Koniec wojny ze Szwecją w 1660 roku zapoczątkował ogromny kryzys gospodarczy. Czas ten stał się jednocześnie początkiem rozkwitu religijności wszystkich warstw społecznych w duchu kontrreformacji. Jednym z jego przejawów był kult świętych obrazów. Obok starych sanktuariów, jak Częstochowa, Kalwaria Zebrzydowska, Wąwolnica, czy Rychwałd, na mapie miejsc pielgrzymkowych zaczęły szybko pojawiać się nowe, sławne w cuda przybytki.
Około 1664 roku podczas pobytu mularza Wojciecha Lenartowicza u Albrychta Starołęskiego w Studziannie (wówczas w powiecie opoczyńskim województwa sandomierskiego) doszło do cudownego objawienia. Ciężko chory mistrz zajmujący się naprawą pieców, doświadczył widzenia Matki Bożej podobnej do jej wizerunku, znajdującego się we dworze od prawdopodobnie 1657 roku. Maryja obiecała Wojciechowi powrót do zdrowia pod warunkiem oddania Jej należnej czci. Prosiła mularza, by wraz z rządcą wybudował dla Niej kaplicę, zapowiadając tym samym rozszerzenie jej kultu. Po tym wydarzeniu do Studzianny zaczęły napływać tłumy pielgrzymów, oddając cześć i pokłon Matce Bożej. Według niepotwierdzonej niczym informacji, imię Matki Bożej Świętorodzinnej już wówczas wzywał Jan Sobieski, wyprawiając się na kampanię, która od miejsca starcia z Tatarami i Kozakami, uzyskała miano podhajeckiej (1667).
Wizerunek przedstawiający Świętą Rodzinę przy stole (powstały najpewniej na podstawie ryciny Jacquesa Callota z ok. 1628 roku, a nawiązujący do typu przedstawień La Bénédicité) został wkrótce ogłoszony cudownym na podstawie dekretu z dnia 16 marca 1671 roku wydanego przez prymasa Polski, Mikołaja Prażmowskiego. Za zgodą prymasa do Studzianny w 1673 roku zostali sprowadzeni ojcowie z Kongregacji Oratorium świętego Filipa Neri (ze swej dotychczasowej siedziby mieszczącej się na Świętej Górze koło Gostynia, Wielkopolska). Nieprzypadkowym był także fakt, że o przybycie ojców zabiegał ksiądz Jan Stanisław Zbąski (zm. 1697), pasierb Albrychta Starołęskiego, późniejszy biskup przemyski (1677), a następnie warmiński (1688), długoletni współpracownik i spowiednik Jana III Sobieskiego.
Do sławy sanktuarium, w równym stopniu co cuda, przyczyniły się królewskie wizyty. W 1670 roku do sanktuarium pielgrzymował król Michał Korybut Wiśniowiecki, który nie tylko potwierdził darowiznę córki Albrychta, Zofii Starołęskiej dla nowo erygowanego Oratorium, ale również wznosił modły o pomyślność swych rządów. Z łaski monarchy sanktuarium w 1673 roku uzyskało liczne nadania ziemskie, w tym wieś królewską Małeszyce. Ojcowie, chcąc uczcić tę hojność, nowo powstały kościół oddali w opiekę świętemu Michałowi Archaniołowi, co w ówczesnej sytuacji zagrożenia tureckiego, miało symboliczny wymiar.
Śmierć króla Michała, który nie doczekał wieści o wygranej marszałka i hetmana wielkiego koronnego, Jana Sobieskiego pod Chocimiem (11 XI 1673), rozpoczęła okres bezkrólewia. Ojcowie, sprawujący pieczę nad świętym miejscem, m.in. słynący ze swych płomiennych kazań ojciec Stanisław Sanner, wzywali do modlitwy o rychły wybór władcy: Tobie, miła Polsko, teraz na baranku schodzi. Podobnaś owcom bez pasterza, ciału bez głowy – pod niebezpiecznego interregnum czas burzliwy i jako gorąco o wodza owiec Twoich do Pana Boga wołać ci potrzeba, a najskuteczniej, rozumiem wołać możesz na tej Świętej Dziewiczej Górze Studziańskiej [--] Tuż się zastanówcie, a patrzcie, że w tym cudownym Obrazie oto Jezus i Maryja z Józefem św. Miłym przy stole wczasem karmią się i odpoczywają. Więc tu gorące modły Twoje wysłucha Bóg, miła Polsko, że da ci, takiego wodza który przeciwko poddaństwu będzie jako baranek łaskawy. Tym samym ojcowie zachęcali szlachtę do wyboru Jana Sobieskiego.
