Silva Rerum Stanisław Bonifacy Jundziłł przyszedł na świat „w powiecie lidzkim, w Jasieńcach, w szczupłym dziedzicznym majątku ojca, Benedykta Dunina Jundziłła, w roku 1761 miesiąca maja 6 dnia”. Matką jego była Róża Dowgiałłówna, druga żona Benedykta, która zmarła, gdy syn miał cztery lub pięć lat.
Zanim Stanisław podjął nauki w szkołach, w szóstym lub siódmym roku życia zaczął w domu czytać, pisać i rachować, a niedługo potem był uczony „przez sprowadzonych do domu nauczycielów grammatyki łacińskiej Alwara...”. Mały Stanisław widocznie miał ogromną chęć zgłębiania wiedzy, dlatego, mimo dość trudnych warunków materialnych w domu, ojciec zgodził się oddać 14-letniego syna do szkoły ojców Pijarów w Lidzie. Po latach Jundziłł z pewną dumą pisał w swoim pamiętniku: „spostrzegłem, jak mi pożyteczne były gruntowne, którem od domowych nauczycieli powziął, łacińskiej gramatyki początki.” Dzięki temu, bez trudu przeszedł pierwsze trzy lata nauki, uzyskując kolejno promocje z klasy do klasy.
Rok 1777 był ważną datą w życiu młodzieńca: „W tym bowiem roku, bez namowy, podejścia i czyjejkolwiek rady (...) nie mając jeszcze szesnastu lat skończonych (...) oświadczyłem Ks. Wolnierowi, rektorowi pijarów w Lidzie, chęć wstąpienia do ich zgromadzenia.” Poddając się łatwo wymaganiom nowicjatu, a nawet – jak sam pisze – „z żarliwością młodemu wiekowi właściwą” przetrwał dwa trudne lata i w 1778 roku złożył śluby zakonne (z powodu młodego wieku kandydata konieczna była dyspensa). Jednakże trudy minionych dwóch lat odbiły się niekorzystnie na jego zdrowiu. Stracił zdolność widzenia w prawym oku: „ katarakta czarna (...) zupełnie je i na zawsze zaćmiła”. Znalazł się naprawdę w trudnej sytuacji, ponieważ lewe oko także było osłabione po przebytej ospie i „często łzami i ropieniem zachodzące”.
Następnie został skierowany do Rosienia, gdzie uczył dzieci w klasie początkowej. Niedługo potem, w 1780 roku, przeniósł się do Wilna, aby również nauczać dziatwę w klasach początkowych. Praca nauczycielska przeplatała się ze studiami filozoficznymi, jakie odbył w Wilnie w latach 1781-1783. W tym też okresie słuchał wykładów z chemii, która zawsze bardzo go interesowała. Niesyty nauk, w 1783 roku podjął kolejne studia, tym razem teologiczne, a w 1784 roku otrzymał święcenia kapłańskie, znowu za specjalną zgodą biskupa.
Wakacje 1785 roku spędził w Łabunowie, u marszałka kowieńskiego Zabiełły, którego synem opiekował się w szkole, ale wkrótce, z żalem, opuścił gościnne progi, skierowany do Szczuczyna, jako opiekun i nauczyciel synów możnej rodziny Scypionów (Scipio del Campo – ród włoski przybyły do Rzeczpospolitej w czasach Zygmunta Starego, przychylny zakonowi Pijarów). Tu jednak najpierw zlecono mu nauczanie dzieci w klasie trzeciej tamtejszego, znanego z wysokiego poziomu nauczania, kolegium pijarskiego, aby w ten sposób wykazał się, czy będzie godny dostąpić zaszczytu uczenia możnych młodzieńców.
Właśnie w Szczuczynie zaczyna się, tak naprawdę, jego wielka przygoda z botaniką. Tam czytał dostępne mu dzieła botaniczne autorstwa Syreniusza, Kluka, Lamarcka i Giliberta. Dzieło tego ostatniego Flora lithuanica inchoata, które (ku słusznemu oburzeniu Jundziłła) „z księgarni akademickiej, jako na nic niezdatne, wyrzucone, i na uwijanie tabaki (...) przedane zostało”, ocalił od całkowitej zagłady, zakupując 5 jego egzemplarzy.
Co najważniejsze, Jundziłł podjął własne badania florystyczne, zbierał rośliny i stworzył z nich szkolny ogród botaniczny. Po krótkim pobycie w Wilnie, ponownie wrócił do Szczuczyna, aby ostatecznie podjąć pracę nauczyciela młodych Scypionów. Z tego pobytu wyniósł też ogładę towarzyską, bardzo mu przydatną w późniejszych kontaktach z ludźmi i w karierze naukowej. Jak sam pisał: „(…) w ich szlachetnem towarzystwie nabyłem dobrego i przystojnego obcowania tonu i odwykłem zupełnie od wymowy i wyrazów prowincjonalnych.”
