Silva Rerum Rodzina Kieżgajłów należała do wiernych stronników rodu Jagiellonów. Tak też było w przypadku Stanisława. Cieszył się zaufaniem wielkiego księcia Aleksandra i w jego imieniu posłował do Moskwy. Efektem poselstwa był „wieczysty pokój” z Iwanem III oraz ślub Aleksandra z Heleną. To właśnie Kieżgajło zastępował litewskiego władcę podczas zrękowin. Opowiadał się za jak najściślejszym związkiem z Koroną i już jako kasztelan trocki żywo włączył się w prace nad unią wileńską z 1499 r.
Po klęsce nad Wiedroszą, w której dostał się do niewoli hetman Konstanty Ostrogski, Kieżgajło zastępował go w latach 1501-1503 na tym urzędzie. Poczynał sobie dosyć zręcznie, ponieważ uwolnił od oblężenia twierdze w Smoleńsku i Mścisławiu. Popadł w niełaskę, po tym jak sprzeciwił się osadzeniu Andrzeja Drożdża na namiestnictwie lidzkim. Utracił wówczas niektóre włości oraz miejsce w radzie wielkoksiążęcej.
Po śmierci Aleksandra ruszył z poselstwem do Zygmunta I, by szybko przybył na Litwę i pomógł w wojnie z Moskwą. W walkach udziału nie brał, ale za to żywo zwalczał uczestników spisku Glińskiego. Znów był zaufanym władcy, choć dochodziło do zgrzytów w sprawie Żmudzi. Jako starosta żmudzki zwalczał nadużycia graniczne ze strony Krzyżaków oraz przecinał komunikację pomiędzy mistrzem Albrechtem Hohenzollernem a Moskwą.
Podczas wojny polsko-krzyżackiej, w której Litwa nie brała udziału, nie dość energicznie przeciwdziałał przechodzeniu posiłków z Inflant do Prus Zakonnych. W latach dwudziestych jego stosunek do unii z Polską uległ ochłodzeniu, co było odbiciem jego interesów na Żmudzi, gdzie rządził się niczym udzielny władca. Konflikt interesów znalazł wyraz chociażby w zatargu z królem o biskupstwo wileńskie. Znaczył jednak zbyt wiele, by monarcha mógł go zlekceważyć; musiał wręcz zabiegać o jego poparcie dla planów ogłoszenia Zygmunta Augusta następcą tronu na Litwie. Poślubiwszy jedynaczkę z rodu Rekuciów, objął jej majątek ofiarowany mu pod warunkiem przyjęcia nazwiska żony. Od tej pory kazał używał nazwiska Kieżgajło – Rekuć.