer Unterbrechung im Prozess nach Frankreich zu fliehen, in der Adelsrepublik wurde darauf der französische Botschafter des Landes verwiesen. Dem König gelang es, neue Steuern für die Aufstellung der Truppen festzulegen und den Sejm für das am 1. April 1683 unterzeichneten Bündnis mit dem Kaiser zu gewinnen. Der Vertrag sah unter anderem eine gemeinsame Kriegsführung und Friedensabschlüsse vor, ferner militärische Unterstützung, falls eine der Hauptstädte der Bündnisparteien angegriffen werden sollte, kaiserliche Subsidia für Polen, die Aufstellung einer 40 Tsd. Mann starken Armee durch die Adelsrepublik (60 Tsd. durch den Kaiser) und schließlich die Gewinnung neuer Verbündeten für den Kampf gegen die Osmanen. Als im Juli 1683 die türkische Armee unter der Führung des Großwesirs Kara Mustafa mit der Belagerung Wiens begann, wurden in der Adelsrepublik unter großer Anstrengung alle Kräfte mobilisiert, Jan III. stellte sich persönlich an die Spitze einer Truppe von einundzwanzigtausend Mann, um dem Bündnispartner zu Hilfe zu eilen. Nach der Vereinigung der verbündeten Truppen des Kaisers, der Reichsherzöge und Polens in Mähren (die polnischen Truppen stellten 1/3 der Gesamtarmee) übernahm Jan III. als der einzige – da der Kaiser nicht anwesend war – souveräne Herrscher unter den Anführern den Oberbefehl über das Heer. Mit der Schlacht bei Wien am 12. September 1683 konnte zwar die österreichischen Hauptstadt befreit, jedoch nicht die osmanische Armee vollständig vernichtet werden. Eine weitere - möglichst erfolgreiche - Offensive gegen die Türken lag im Interesse Johanns III., da ein Sieg seine Position konsolidieren würde, der König spielte außerdem mit dem Gedanken, für seinen Sohn Jakub den ungarischen Thron zu sichern. In der Schlacht bei Parkany am 7. Oktober 1683 erlitt das polnische Heer allerdings eine Niederlage und konnte sich nur durch die Flucht retten, der König selbst wurde ernsthaft bedroht. Die zweite Schlacht bei Parkany am 9. Oktober endete mit einem Sieg der Polen, die allerdings diesmal von den Truppen der Bündnispartner unterstützt wurden. Nach der Eroberung der Festung Estergom in Ungarn kehrte die polnische Armee in die Adelsrepublik zurück.
Parallel zeichnete sich die Möglichkeit ab, weitere Gebiete zu erobern, die als polnisches Lehen von den Sobieskis regiert werden könnten. Inspiriert durch die temporären Erfolge des Kosakenhetman Stefan Kunicki, dessen Truppen im Herbst 1683 sogar die Schwarzmeerküste erreichten, legte der König Moldau und Walachei als neues Ziel seiner Politik fest. Vorerst jedoch konsolidierte Johann III. sein Bündnis mit dem Kaiser, durch den Beitritt in die am 5. März 1684 in Linz gegründete Heilige Liga, die neben dem polnisch-litauischen Doppelreich und dem Kaiserreich, aus dem Papst und Venedig bestand. Im Podolien-Feldzug von 1684 konnte Kamieniec Podolski zwar nicht zurückerobert werden, in dessen Nähe wurde jedoch ein befestigtes Lager eingerichtet, das später als Gräben der Hl. Dreifaltigkeit bezeichnet wurde. Der Sejm vom 1685 ratifizierte den Vertrag der Heiligen Liga und legte die Steuern für die Armee fest. Der König bereitete indes einen Feldzug in Moldau vor, um auf diese Weise Kamieniec Podolski abzuschneiden, er hatte dabei auch dynastische Pläne im Auge. Er rechnete mit der Unterstützung der Fürsten von Moldau und Walachei, ebenso auch die Hilfe des Kaisers, dessen Truppen in Ungarn kämpften. Parallel zu den Kriegsvorbereitungen wurden in Moskau Verhandlungen bezüglich des ewigen Friedens zwischen Polen und Russland geführt, zu denen Polen durch seinen Beitritt in die Heilige Liga verpflichtet wurde, um Moskau für die antitürkische Koalition zu gewinnen. Im Mai 1686 unterzeichneten der polnische Gesandte Krzysztof Grzymułtowski und der litauische Kanzler Marcjan