Sukces chocimski skłonił Stanisława Lubomirskiego, negocjatora pokoju z Turcją, do ufundowania w rodzinnym Wiśniczu klasztoru karmelitów. Udając się na wyprawę, nawet o tym nie myślał, bo listem z 23 III 1621, jadąc do obozu, polecił zakupienie w Niderlandach róż do ogrodu południowego. Po powrocie teren ten przeznaczył pod pobożną fundację. Klasztor uznał za wotum, a kościół karmelitański miał też odgrywać rolę rodowego mauzoleum. Wracając z pola bitwy, zatrzymał się w Krakowie, gdzie odwiedził karmelitów bosych, by omówić sprawę. Definitorium prowincjonalne odrzuciło początkowo jego propozycję, obawiając się, że dwór magnacki nie będzie dla zakonników najlepszym sąsiedztwem. Poradzono jednak Lubomirskiemu, by zwrócił się wprost do władz zakonu. Te 5 II 1622 wydały zgodę, a wiosną 1622 biskup krakowski Tomasz Oborski poświęcił kamień węgielny. Fundator zabezpieczył byt zakonników, przekazując klasztorowi dobra ziemskie i czynsze pieniężne. Dostali ogród warzywny i owocowy, ziemię uprawną, lasy, stawy rybne, młyn, pasiekę, browar i własnego piwowara. Karol Szajnocha nie przeceniał motywacji Lubomirskiego, beznamiętnie cytując wypowiedź Pana Wojewody: „odkąd hojniejszym jestem dla niebios, odtąd coraz obficiej przymnaża mi Niebo dostatków”.
Manierystyczno-barokowy zespół wystawiono na najwyższym wzniesieniu w Wiśniczu, na wysokości 337 m n.p.m., zdominował więc lokalną panoramę. Projektantem klasztoru mógł być Andrzej Spezza, nadworny budowniczy Lubomirskich, prace budowlane poprowadził Maciej Trapola. Klasztor skupiony był wokół trzech dziedzińców. Największy z nich, przy wirydarzu od strony północnej, z główną bramą, nie był objęty klauzurą. Wokół niego znalazły się pomieszczenia przeznaczone do celów naukowych i administracyjnych. Wejście prowadziło przez sklepioną sień i krużganek. Dziedziniec średni, objęty klauzurą, mieścił cele zakonników. Najmniejszy dziedziniec, w narożniku południowo-wschodnim, otaczały pokoje gościnne, pracownie krawiecka i szewska oraz apteka. Znalazły się tam także siedziby bractw św. Józefa i szkaplerznego. Budowę klasztoru ukończono w 1630 (prace wykończeniowe trwały znacznie dłużej, do 1639), a generał zakonu zezwolił na przeniesienie tu nowicjatu. Fundację – podobnie jak wiśnicki zamek, otoczono fortyfikacjami typu kleszczowo-bastionowego, złożonymi z czterech pięciokątnych bastionów i czterech bastionów trójkątnych. Ogniem dział mogły wspierać zamek oraz chronić leżące w dolinie miasto. Całość miała kształt ośmioramiennej gwiazdy, jaka znajdowała się w ówczesnym herbie zgromadzenia.
Dwuwieżowy kościół klasztorny o zwartej, wyniosłej bryle miał rzadko spotykaną kamienną fasadę. Lubomirski wyjednał w Rzymie dyspensę od konstytucji zakonnych dotyczącą budowy i wystroju kościoła. Prawo zakonne nakazywało bowiem budować skromne kościoły, zabraniało stiukowych dekoracji, polichromii, bogatej ornamentyki. Na to Lubomirski zgodzić się nie chciał. Wnętrze zalśniło złotem. Na ołtarzu stały srebrne posągi Chrystusa Zbawiciela, Matki Bożej i św. Teresy; wnętrze oświetlały świece, a zdobne kandelabry ustawiono na przemian ze złotymi i srebrnymi wazonami na kwiaty. Kościół konsekrowano 1 VII 1635. W przeddzień uroczystości uroczyście przeniesiono do świątyni trumnę z ciałem zmarłej w 1622 żony fundatora, Zofii Ostrogskiej. Złożono ją w podziemnej kaplicy, z czasem ozdobionej stiukami Jana Chrzciciela Falconiego. W rocznicę upamiętniającą zwycięstwo nad Turkami, 10 X, umieszczono w ołtarzach przywiezione z Rzymu relikwie.
Do klasztoru przybywało wielu ciekawych, chcąc zobaczyć monumentalne budowle i kosztowne wyposażenie. Regularnie bywali tu goście zamku, choć właściciele przeważnie korzystali z prywatnej kaplicy. Słynęła tutejsza biblioteka; początkowo liczyła 300 woluminów, potem systematycznie była powiększana. Korzystało z niej Kolegium Teologiczne utworzone 2 VII 1642.
Okres świetności trwał krótko. 1 IX 1655 Szwedzi zajęli zamek i klasztor, skąd kontrolowali trakty komunikacyjne i niespokojne pogórze. W zakonnych celach zamieszkali oficerowie, w oficynach żołnierze. Korytarze posłużyły za stajnie dla koni, a refektarz za miejsce hucznych zabaw. Karmelici schronili się na Węgrzech. Opuszczając Wiśnicz po rocznej okupacji, Szwedzi zabrali z klasztoru dzieła sztuki, a kościół podpalili (pożar został ugaszony przez mieszczan). Tylko biblioteka nie wzbudziła ich zainteresowania. Zakonnicy wrócili do klasztoru i przystąpili do odbudowy.
Kres przyszedł po kolejnych 100 latach. 23 IV 1783, na mocy rozporządzenia gubernatora Galicji Józefa hr. de Brigido, zamknięto klasztor wiśnicki. Budynki i dobra ziemskie przejął tzw. fundusz religijny. Rząd zabrał klasztorne majątki, których wartość oszacowano na 87 659 zł. Dzieła sztuki wywieziono do Wiednia, zlikwidowano Kolegium Teologiczne. Karmelici zdołali wywieźć do Lwowa tylko bibliotekę i archiwum. Klasztor władze austriackie przejęły na potrzeby więzienia i sądów; świątynia karmelicka pełniła funkcję kaplicy więziennej. Funkcję penitencjarną zespół klasztorny pełni do dziś.
Z krajobrazu Wiśnicza zniknął niestety karmelicki kościół. Stan świątyni pogarszał się przez lata. Bogdan Treter pisał w relacji z objazdu konserwatorskiego (1933): „Wewnątrz kościoła, odznaczającego się piękną architekturą, bogatą dekoracją stiukową sklepień, widoczne są liczne rysy i braki, świadczące o niedostatecznej konserwacji budynku”. W 1941 pijani żołnierze niemieccy urządzili w świątyni Noc Walpurgii, paląc drewniane, robione na miarę wyposażenie. Ogień uszkodził budowlę, więc okupanci częściowo ją rozebrali, a kamień wywieźli do Przegorzał, gdzie posłużył do wzniesienia sanatorium dla niemieckich oficerów. Do dziś przetrwały tylko mury obwodowe z portalem wejściowym oraz podziemna kaplica-krypta. Jest jednak nadzieja, że z czasem sylweta kościoła wróci na swoje miejsce w pejzażu, przywracając mu utraconą harmonię.