W drugiej połowie XVII w. instytucja staropolskiego sejmu przechodziła ciężki kryzys. Był on szczególnie widoczny pod koniec panowania Jana Kazimierza oraz przez cały okres rządów Michała Korybuta Wiśniowieckiego. Wystarczy wspomnieć, że w ciągu dziesięciolecia poprzedzającego elekcję Jana Sobieskiego (1674 r.) na piętnaście zwołanych sejmów zerwano aż dziewięć. Toteż wybór na króla bohatera bitwy chocimskiej budził nadzieję obywateli, że najważniejszy organ państwa zacznie znów sprawnie funkcjonować. A było to konieczne, jeśli Rzeczpospolita miała dalej prowadzić skuteczną wojnę z Imperium Osmańskim o odzyskanie Podola.
W latach 1674 – 1696 odbyło się łącznie 14 sejmów. Pierwsze dwa to sejmy z okresu bezkrólewia. Po krótkim sejmie konwokacyjnym (15 stycznia – 22 lutego 1674 r.) zebrał się sejm elekcyjny (20 kwietnia – 9 czerwca 1674 r.), który dokonał wyboru Jana Sobieskiego, marszałka i hetmana koronnego, na władcę Rzeczypospolitej Obojga Narodów. Sejm wprawdzie zakończył się szczęśliwie, jednak jego obrady przebiegały w dramatycznych okolicznościach. Część parlamentarzystów z Wielkiego Księstwa Litewskiego (przede wszystkim ze Żmudzi), związana z wrogim Sobieskiemu stronnictwem Paców, próbowała zerwać obrady i nie dopuścić do uznania legalności elekcji. Ostatecznie pozostała na polu elekcyjnym szlachta, mimo demonstracyjnego wyjazdu kilku posłów, nie uznała protestu i zakończyła sejm, legalizując wszystkie jego ustalenia zapadłe przed opuszczeniem koła sejmowego przez Żmudzinów.
Zazwyczaj szybko po elekcji zwoływano sejm koronacyjny. Tym razem jednak stało się inaczej. Ze względu na trwający konflikt zbrojny z Imperium Osmańskim i przygotowywaną przez króla-elekta wyprawę wojenną, koronacja oraz towarzyszący mu sejm zostały odłożone, początkowo o kilka miesięcy, ale z czasem termin ten jeszcze kilka razy przesuwano. Ostatecznie sejm zwołano do Krakowa dopiero na początku 1676 r. Podczas jego obrad (4 lutego – 4 kwietnia) parlamentarzyści zajmowali się przede wszystkim kwestiami związanymi z toczącą się wojną. Poważne zagrożenie kraju sprawiło, że zarówno na sejmikach przedsejmowych, jak i w izbie poselskiej pojawiały się głosy, że osoba, która doprowadzi do zerwania sejmu, zostanie uznana za wroga ojczyzny. Ostatecznie sejm zakończył się szczęśliwie, uchwalając wysokie podatki i upoważniając króla do zwołania w najbliższym czasie sejmu nadzwyczajnego, niezbędnego do podjęcia kolejnych decyzji podatkowych.
Wyprawa żurawińska z 1676 r. i podpisany wówczas rozejm z Turkami skłoniły monarchę do wykorzystania danej mu możliwości i zwołania (jedynego podczas jego panowania) sejmu nadzwyczajnego. Zebrał się on już na początku 1677 roku (14 stycznia – 26 kwietnia) i zajął przede wszystkim stosunkami z Imperium Osmańskim. Wybrano skład poselstwa, które miało udać się do Stambułu, aby negocjować warunki pokoju. Uchwalono ponownie podatki, ale jednocześnie posłowie zdecydowali o znacznej redukcji liczby wojska. Było to m. in. wynikiem uzasadnionych podejrzeń szlachty, że król chciałby w sojuszu z Francją i Szwecją przystąpić do wojny przeciwko Brandenburgii. Z tego też powodu uchwalono konstytucję potwierdzającą traktaty pokojowe z cesarzem i elektorem brandenburskim.