Ogiński ein Friedensabkommen, das die Bedingungen des Waffenstillstandes von Andrussowo aus dem Jahr 1667 bestätigte. Da Johann III. dieses Abkommen für ungünstig hielt, was die Interessen des Doppelreiches betrifft, hoffte er nun auf einen Erfolg in Moldau, um dadurch seine Position zu stärken und nicht zur Ratifizierung des Friedensabkommens gezwungen zu sein. Die im Juli begonnene Moldaukampagne endete mit einer Niederlage. Die türkischen Truppen führten einen Jagdkampf, ohne sich auf eine Entscheidungsschlacht einzulassen, auch die Donaufürsten blieben auf der osmanischen Seite. Nach dieser Niederlage unterzeichnete Johann III. das in Moskau von Grzymułtowski vereinbarte Friedensabkommen. Der König setzte indes seine Bemühungen fort, für den Prinzen Jakub die Nachfolge zu sichern, versuchte dabei, seine Untertanen mit der Beteiligung des Sohnes an den Staatsgeschäften vertraut zu machen, damit seine Wahl nach dem Tod des Vaters selbstverständlich wäre. Er erhielt die Zustimmung der Senatoren für die Teilnahme Jakubs an den Sitzungen des Senatrates im Dezember 1686 in Lemberg, im Jahr 1687 überließ er ihm während der Einkesselung von Kamieniec Podolski den Oberbefehl. 1687 gelang ihm, die Verlobung des Prinzen mit Ludwika Karolina Radziwiłł zu vermitteln. Die zukünftige Braut, Tochter von Bogusław Radziwiłł und Witwe von Ludwig Hohenzollern war die Alleinerbin der immensen Reichtümer der Familienlinie der Radziwiłł zu Birże. Unerwartet erlebten die Sobieski einen Affront seitens der Habsburger – Karolina Radziwiłł heiratete Karl Philip von Pfalz-Neuburg, einen Schwager des Kaisers Leopold I. Johann III. begann darauf mit dem Gedanken zu spielen, sich erneut an Frankreich anzunähern, zumal das Bündnis der Heiligen Liga für Polen nicht die erhofften Vorteile brachte. An der Jahreswende 1687/8 erkrankte der König ernsthaft, man rechnete sogar mit seinem baldigen Tod, er erholte sich jedoch wieder. Die dynastischen Pläne des Herrschers und seine erneute Annäherung an Frankreich stießen auf heftigen Widerstand der Opposition unter der Führung von S. Jabłonowski, S. H. Lubomirski und der Familie Sapieha. Die Gegner des Königs ließen nicht zu, dass Prinz Jakub beim Sejm von Grodno im Jahr 1688 zusammen mit dem König unter dem königlichen Baldachin sitzt. Dem König wurde vorgeworfen, die Wahl vivente rege zu planen und obwohl der Hof dies offen widerlegte, konnten seine Gegner durchsetzen, dass der Sejms vor der Wahl des Marschalls zerreißt wurde, das erste Mal in der Geschichte des polnischen Parlamentarismus. Im Senatrat, der im Anschluss an den Sejm tagte, hielt Johann III. eine ergreifende Rede, bedauerte dabei, „wir wurden nun (…) mit der ewigen Schmacht und einem nicht wiedergutzumachenden Schaden konfrontiert, da wir uns nun ohne Mittel und fast ratlos oder zum Rat unfähig sehen”. Er legte dabei auch ein Versprechen ab, die Freiheiten der Szlachta niemals anzugreifen. Die königliche Haltung stieß auf Respekt seitens der Adligen, Johann III. konnte sich jedoch nicht dazu entschließen, die Adelsmassen für seine Ziele zu nutzen und den sog. Reiter-Sejm zu berufen, gegen die Opposition, die seine Absetzung plante. Auf dem Sejm 1689/90 eskalierte der Konflikt, der König wollte seine Gegner mithilfe von Dokumenten bloßstellen, welche die führenden Oppositionellen belasteten, die sich u.a. auf die Intrigen von S.H. Lubomirski mit den österreichischen Diplomaten bezogen. Die Arbeit der Untersuchungskommission unter der Führung des Primas Michał Radziejowski wurde vom päpstlichen Nuntius und der kaiserlichen Diplomatie lahmgelegt. Nachdem der Sejm von der Opposition zerrissen worden war, sah sich Polen mit der Gefahr des Bürgerkriegs konfrontiert, Johann III. verzichtete allerdings auf einen bewaffneten Kampf mit seinen Feinden.
