Od wyroków sądów pierwszej instancji przysługiwała apelacja do sądów wyższego rzędu: sądu wiecowego, królewskiego, a od 1578 r. do Trybunału Koronnego (na Litwie od 1581 do Trybunału Litewskiego).
W sądzie królewskim wyroki wydawał król jako najwyższy sędzia. Jeszcze w późnym średniowieczu zapadały one podczas objazdów kraju przez monarchę. W wieku XVI, gdy objazdów już nie praktykowano, a władca poświęcał czas innym sprawom, lawinowo narastała liczba niezałatwionych sporów sądowych. Nieudaną próbą rozwiązania problemu było powołanie w 1523 r. sądów wiecowych, którym miał przewodniczyć wojewoda sądzący w otoczeniu urzędników ziemskich. Prestiż nowej instytucji był jednak niski i strony wolały odwoływać się do autorytetu monarchy, nawet jeśli na wyrok trzeba było czekać bardzo długo.
Do kompetencji sądu królewskiego, obok spraw trafiających doń z apelacji, należało wyrokowanie w przypadku, gdy szlachcicowi groziła kara śmierci, konfiskata dóbr lub infamia, w sprawach dotyczących dochodów królewskich oraz przestępstw urzędniczych. Za panowania Zygmunta I efektywność sądu królewskiego spadła do tego stopnia, że Zygmunt August odziedziczył po ojcu kilkanaście tysięcy nierozstrzygniętych spraw, których również nie załatwiał na czas. Nie pomogły kroki doraźne, takie jak powołanie sądów specjalnych (wiecowych, komisarskich lub ostatniej instancji). Reforma sądownictwa stała się rzeczą pilną.
Uzdrowienie sądów było jednym z postulatów ruchu egzekucyjnego. Udanym rozwiązaniem okazało się powołanie Trybunałów. W Trybunale Koronnym zasiadało 27 przedstawicieli szlachty – po 1 lub 2 na województwo – których wybierano na sejmikach. Skład ten poszerzano o 6 przedstawicieli duchowieństwa wskazywanych przez kapituły. Trybunał wybierał marszałka i prezydenta (ten ostatni był pierwszym spośród sędziów duchownych). Obradowano jesienią i zimą w Piotrkowie (Trybunalskim) rozstrzygając apelacje z terenu Wielkopolski, a wiosną i latem w Lublinie, gdzie rozsądzano sprawy z Małopolski. Kadencja deputatów trwała rok, a ponowny wybór nastąpić mógł dopiero po czterech latach.
Mimo powstania Trybunału sąd królewski działał nadal. Wykształcił się zeń sąd asesorski kierowany przez kanclerza i sądzący sprawy apelacyjne z miast królewskich, relacyjny (sprawy lenn), referendarski (dla chłopów z dóbr królewskich), marszałkowski (kwestie porządku w miejscu pobytu króla i na dworze). Sąd królewski nie miał stałego miejsca funkcjonowania, najczęściej obradował w czasie sesji sejmu.
Król przewodniczył również sądowi sejmowemu, w skład którego wchodzili senatorowie i przedstawiciele izby poselskiej. Do jego kompetencji należały zbrodnie zdrady stanu, przestępstwa popełnione przez szlachtę oraz przestępstwa urzędnicze. Były to więc kompetencje zbieżne z kompetencjami sądu królewskiego. Sąd sejmowy obradował w czasie sesji sejmu.