Pomnik konny króla Jana III powstał pod koniec życia króla, jako jedna z ostatnich realizacji artystycznych programu ideowego wystroju pałacu. Umieszczony początkowo w Wielkiej Sieni, w XVIII w. został przeniesiony na obecne miejsce, do wieży południowej.
Jak wykazały badania, obiekt był wielokrotnie naprawiany i przemalowywany. Konstrukcja nośna (drewno, metal, słoma) uległa w wielu miejscach rozluźnieniu, utworzyły się liczne spękania, zwłaszcza we fragmentach kompozycji przy podstawie oraz w samej podstawie, co świadczy o osiadaniu pomnika. Pierwotnie użyta zaprawa wapienna była częściowo zdezintegrowana.
W kolejnych naprawach do klejenia i rekonstrukcji stosowano głównie gips. W partiach oryginalnie zachowanej powierzchni jej wyprawa miała charakter stiuku (warstwa przesączona substancją organiczną i spolerowana). Występujące na powierzchni kolejne warstwy kryjące farb są wtórne, nałożono je w celu pokrycia śladów napraw i rekonstrukcji. Oddziaływanie uszczelniające farb doprowadziło do ich odspajania. Pojawiły się szpecące pomnik złuszczenia. W tej sytuacji podjęto decyzję o kompleksowej konserwacji pomnika.Wykonano badania techniczne i identyfikacyjne, w tym chemiczne i mikrobiologiczne. Zastosowanie endoskopu pozwoliło na rozpoznanie rozmieszczenia elementów nośnych konstrukcji i ocenę stanu zachowania przestrzeni wewnątrz kompozycji. Wnętrze rzeźby poddano dezynfekcji. Z powierzchni rzeźby usunięto wszystkie wtórne warstwy przemalowań. Wyjęto dwie zmurszałe, drewniane belki konstrukcji nośnej podstawy, które zastąpiono metalową paletą. Na czas operacji pomnik został uniesiony na pasach. Zachowane elementy starej konstrukcji drewnianej w podstawie wzmocniono i ustabilizowano.
Dolne, osłabione i spękane elementy kompozycji rzeźby wzmocniono strukturalnie oraz sklejono. Wypełniono ubytki powierzchni. W oparciu o zachowane fotografie z lat międzywojennych wykonano rekonstrukcję lewej ręki Turka, skorygowano położenie przednich nóg konia. Zrekonstruowano zdeformowane lub brakujące fragmenty twarzy i stóp Turka, głowy orła, kopyt konia i draperii. Powierzchnię pomnika poddano unifikacji kolorystycznej.
Komisja Konserwatorska zdecydowała o konieczności wykonania nowej aranżacji pomnika, polegającej na odsunięciu kompozycji od ściany wnęki oraz wykonaniu nowego postumentu z piaskowca opatrzonego stopniem, którego rzut widnieje na zachowanych, XVIII-wiecznych planach Deybla. Opracowano na nowo tablicę inskrypcyjną, a litery napisu wyzłocono.
W trakcie prowadzenia prac przy pomniku króla Jana III kompleksowym badaniom i konserwacji poddano również wnętrze niszy, stanowiące pierwotnie zewnętrzną ścianę wieży pałacu. Usunięto blendę w dawnym oknie wieży, przysłaniającą kutą ręcznie żelazną kratę.