Już pod koniec następnego roku król zwołał kolejny sejm zwyczajny (15 grudnia 1678 r. – 3 kwietnia 1679 r.), którego zadaniami były m. in. wysłuchanie relacji powracającego ze Stambułu polskiego posła i debata nad przyjęciem lub odrzuceniem niekorzystnego pokoju z Turcją, zakładającego utratę przez Rzeczpospolitą Podola. Mimo iż ostatecznie ratyfikowano traktaty z sułtanem, zdawano sobie jednak sprawę, że są one dla Rzeczypospolitej wyjątkowo niekorzystne. Z tego powodu prowadzono negocjacje z Moskwą i zdecydowano się na wysłanie posłów do krajów chrześcijańskich w całej Europie, aby szukać sojuszników do ewentualnej nowej wojny.
Kluczowe decyzje na ten temat miały zapaść po ich powrocie, podczas kolejnego sejmu zwołanego na początek 1681 roku. Po niezwykle długich i dramatycznych obradach (14 stycznia – 26 maja) sejm ten został zerwany. Stało się tak, mimo iż posłowie spisali już wiele projektów konstytucji i zgodzili się na wysokie podatki. Odpowiedzialność za zerwanie obrad ponosiła dyplomacja brandenburska, wspierająca wówczas Francję, która próbowała uniemożliwić sojusz Rzeczypospolitej z cesarzem. Przekupiono kilku posłów, którzy w decydującym momencie otrzymali wsparcie od osobistego wroga króla, Michała Kazimierza Paca, wojewody wileńskiego i hetmana wielkiego litewskiego.
Sprawa ewentualnej wojny z Turcją wróciła ponownie podczas obrad kolejnego sejmu, zwołanego w 1683 r. (27 stycznia – 17 kwietnia). Nauczony doświadczeniem poprzedniego sejmu król wraz ze swoimi zaufanymi znakomicie przygotował się do rozgrywki politycznej, przez wiele miesięcy kontrolując pocztę i przejmując listy swoich potencjalnych wrogów. W trakcie obrad obóz królewski zaatakował stronnictwo profrancuskie, działające na rzecz niedopuszczenia do nowej wojny z sułtanem i dążące do zerwania kolejnego sejmu. Jego przywódca Jan Andrzej Morsztyn, podskarbi koronny, ratował się ucieczką do Francji, obawiając się procesu o zdradę stanu. Pozostałych stronników Francji król pozyskał, rozdając im wysokie urzędy, dzięki czemu tym razem obrady sejmu zakończyły się szczęśliwie. Podpisano sojusz militarny z cesarzem i uchwalono wysokie podatki. Umożliwiło to Sobieskiemu przeprowadzenie odsieczy wiedeńskiej, zakończonej wspaniałym triumfem koalicji antytureckiej w bitwie na wzgórzach Kahlenbergu.
Jednak rozpoczęcie kolejnej wojny z sułtanem i wejście Rzeczypospolitej w skład Ligi Świętej wymagało stałego finansowania. Dlatego kolejne sejmy miały przede wszystkim zajmować się sprawami podatkowymi. Pierwszy z nich, zwołany po odsieczy wiedeńskiej w 1685 roku (16 lutego – 30 maja), mimo wielu trudności zakończył się pomyślnym uchwaleniem podatków. Jednak dwa następne sejmy (27 stycznia – 5 marca 1688 r. od 17 listopada 1688 r. – 2 kwietnia 1689 r.) zostały zerwane. Było to konsekwencją ostrego konfliktu między królem a rodem Sapiehów, który po Pacach zdobył ogromne wpływy w Wielkim Księstwie Litewskim. Opanowanie przez partię sapieżyńską wielu sejmików litewskich powodowało, że dysponowali oni w izbie poselskiej licznymi stronnikami, dzięki którym forsowali swoje postulaty i prowadzili politykę zdecydowanie antykrólewską. Zyskiwali przy tym poklask części szlachty, oskarżając Sobieskiego o ograniczanie wolności szlacheckich i prowadzenie polityki dynastycznej.
