Pod koniec pierwszego dziesięciolecia XVII wieku Zygmunt III Waza, król Polski w latach 1587-1632, polecił wykonać w kamieniołomach chęcińskich (w Czerwonej Górze, gdzie po dziś dzień wydobywa się tzw. polski marmur) kolumnę „ogromnej długości”, która, według świadectwa współczesnych, miała przewyższyć wspaniałością wszystkie podobne dzieła rzymskie. Przypuszcza się, że chodziło mu o upamiętnienie zwycięstwa nad rokoszanami, odniesionego 6 lipca 1607 r. pod Guzowem. Jednakże wykonanie długiej kolumny z jednego bloku marmuru jest sprawą bardzo trudną. Jeśli weźmiemy pod uwagę fakt, że ówcześni polscy kamieniarze nie mieli dostatecznego doświadczenia w tej dziedzinie, trudno się dziwić, że blok pękł podczas obróbki. Może to stało się powodem, że zamysłu wystawienia pomnika zaniechano, a może przyczyniły się do tego względy innej natury. Dość, że pęknięta w pobliżu środka marmurowa kolumna przeleżała porzucona prawie czterdzieści lat.
Dopiero następca Zygmunta III, Władysław IV, postanowił wykorzystać dłuższy fragment owej pierwotnej kolumny na pomnik dla swego ojca, mający zarazem ukazać chwałę królewskiego rodu Wazów. Na rozkaz monarchy marmurowy walec długości 30 stóp rzymskich (z późniejszych pomiarów wynika, że sam trzon kolumny miał niespełna 9 m długości – obecnie element ten jest nieco krótszy) załadowano na specjalnie skonstruowaną mocną platformę o szerokich, pełnych kołach i przewieziono nad brzeg Wisły, odległy od kamieniołomu o prawie 100 km. Platformę ciągnęły woły. W trudniejszych do przebycia miejscach pomagała im spora grupa ludzi, ciągnąca za liny przymocowane do osi kół. Stąd do Warszawy kolumna odbyła drogę wodą – na potężnej tratwie; do stolicy sprowadzono ją 24 czerwca 1643 r. Tu została przewieziona na Plac Zamkowy, gdzie poddano ją ostatecznej obróbce – oszlifowaniu.
W październiku 1643 r. wzniesiono cokół, a na nim ustawiono trzon kolumny. Dokonano tego przy pomocy specjalnego drewnianego rusztowania montażowego oraz systemu wielokrążków. Marmurowy monolit podniesiono przy użyciu kabestanów (kołowrotów o pionowej osi obrotu). Operacją tą kierował budowniczy królewski Konstanty Tenkala (Constantino Tencalla), architekt włoski, który przybył do Polski w latach trzydziestych XVII wieku. Znakomite o niej pojęcie daje sztych rytowany przez Wilhelma Hondiusa, wydany w Hadze w 1646 r., a więc współczesny przedsięwzięciu. Ilustracja jest tym cenniejsza, że wykonano ją na podstawie rysunku Augustyna Locciego, jednego ze współtwórców pomnika. Był to architekt rodem z Rzymu, nawiasem mówiąc, ojciec budowniczego Wilanowa. Posąg Zygmunta III wykonał boloński rzeźbiarz Clemente Molli, odlał zaś z brązu konwisarz królewski Daniel Tym. Nie wiemy, gdzie dokonano odlewu – przypuszcza się, że w Gdańsku. W każdym razie na pewno poza Warszawą, bo w pamiętnikach Albrychta Stanisława Radziwiłła czytamy, że posąg przywieziono do stolicy Wisłą. Statuę monarchy ustawiono na szczycie kolumny 15 maja 1644 r.
Kolumna Zygmunta musiała wzbudzić w ówczesnej Warszawie niemałą sensację. Nie tylko dzięki ogromowi (według ówczesnych przekazów całkowita jej wysokość wynosiła 80 stóp rzymskich, czyli około 23,7 m – obecnie kolumna ma 22 m wysokości) i harmonijnym proporcjom. Dodatkowy efekt stanowiły kolorystyczne kontrasty czerwonego trzonu kolumny z innymi fragmentami, wykonanymi z czarnego marmuru i jasnego kamienia, oraz z brązowymi tablicami o pozłacanych napisach. Dodajmy, że był to pierwszy u nas pomnik o charakterze świeckim.