Jundziłł wciąż się dokształcał, co miało mocno procentować w przyszłości. W 1787 roku odbył kurs botaniki prowadzony na Uniwersytecie Wileńskim przez Georga Forstera (przyrodnika i podróżnika szkockiego pochodzenia). Jak sam relacjonował: „(...) zjednawszy przyjaźń Forstera, uprosiłem go wespół z Janem Czempińskim i Szymonem Malewskim, iż nam wiosną 1787 prywatny kurs tej nauki dawać postanowił.” Forster nie ograniczał się tylko do teorii, ale zabierał swoich kursantów w teren i praktycznie uczył ich rozpoznawania i oznaczania (czyli „determinowania”) poszczególnych gatunków roślin.
W trzy lata później Jundziłł zaczął prowadzić (po polsku!) wykłady z zoologii i botaniki, w wileńskim Kolegium Pijarów. I ten moment można uznać za początek pracy naukowej Jundziłła na niwie historii naturalnej, a zwłaszcza botaniki.
Pierwszym owocem tej działalności było wydanie drukiem, w 1791 roku, książki pt.: Opisanie roślin w prowincyi W. X. L. naturalnie rosnących według układu Linneusza. Książkę tę posłał nawet królowi Stanisławowi Augustowi Poniatowskiemu, za co doczekał się w 1792 roku listu gratulacyjnego i złotego medalu Merentibus, zaś w dziennikach niemieckich pochwalnych wzmianek o swej publikacji.
W latach 1792-1797 odbył długą, ale bardzo pożyteczną podróż zagraniczną. Doszło do niej po wielu staraniach, uwieńczonych otrzymaniem stypendium Komisji Edukacji Narodowej. Ta peregrynacja miała mu ułatwić zdobycie ogólnego przyrodniczego wykształcenia, które umożliwiłoby mu objęcie stanowiska profesora historii naturalnej na uniwersytecie w Wilnie. Pobyt za granicą mający trwać 2-3 lata, przedłużył się do blisko pięciu.
W drodze do Wiednia (głównego celu swej podróży) Stanisław Jundziłł zatrzymał się w Krakowie. Tutaj był oprowadzany przez profesora Franciszka Scheidta po ogrodzie botanicznym, gabinetach przyrodniczych i bibliotekach. Następnie pojechał do naddunajskiej metropolii, aby poznać jej piękne ogrody i kolekcje roślin egzotycznych. Szczególny zachwyt Jundziłła wzbudził ogród w Schönbrunn. Odwiedzał też gabinety zoologiczne i mineralogiczne. Poznał wybitnego botanika Mikołaja Józefa Jacquina (autora pięciotomowej Flora austriaca), który życzliwie odniósł się do młodego polskiego botanika i służył mu pomocą przy poznawaniu zakładów naukowych stolicy monarchii austriackiej, jak też flory okolic Wiednia. Późniejszy kontakt korespondencyjny obu uczonych trwał długie lata. Jundziłł poznał także florę Saksonii i Czech, odwiedził Pragę oraz Drezno i Freiberg, gdzie zwiedzał ogrody.
W 1794 roku skończyły się pieniądze i Jundziłł pojechał do Warszawy, aby zdobyć środki na podróż na Węgry. Tam zajmował się poznawaniem sekretów metalurgii i botaniki. Od czerwca 1794 do października 1797 roku, po powrocie do Wiednia, kontynuował studia nauk przyrodniczych. Poznał wtedy wielu przedstawicieli ówczesnej polskiej elity, m.in.: Ignacego Potockiego, Hugona Kołłątaja, jak też księżnę Izabellę Czartoryską, której udzielał lekcji botaniki. Ludzie ci wspierali Jundziłła nie tylko podczas jego pobytu w Wiedniu, ale także w okresie, kiedy organizował ogród botaniczny w Wilnie, przysyłając mu nasiona i sadzonki z własnych ogrodów.
Stanisław Jundziłł wrócił do Wilna jako wszechstronnie wykształcony przyrodnik, zamiłowany florysta i wybitny znawca sztuki ogrodowej. Na polskim gruncie stał się również gorliwym propagatorem systemu Linneusza.
W 1798 roku uzyskał doktorat z filozofii (na podstawie rozprawy „o główniejszych w świecie kopalniach i o wielości kruszczów z nich się wydobywających”), dzięki czemu mógł rozpocząć wymarzone wykłady z botaniki w wyższej uczelni wileńskiej, zwanej wówczas Szkołą Główna Litewską. Początkowo, bowiem, pracował na stanowisku wiceprofesora, w katedrze kierowanej przez Ferdynanda Spitznagla, o którym nie miał zbyt dobrego zdania, pisząc w swoim pamiętniku m.in. tak: „Człowiek ten (...) nigdy nie pisał żadnej części historyi naturalnej (...) nie uczył się żadnego ogrodu botanicznego.” Po uzyskaniu doktoratu, Jundziłł usamodzielnił się całkowicie, wdziewając wreszcie profesorską togę. Nieustanny pęd do poszerzania zakresu wykształcenia zaowocował uzyskaniem w 1800 roku doktoratu z teologii, co z kolei dało mu możliwość sprawowania wszelkich funkcji uniwersyteckich.