Dopiero chwilowe porozumienie między obozem królewskim a Sapiehami sprawiło, że zwołany w 1690 r. sejm (16 stycznia – 6 maja) zakończył się uchwaleniem wysokich podatków, które miały umożliwić kontynuowanie wojny. Okazało się jednak, że był to ostatni szczęśliwie zakończony sejm w czasach Jana III. Wkrótce w kraju rozgorzała ostra walka polityczna i odnowił się konflikt między królem i Sapiehami. Efektem były kolejne zrywane zjazdy. Po bezowocnym rozejściu się sejmu grodzieńskiego (31 grudnia 1692 r. – 11 lutego 1693 r.) król postanowił szybko zwołać na 22 XII 1693 r. kolejny sejm. Jednak ciężka choroba uniemożliwiła Sobieskiemu przybycie z Żółkwi do Warszawy na jego inaugurację. Król wydał specjalny uniwersał do sejmujących, próbując za jego pomocą przełożyć rozpoczęcie obrad do czasu swego wyzdrowienia, jednak nie zgodzili się na to przedstawiciele Litwy. Na specjalnie zwołanym posiedzeniu większość parlamentarzystów litewskich zakwestionowała prawo króla do wydawania tego typu uniwersałów i spisała na ten temat specjalny manifest. Ostatecznie sejm nie rozpoczął nawet obrad, mimo iż parlamentarzyści z Korony jeszcze przez kilka tygodni czekali w Warszawie, licząc na szczęśliwe rozwiązanie sporu. Cała akcja była inspirowana przez stronnictwo Sapiehów.
Powodem kolejnego zatargu stała się próba pozwania hetmana Kazimierza Jana Sapiehy przed sąd sejmowy pod zarzutem rozlokowania wojsk litewskich w kościelnych dobrach Konstantego Brzostowskiego, biskupa wileńskiego, jednego z nielicznych stronników króla na Litwie. Ostatni za życia Jana III sejm zwołany został na początek 1695 r. Ponieważ jednak konflikt Sapiehów z Brzostowskim nie został zażegnany, zjazd ten stał się widownią ciągnących się przez sześć tygodni awantur (12 stycznia – 19 lutego), podczas których stronnicy sapieżyńscy nie pozwolili w ogóle na zagajenie sejmu i rozpoczęcie obrad. Nie odbyło się ani jedno normalne posiedzenie; za każdym razem, gdy litewscy stronnicy króla wraz z posłami koronnymi próbowali przystąpić do wyboru marszałka, posłowie związani z Sapiehami głośno protestowali i wychodzili z izby. Dopiero kilka miesięcy po sejmie doszło do ugody między Kazimierzem Janem Sapiehą a Konstantym Brzostowskim. Miało to umożliwić zwołanie kolejnego sejmu, tak bardzo potrzebnego w związku z wciąż toczącą się wojną. Król planował zwołanie go prawdopodobnie na koniec 1696 roku. Śmierć Jana III (17 czerwca 1696 r.) uniemożliwiła realizację tych planów.
Panowanie Jana III Sobieskiego przyniosło wiele zmian w funkcjonowaniu staropolskiego sejmu. Ówczesne sejmy pod wieloma względami różniły się od zjazdów z czasów Wazów i od późniejszych z czasów saskich. Zmiany zaszły zarówno we wprowadzaniu nowych uregulowań prawnych, jak i zachodzących wówczas precedensach proceduralnych. Na kilka najbardziej charakterystycznych z pewnością warto zwrócić uwagę.
