Silva Rerum Teofila Sobieska, matka Jana i Marka mawiała: „gdyby tak któryś z synów moich miał ujść potrzeby, nigdy bym go nie miała za syna”. Nic dziwnego, że posłuszni nie tylko jej woli, ale i rodowej tradycji nakazującej służbę Rzeczypospolitej, młodzi Sobiescy powrócili z zagranicznych wojaży, by wziąć udział w zmaganiach z kozacką rebelią. Obaj bracia ruszyli do walki na czele własnych chorągwii. Los jednak ich rozdzielił. Marek znalazł się w oblężonym Zbarażu, Jan zaś podążał z odsieczą bohaterskim obrońcom.
Oblężenie Zbaraża to jedna z najpiękniejszych kart polskiego oręża. Polacy mężnie odpierali szturmy znacznie liczniejszych oddziałów kozackich i tatarskich. Zmęczenie, brak żywności i amunicji, codzienne straty poniesione w walce powodowały, że sytuacja oblężonych była krytyczna. Jedyną nadzieję widzieli w odsieczy prowadzonej przez Jana Kazimierza. Królewskie oddziały zbierały się jednak powoli. Na decyzję o szybszym wymarszu wpłynęły dopiero wieści ze Zbaraża, przyniesione przez Jana Skrzetuskiego, uwiecznionego przez Henryka Sienkiewicza na kartach powieści „Ogniem i mieczem”.
Król, dowodzący piętnastotysięcznym wojskiem, popełnił kardynalny błąd. Nie zadbał należycie o zdobycie informacji o nieprzyjacielu i 15 sierpnia 1649 roku dał się zaskoczyć podczas przeprawy przez rzekę Strypę pod Zborowem. Kozacy i Tatarzy niespodziewanie natarli na oddziały polsko-litewskie. Stojący już na drugim brzegu monarcha, z rapierem w ręku rzucił się swoim oddziałom na pomoc, krzycząc do uciekających: „Nie odstępujcie mnie panowie, i ojczyzny wszystkiej! Pamiętajcie na sławę przodków waszych”. Postawa i słowa króla oraz rzucenie do walki ostatnich rezerw, zahamowały atak nieprzyjaciela. Podczas walki wyróżnił się młody starosta jaworowski Jan Sobieski. Niektórzy historycy, nieco bałamutnie, przypisują mu nawet kluczową rolę w opanowaniu paniki, jaka wybuchła w polskich szeregach.
Pomimo opanowania kryzysu, sytuacja Polaków była poważna, a straty znaczne. Morale upadło zupełnie. Wielu zamiast o walce myślało o ucieczce. Jan Kazimierz, zdając sobie sprawę z nastrojów, nocną porą, w blasku świec przemierzał obóz mówiąc: „Jam król. Nie bójcie się, raczej własnym ciałem zagrodzę nieprzyjacielowi dalszą drogę, niż pomyślę o ucieczce!”. Odwaga i zimna krew władcy podziałała wreszcie na żołnierzy. Sypano spiesznie szańce, a w monarszym namiocie radzono, jak uciec z pułapki. Ostatecznie zwyciężył pogląd kanclerza Jerzego Ossolińskiego, by rozpocząć rokowania z chanem tatarskim Islam III Gerejem. Był to krok niezwykle słuszny – zarówno chan, jak i wezyr Sefer Gasi aga, nie chcieli doprowadzić do klęski Jana Kazimierza i nadmiernego wzrostu potęgi Bohdana Chmielnickiego. Ten, chcąc nie chcąc, musiał brać pod uwagę zdanie krymskiego sojusznika i także przystapił do rokowań. Ich efektem była kompromitująca dla Polaków, ale jedyna możliwa w tej sytuacji ugoda podpisana 18 sierpnia. Tatarzy odstępowali od oblężenia Zborowa i Zbaraża za cenę 200 tysięcy złotych polskich haraczu, zwanego upominkiem oraz prawa nieskrępowanego brania jasyru w drodze powrotnej na Krym. Ugoda z Kozakami przewidywała czterdziestotysięczny rejestr kozacki oraz usunięcie Żydów i jezuitów z miast ukrainnych. Urzędy na Ukrainie mieli otrzymywać jedynie przedstawiciele szlachty ruskiej wyznania prawosławnego. Metropolita kijowski mógł zasiąść w Senacie, a Chmielnickiemu przywrócono godność hetmańską. Szlachta polska mogła jednak powrócić do swych dóbr.
Oblężone pod Zborowem i w Zbarażu wojsko mogło wreszcie odetchnąć. Za cenę kompromitującego układu udało się odzyskać wolność. Zawarta ugoda nie rozwiązywała jednak faktycznie niczego, zamykała jedynie pewien etap w konflikcie z Kozakami.