Silva Rerum Elektorzy brandenburscy łakomym okiem patrzyli na Elbląg. Ich pretensje wobec miasta sięgały traktatów welawsko-bydgoskich z 1657 roku. Na ich mocy, prócz suwerennej władzy w Prusach Książęcych, Fryderyk Wilhelm otrzymał lenno księstwa lęborsko-bytowskiego, zastaw w postaci starostwa drahimskiego oraz zgodę na zajęcie Elbląga, wszakże z prawem wykupu miasta przez Rzeczypospolitą za 200 tysięcy talarów.
Miasto jednak szybko nie wpadło w brandenburskie ręce, a apetyt elektora o mały włos nie spowodował konfliktu z Janem III, który w latach siedemdziesiątych XVII wieku dążył do sojuszu z Francją i Szwecją. Alians ten miał przynieść rodowi Sobieskich władztwo w Prusach Książęcych. Plany te nie zostały zrealizowane. Szwedzi bowiem skompromitowali się w wojnie z Brandenburgią, a król Ludwik XIV, zamiast z Sobieskim, wolał sprzymierzyć się z „lisem znad Szprewy”.
Kwestia Elbląga wypłynęła na początku panowania Augusta II. Nowy elektor brandenburski Fryderyk III, coraz bardziej natarczywie domagał się wydania miasta, bądź zapłacenia należnych mu sum. By przekonać Sasa do swych pomysłów, ofiarował mu pożyczkę w zamian za zgodę na spełnienie jego roszczeń. Za cichym przyzwoleniem Wettyna, w 1698 roku Prusacy wtargnęli do miasta, wywołując lawinę oburzenia i protestów ze strony polskiej szlachty, która groziła wojną wiarołomnemu elektorowi. Skończyło się jednakże tylko na groźbach. Sejm polski uznał zasadność roszczeń Hohenzollerna i uchwalił wypłatę 300 tysięcy talarów w zamian za opuszczenie miasta. Po tej deklaracji Prusacy opuścili Elbląg, ale zadeklarowanych pieniędzy nie zobaczyli, ponieważ wielka wojna północna uniemożliwiła zebranie owej sumy. Nie mogąc doczekać się wypełnienia obietnic polskiego parlamentu, w 1703 roku żołnierze elektorscy zajęli wiejskie posiadłości miasta. Wobec panującej w Polsce anarchii, stan ten utrzymał się aż do pierwszego rozbioru, kiedy to miasto ostatecznie zagarnęli Prusacy.