Rok wcześniej Jundziłł wydał książkę pt. Botanika stosowana..., co było m.in. dowodem jego nieustannych zabiegów, mających na celu popularyzację botaniki w społeczeństwie. Ten sam rok, 1799, jest też czasem przejęcia przez Jundziłła od F. Spitznagla, ogrodu botanicznego.
Zajmowanie się ogrodem botanicznym było chyba jednym z najbardziej ulubionych zajęć Jundziłła. Ponadto, był w tym zakresie wybitnym specjalistą. Stan przejętego ogrodu okazał się opłakany, wskutek czego ogród nie spełniał swych funkcji dydaktycznych. Nowy kierownik musiał wszystko doprowadzić do porządku, a wiele prac zaczynać od podstaw. Przede wszystkim musiał wybudować nowe szklarnie, ponieważ posiadanie dużej liczby interesujących roślin egzotycznych stanowiło o prestiżu ogrodu i było wielce pomocne, wręcz konieczne, w nauczaniu botaniki na wysokim poziomie. Jundziłł wydał w ciągu trwania swej dyrektury 14 katalogów, w których podawał na bieżąco spis i liczbę gatunków roślin. Katalogi były też pomocne w prowadzeniu bardzo szerokiej wymiany roślin z europejskimi placówkami naukowymi, m.in. z Wrocławiem, Krakowem, Krzemieńcem, Paryżem, Dreznem czy Wiedniem. Dzięki temu kolekcja ogrodowa szybko się powiększała. W momencie przejęcia ogrodu liczyła 400 gatunków, w 1802 roku – 1072, w 1810 już 2400, zaś w 1825 roku, kiedy Jundziłł przekazywał ogród swemu następcy, wynosiła 6500 okazów!
Profesor Jundziłł cieszył się dużym autorytetem nie tylko w wileńskim środowisku naukowym. Wyrazem tego było powołanie go na członka Warszawskiego Towarzystwa Naukowego (1801), Moskiewskiego Towarzystwa Miłośników Natury (1805) i Towarzystwa Gospodarczego w Warszawie (1811).
W skład dorobku naukowego Jundziłła wchodzą cenne pozycje z zakresu botaniki i zoologii. Oprócz wspomnianych wcześniej pozycji warto wymienić jeszcze takie tytuły, jak: Początki botaniki (1804-1805) w dwóch częściach (Fizjologia roślin i Nauka wyrazów), czy Opisanie roślin litewskich (1811). Ta druga pozycja nie była powtórzeniem jego pierwszej publikacji z 1791 roku. Zawierała klucz do oznaczania i służyła wiele lat polskim florystom. Jundziłł opublikował wiele artykułów na tematy biologiczne w czasopiśmie Dziennik Wileński, którego był współzałożycielem. Książki i artykuły wileńskiego botanika cieszyły się popularnością, nie tylko ze względu na ich dużą wartość merytoryczną, ale również ze względu na piękny język wykładu.
Po przejściu na emeryturę w 1824 roku Jundziłł nadal pozostał bardzo aktywny, mimo nie najlepszej formy fizycznej. Przy okazji wyjazdów „do wód” do Karlsbadu czy Warszawy dla podratowania zdrowia (w latach 1826-1827), zwiedzał po drodze ogrody – botaniczny i pomologiczny w Warszawie i botaniczny we Wrocławiu, żywo interesując się stanem i zawartością kolekcji. W czasie ostatniej podróży do Karlsbadu, w 1835 roku zły stan zdrowia nie pozwolił Jundziłłowi na zwiedzanie placówek naukowych, chociaż nie przeszkodził czynić różnorodnych spostrzeżeń. I tak na przykład, z przyjemnością odnotował wciąż dobrą znajomość języka polskiego w Wielkopolsce, czyli na ziemiach tzw. Prus Zachodnich. Interesujące, że nie chciał zwiedzić zamku w Malborku, tego jak pisze „nieczystego gniazda (...) z włóczęgów całego świata złożonego zakonu.”
Pod koniec życia Jundziłł całkowicie stracił wzrok. Doszły do tego również przykrości emocjonalne, ponieważ dane mu było dożyć upadku Uniwersytetu Wileńskiego (1832) oraz zniszczenia ukochanego Ogrodu Botanicznego, który zamieniono na park spacerowy. Stanisław Bonifacy Jundziłł zmarł 12 października 1847 roku i został pochowany na cmentarzu Bernardyńskim w Wilnie. Na nagrobku widnieje napis: „Historyi Naturalnej w kraju ROZKRZEWICIEL. Ogrodu Botanicznego w Wilnie TWÓRCA.”