Als Frankreich seit 1688 im Westen Europas in die Kämpfe mit der sog. Augsburger Liga verwickelt war, erwachte in Polen für kurze Zeit der Gedanke an ein Bündnis mit Ludwig XIV. Bald allerdings stellte sich heraus, dass Frankreich für Polen keine attraktive Alternative zum Austritt aus der Heiligen Liga darstellen kann. Zu einer realen Lösung wurde somit die erneute Annäherung an den Kaiser und gemeinsame Aktivitäten gegen das Osmanische Reich. Die kaiserlichen Diplomaten in Polen bemühten sich um einen erfolgreichen Verlauf des Sejms von 1690, bei dem die Steuern für Armee festgelegt werden sollten, um den Krieg gegen das Osmanische Reich fortsetzen zu können. Die französischen politischen Emissäre, die eine Auflösung des Sejms erzielen wollten, wurden des Landes verwiesen. Die Tagungen verliefen erfolgreich, dies war der letzte gelungene Sejm zu Lebzeiten Johanns III. Es wurde eine 30. Tsd. Mann starke feste Armee für Polen und eine mit 8 Tsd. für Litauen beschlossen. Die Erwärmung in den Beziehungen zum Kaiserhof resultierte in der Vermählung des Prinzen Jakub mit Hedwig Elisabeth, einer Schwester der Kaiserin (März 1691). In der Vorbereitung des Moldaufeldzugs von 1691 rechnete Sobieski mit der Diversion Moskaus auf der Krim und der Unterstützung der kaiserlichen Infanterie bei der Eroberung der türkischen Festungen. Trotz der anfänglichen Erfolge, blieb die erhoffte Unterstützung aus, worauf der König zum Rückzug gezwungen wurde. Der harte Winter begann unverhofft früh und die Rückkehr der polnischen Armee durch die Wälder Bukowinas wurde zur ernsthaften Niederlage. Von diesem Zeitpunkt an überließ der König den Oberbefehl über das Heer und die übrigen militärischen Belange den Hetmanen, die in den Jahren 1692 und 1694 abermals erfolglos versuchten, Kamieniec Podolski zurückzuerobern. Die Niederlage des Moldaufeldzugs wurde zum schweren Schlag für Sobieski, dessen Gesundheitszustand zusehends schlechter wurde. Er zog sich zwar vom politischen Leben nicht ganz zurück, nahm jedoch immer weniger aktiv daran teil. Der Biograf Johanns III. O. Forst de Battaglia war der Meinung, der sich übrigens auch später Zbigniew Wójcik anschloss, dass die Königin Maria Kazimiera von nun an zur „Regentin Polens” geworden wäre. Die dynastischen Pläne der Königin konzentrierten sich schon damals auf die Person des Prinzen Aleksander. Zusammen mit dem Vertreter Ludwigs XIV. Marquis F. de Béthune bereitete Maria Kazimiera einen Entwurf für ein zukünftiges polnisch-französisches Abkommen vor, den sie im Juli 1692 selbst unterzeichnete. Der geplante Vertrag hätte den polnischen Hof sowohl bezüglich der internationalen Politik als auch in inländischen Angelegenheiten von Frankreich abhängig gemacht, würde sich andererseits für Polen-Litauen auch nützlich erweisen, eine stärkere Position gegenüber ihrer Nachbarn zu erlangen, für König wiederum bei der Durchführung seiner dynastischen Pläne. Sobieski war sich dessen bewusst, dass die Veröffentlichung der Inhalte des Vertrags den Adel gegen ihn aufbringen würde. Außerdem wurde es offensichtlich, dass das Osmanische Reich niemals mit der Adelsrepublik einen Frieden schließen würde, dessen Bedingungen für Polen vorteilhaft wären, was dem Plan zufolge Frankreich hätte unterstützen sollen. Johann III. unterzeichnete deshalb das Abkommen nicht, jedoch selbst damit konnte er die gegen den Hof gerichtete Stimmung der Opposition, besonders der Sapieha, nicht beruhigen.