O tej swoistej agitacji wiedzieć musiał Sobieski, skoro po wyborze na monarchę w dniu 17 września 1674 roku przybył do Studzianny złożyć dziękczynienie przed świętym obrazem. W kronice z tych czasów zachował się wpis, iż króla: przyjęto z honorami przynależnymi tak wielkiemu Majestatowi. Naprzeciw wyszli kapłani oratorium [--] potem powitano go uroczystą przemową którą wygłosił wielebny o. Sanner. A na to tak niepozorne oddanie czci Majestatowi tenże zwrócił na niego uwagę, wyrażając podziękowanie własną przemową. Następnie Królewski Dostojnik, ukląkł na ziemi i ze skupieniem uczestniczył w Najświętszej Ofierze, budując obecnych pięknym przykładem pobożności. Z tego samego źródła dowiadujemy się, że król udał się następnie do wsi Radzice należącej do starostwa opoczyńskiego, bowiem wśród dworu pojawiła się plotka o epidemii grasującej w Studziannie. Król podczas swego pobytu w sanktuarium chciał jeszcze spotkać owego mularza Wojciecha, któremu objawiła się Matka Boża, lecz ten dotknięty chorobą i starością nie dał rady zejść do króla i oddać mu pokłonu. Pamiątką pobytu monarchy jest przechowywany do dziś w muzeum klasztornym złoty kielich i patena. Oba sprzęty liturgiczne wyróżnia wspaniałe wykonanie. Czara, trzon i stopa kielicha inkrustowane są różnokolorową emalią ułożoną we wzory florystyczne. Zarówno czara, jak i stopa kielicha opatrzone zostały medalionami przedstawiającymi sceny z Męki Chrystusa, Tajemnic Różańca oraz wizerunkiem obrazu Świętej Rodzinny ze Studzianny. Podobne zdobienia, choć nieco skromniejsze posiada złota patena.
Dziewięć lat później Jan III, wyprawiając się pod Wiedeń, ponownie nawiedził sanktuarium. Trzeba zaznaczyć, że armia, która wyruszyła ze stolicy, podążała w kierunku na Częstochowę, gdzie król modlił się na Jasnej Górze. Potem dopiero król wyruszył do Studzianny. Jak wspomniał sekretarz królewski i późniejszy burgrabia toruński, Jan Kazimierz Rubinkowski w panegiryku pt. Janina, wydanym w 1739 roku: gdy się już ścigały wojska polskie, pod Kraków jedni, inni pod Lwów, sam pierwej od Boga zaczął. Pojechał wprzód do Częstochowy, potem do Studzianny, gdzie spowiedź i komunię zwykłym nabożeństwem odprawiwszy, przyszłe sukcessa Bogu i Matce Jego oddawał, prosząc o niebieską pomoc i assystencję; a z królewską szczodrobliwością anathemata (tj. dary – przyp. J. P.), nie tylko w tych dwóch kościołach zawiesił, ale i w wielu innych hojne donatywy oddawał. Być może tym bogatym darem była srebrna wieczna lampa z wytłoczonym herbem królewskim, płonąca do dziś przed głównym ołtarzem.