Kolumna Zygmunta, usytuowana w samym sercu dawnej Warszawy, z biegiem czasu urosła do rangi symbolu stolicy Polski. Dzieliła losy swego miasta i całego kraju w burzliwym schyłkowym okresie potęgi Rzeczypospolitej. Z relacji o dokonywanych naprawach wiemy, że działania wojenne, których terenem była Warszawa w XVII i XVIII wieku, zapisały się na kolumnie licznymi śladami kul (np. sprawozdanie z odnowienia pomnika w 1743 r. wymienia ponad sto takich uszkodzeń), a w 1656 i 1704 r. niemal cudem uniknęła kolumna zniszczenia przez szwedzką artylerię. Narażona też była na innego rodzaju niebezpieczeństwa. Na przykład Karol Gustaw opanowawszy Warszawę w 1655 r. poczuł się urażony napisem znajdującym się na jednej z tablic, tytułującym Zygmunta III Wazę prawowitym dziedzicem korony szwedzkiej. Z tego powodu postanowił przesunąć pomnik na ubocze, w głąb Krakowskiego Przedmieścia, na miejsce, gdzie obecnie znajduje się (od 1683 r.) figura Matki Boskiej. Nie brak przypuszczeń, że liczył na „przypadkowe” zniszczenie kolumny podczas tej operacji. Jednak pomimo, iż przeznaczył na ten cel pokaźną sumę 3000 talarów cesarskich, nie znalazł przedsiębiorcy, który zechciałby się podjąć owego zadania (choć żyło jeszcze zapewne wielu z tych, co brali udział w stawianiu kolumny). Na szczęście rządy Szwedów w Warszawie były krótkotrwałe – nie zdążyli więc sprowadzić w tym celu własnych specjalistów.
W 1711 r. saski władca Polski August II Mocny, chcąc przypodobać się carowi Piotrowi Wielkiemu, ofiarował mu, obok licznych pomniejszych rzeźb marmurowych i rzadkich roślin, również Kolumnę Zygmunta dla przyozdobienia nią nowotworzonej wówczas stolicy – Petersburga. Piotr miał wielką ochotę przyjąć ów dar, na szczęście jednak transport pomnika na taką odległość uznano za zbyt kłopotliwy.
Napisy na kolumnie sławiące sukcesy panowania Zygmunta III, m.in. ówczesne zwycięstwa polskiego oręża, nie podobały się również władzom zaborczym. Pozostawiono je jednak, głównie z uwagi na fakt, że łaciński tekst był niezrozumiały dla większości mieszkańców Warszawy.
Pomnik kilkakrotnie naprawiano. Najpoważniejsze remonty miały miejsce w latach 1743, 1810 i 1863. Dbano też o utrzymanie w odpowiednim stanie najbliższego otoczenia kolumny. M.in. w 1681 r. król Jan III Sobieski polecił rozebrać i usunąć liczne budynki wzniesione w sąsiedztwie pomnika, które nie tylko zasłaniały go, ale również stanowiły dla niego zagrożenie. W 1827 r. ogrodzenie z żelaznych krat zastąpiono kamiennymi słupami, połączonymi żelaznymi łańcuchami. W 1855 r. architekt Henryk Marconi, przy okazji budowy nowego wodociągu miejskiego, urządził u stóp kolumny wodotrysk (woda tryskała z konch trzymanych przez cztery trytony).
Wreszcie w 1885 r. uznano, że należy przeprowadzić generalny remont pomnika. Powstał specjalny komitet, a fundusze zebrano dzięki ofiarności społeczeństwa. Monolit na kolumnę, tym razem granitowy, sprowadzono z kamieniołomów włoskich Paveno w pobliżu jeziora Maggiore za pośrednictwem wiedeńskiej firmy Union-Baugesellschaft.
Nowa kolumna, dostarczona do Warszawy w styczniu 1887 r., została na miejscu poddana ostatecznej obróbce – oszlifowaniu przez dziesięciu miejscowych kamieniarzy pod kierunkiem Jana Kaindla przy udziale czterech włoskich specjalistów. Przeprowadzono konserwację posągu króla i innych metalowych części oraz ozdób pomnika. Pod nadzorem technicznym budowniczego Edwarda Cichockiego i artystycznym rzeźbiarza Bolesława Syrewicza ustawiono kolumnę i 6 września 1887 r. posąg króla Zygmunta zajął znowu miejsce na jej szczycie.
W nowej postaci przetrwała kolumna do 1944 r. Zdruzgotana podczas powstania warszawskiego, musiała ponownie ulec odtworzeniu. W styczniu 1948 r. z inicjatywy związków zawodowych pracowników budownictwa, przemysłu ceramicznego oraz pokrewnych specjalności powstał Komitet Odbudowy Kolumny. Projekt odbudowy pomnika opracował inż. arch. Stanisław Żaryn. Granitowe monolity na trzon kolumny oraz cokół odstrzelono i poddano wstępnej obróbce w Strzegomiu w lipcu i sierpniu tego roku. 18 października 1948 r. dostarczono je do Warszawy, gdzie obróbka trwała do marca 1949 r. Prace kamieniarskie prowadziła firma inż. J. Fedorowicza. Jednocześnie firma braci Łopieńskich uzupełniła zniszczone, brakujące części posągu. Projekt montażu opracował prof. Stanisław Hempel, on także objął nadzór techniczny nad całością operacji.
3 lipca 1949 r. rozpoczęto prace przygotowawcze. 7 lipca ustawiono granitowy trzon kolumny, 9 lipca umieszczono na nim głowicę, a 11 lipca posąg króla zajął należne mu miejsce na szczycie kolumny.