Der Gesundheitszustand des Königs verschlechterte sich zusehends, angesichts seines bevorstehenden Todes bemühte sich Maria Kazimiera, mithilfe des neuen französischen Botschafters M. de Polignac die Familie Sapieha für sich zu gewinnen, ihre Versuche erwiesen sich allerdings als erfolglos. Die Sapieha begannen währenddessen, eine neue gegen den Hof gerichtete Verschwörung zu planen, es gelang ihnen dabei, den Primas Michał Radziejowski und den Großkanzler der Polnischen Krone Jerzy Albrecht Denhoff für die Opposition zu gewinnen. Auf dem Sejm von Grodno im Jahr 1693 wollte Sobieski u.a. seinen Plan für den Rückzug aus dem türkischen Krieg vorzustellen, der Sejm wurde allerdings auf Betreiben der Opposition zerrissen. Dies stellte die Abgeordneten vor eine schier ausweglose Situation – es wurden keine Steuern für die Armee festgesetzt, wodurch die Kriegsführung ohnehin unmöglich wurde. In Litauen eskalierte der Konflikt zwischen den despotischen Sapieha und den durch ihre Arroganz aufgebrachten Adligen. Der Bischof von Wilna Konstanty Brzostowski, stellte sich – wohl vom Hof dazu angestiftet - gegen die Eigenmächtigkeit des Hetman K.J. Sapieha, als dieser begann, die Truppen in den kirchlichen Gütern einzuquartierten. Die Sapiehas für den Ende Dezember 1693 einberufenen Sejm einen Gegenangriff, der kranke König war allerdings nicht in der Lage, aus Żółkiew nach Warschau zu reisen und der Sejm wurde aufgelöst. Die Situation in Litauen wurde immer prekärer, insbesondere als im April 1694 Brzostowski den Hetman mit dem Kirchenbahn belegte. Sapieha reagierte spöttisch und herablassend, da er sich die Unterstützung von Radziejowski zusichern konnte, der den Bahn zurückzog. Johann III. wollte Sapiehas Fall auf dem Sejm von 1695 zur Diskussion stellen, beabsichtigte auch, die Möglichkeit einer effektiven Kriegsführung gegen das Osmanische Reich zu erörtern. Jedoch auch diesmal wurden die Sitzungen von den Anhängern Sapiehas zerrissen. Um die Wende 1695/96, angesichts der Eskalation der Lage in Litauen, bemühten sie sich allerdings um den Frieden mit dem König. Die Verhandlungen wurden von Maria Kazimiera geführt, die bereits das vorstehende Interregnum im Auge hatte und ihre eigene Position verbessern wollte. Überraschend stellte sich Johann III. gegen die Verständigungsversuche. Der zusehends schwächere König hatte in seinen letzten Lebensmonaten in seiner Frau keine ausreichende Stütze, es wurden sogar Nachrichten über ihre vermeidlichen Heiratspläne nach dem Tod des Gatten. Johann III. starb in Wilanów am 17. Juni 1696. Beigesetzt wurde er zuerst in der Kapuzinerkirche von Warschau, im Jahr 1733, nach dem Tod Augusts II. wurden die sterblichen Reste beider Herrscher nach Krakau überführt und im Januar 1734 in der Kathedrale auf dem Wawel bestattet.