Sobieski po wygranej kampanii musiał w 1684 roku po raz kolejny nawiedzić sanktuarium, tym razem w ramach dziękczynienia za zwycięstwo nad Turkami. Co prawda nie zachowały się żadne przekazy źródłowe mówiące o tym pobycie, lecz za taką hipotezą przemawiają liczne dary, zdeponowane w dzisiejszym muzeum klasztornym. Spośród darów na najwyższą uwagę zasługuje kobierzec perski wykonany w Isfahanie (Persja), znaleziony i zabrany przez króla z namiotów wezyrskich. Jest to, dodajmy, jeden z ok. 200 kobierców przywiezionych wówczas przez króla. Tkanina ta wypełniona wzorami florystycznymi w postaci liści i kwiatów zawiera motywy nawiązujące do wzornictwa chińskiego (tzw. obłoczki). W centralnej części kobierca widnieje natomiast medalion z palemtami i owocami granatów. Ostatnim zachowanym do dziś darem jest ołtarzyk polowy Jana III, na który składają się krucyfiks oraz dwa lichtarze wykonane w srebrze, krysztale i emalii. Do dziś nieznany pozostaje los innego daru królewskiego tj. ornatu wykonanego przez królową Marię Kazimierę. Być może zaginął on po kasacie klasztoru w 1865 roku lub wraz z filipinami wywędrował do Sandomierza, skąd ojcowie powrócili do Studzianny dopiero w 1928 roku.
Pielgrzymki Jana III Sobieskiego do Studzianny zostały nie tylko uwiecznione w kronikach klasztornych. Ślady pobytu króla w sanktuarium odnaleźć można również w Archiwum oo. Filipinów na Świętej Górze koło Gostynia. Z nekrologu pierwszego superiora i proboszcza sanktuarium w Studziannie, ojca Piotra Adama Smoszewskiego (zm. 1685), dowiedzieć się można o wielkim zaszczycie, z jakim zmarły gościł w 1674 i 1683 roku monarchę. Jako były żołnierz, który wszedł na drogę kapłaństwa za sprawą ojca Stanisława Grudowicza, widział w Sobieskim nie tylko króla, ale i żołnierza, który wiele razy odpierał zagrożenie spod granic państwa. Poza tym Smoszewski cieszył się niezwykłym szacunkiem: Cała Polska miała go za Ojca. Pospolite ruszenie, aby w obozach i aby z nim bywał, jako Ojca prosili. Sejmiki głosu jego, jako Ojcowskiego słuchały. Wielcy Senatorowie i Dygnitarze napomnienia jego, jako Ojcowskie, przyjmowali. Same nawet Najjaśniejsze tej Korony Majestaty czciły go jako Ojca i w osobliwych miały respektach. Czy wywodzący się z Wielkopolski zakonnik w istocie był doradcą Jana III ? To pytanie pozostaje otwarte.
Do rozsławienia studziańskiego sanktuarium przyczyniły się cuda oraz pielgrzymki Sobieskiego, ale miejsce to uwiecznione zostało również w liryku Wespazjana Kochowskiego pt. Studzianna. Poeta związany z dworem Jana III Sobieskiego zapisał, iż: Widząc cudownych w Polsce miejsc gromadę / Z takiej przyczyny wprzód Studzianną kładę [--] W Studzianny zaś jest fortecą warowną / Basztą Dawida i twierdzą duchowną / Arsenał, w którym na obrony Twoje / Masz Polsko zbroje. Poeta widział zatem w sanktuarium miejsce, nie tylko licznych uzdrowień i łask. Dla Kochowskiego Studzianna stała się synonimem przedmurza chrześcijaństwa przez zagrożeniem ze strony nieprzyjaciół wiary (jak określano Turków, Tatarów i Kozaków). O atrakcyjności i sławie miejsca w XVII wieku świadczą liczne wpisy w księdze pt. Źródło cudów i łask cudownego studziańskie obrazu (Warszawa 1726). Wśród nazwiska króla Jana III i innych możnych, np. Radziwiłłów, Sanguszków i Lubomirskich uwagę zwracają wpisy prostych żołnierzy, którzy walczyli pod Chocimiem, Żórawnem, Wiedniem lub w Wołoszczyźnie. Dziękczynienie za uratowanie zdrowia, życia lub wyswobodzenie z niewoli stanowią gros odnotowanych zwrotów. Poza nimi, materialnymi dowodami wdzięczności są wota m.in. kajdany żołnierza, wziętego do niewoli, później zapewne galernika, któremu za przyczyną Matki Bożej Świętorodzinnej udało się uciec i powrócić do kraju.