Do najważniejszych rozwiązań prawnych, wprowadzonych w życie w omawianym okresie, należy z pewnością konstytucja z 1673 roku, nakazująca królowi zwoływanie co trzeciego sejmu (nie licząc okresu bezkrólewia) w leżącym na terenie Wielkiego Księstwa Litewskiego Grodnie. Pierwsze sejmy grodzieńskie miały miejsce właśnie w czasach Jana III. Na królu i jego urzędnikach spoczął trud przygotowania niewielkiego miasta do pełnienia roli rezydencji sejmowej, czyli do wyremontowania i rozbudowania miejscowego zamku oraz zadbania o odpowiednią bazę noclegową dla tysięcy osób przybywających na obrady. Pierwszy sejm grodzieński odbył się w latach 1678 – 1679 i przyniósł masową falę krytyki ze strony szlachty koronnej, narzekającej na fatalne warunki bytowe. Kolejny sejm grodzieński przypadał na 1685 roku, jednak król wspólnie z radą senatu postanowił przenieść go do Warszawy. Pretekstem były nie tylko narzekania na niewygodne Grodno, lecz także toczące się działania wojenne; zdaniem monarchy korzystniej było zorganizować obrady w mieście znajdującym się bliżej teatru wojny. Decyzja ta wywołała masowe protesty ze strony Litwinów, którzy nie chcieli dopuścić do inauguracji sejmu w Warszawie. Znaczna część parlamentarzystów litewskich udała się do Grodna, gdzie czekała na przybycie króla i przedstawicieli Korony. Dopiero po kilkutygodniowych negocjacjach udało się skłonić ich do zgody, a specjalnie uchwalone wówczas prawo nakazywało zwołanie kolejnego sejmu do Grodna. Chociaż warunki bytowe w mieście niewiele się poprawiły, to król nie odważył się w przyszłości przenosić obrad w inne miejsce. Kolejne sejmy obradowały w Grodnie w latach 1688 i 1692-1693. Nie było jednak Grodno szczęśliwe dla sejmujących, ponieważ oba wspomniane sejmy zostały zerwane.
Druga istotna nowość regulaminowa, uchwalona w omawianym okresie, to obowiązek składania przysięgi przez marszałka poselskiego i deputatów do konstytucji. Prawo to zatwierdzone ostatecznie konstytucją z 1679 r. obowiązywało już od kolejnego sejmu w 1681 roku. Miało ono na celu ukrócenie nadużyć podczas spisywania i opracowywania ostatecznego tekstu konstytucji, uzgodnionego podczas obrad. Mimo że część szlachty domagała się wprowadzenia przysięgi dla wszystkich posłów, ostatecznie nie udało się tego typu rozwiązania przeforsować w izbie. Szlachta znalazła jednak inny sposób, aby zrealizować swój postulat. W latach osiemdziesiątych w większości ziem koronnych wprowadziła obowiązek składania przysięgi przez posłów-elektów na sejmikach przedsejmowych przed swoimi wyborcami. Miało to zapobiec korupcji i zagwarantować, że parlamentarzyści będą kierowali się dobrem Rzeczypospolitej a nie prywatą.
W 1690 roku uchwalono dwie kolejne konstytucje związane z procedurą sejmową. Pierwsza z nich regulowała sposób przygotowania i oddawania uchwalonych konstytucji do druku. Była ona wynikiem ciągłych narzekań szlachty na fałszerstwa, do jakich miało dochodzić już po zakończeniu obrad, podczas opracowywania ostatecznych wersji (czyli tzw. ucierania) nowych praw. Niemal na wszystkich sejmikach skarżono się, że marszałek i deputaci często wprowadzają konstytucje, które albo nie były w ogóle omawiane, albo nie było na nie zgody wśród posłów. Oskarżano też deputatów, że zbyt mocno ingerują w treść uchwał i zmieniają ich wymowę. Drugie uchwalone wówczas prawo to pierwszy w dziejach regulamin sejmowy. Wyliczano w nim kolejne elementy proceduralne, które powinny być realizowane przez izbę. Była to próba zdyscyplinowania posłów, chęć wprowadzenia sprawniejszych obrad, a co za tym idzie – do terminowego ich kończenia, sejmy bowiem w omawianym okresie obradowały coraz mniej efektywnie i były coraz dłuższe. I to właśnie pod względem czasu trwania tamtejsze sejmy nie miały odpowiedników ani we wcześniejszym, ani w późniejszym okresie istnienia Rzeczypospolitej Obojga Narodów.
Zapisane w artykułach henrykowskich prawo określało, że sejm nie powinien trwać dłużej niż sześć tygodni (czyli 43 dni), jednak sprawność obrad sejmowych w XVII w. ciągle malała. Za Wazów bardzo często sejmy prolongowano, ale nie dłużej niż o kilka dni. W czasach Jana III można zaobserwować skokowy spadek sprawności działania sejmu. Złożyło się na to wiele czynników. Z pewnością sporo czasu zajmowały posłom czynności ceremonialne, w tym wygłaszane przy każdej okazji mowy. Dochodziły do tego nowe kompetencje izby: słuchanie audiencji posłów cudzoziemskich czy udział w relacjach dyplomatów Rzeczypospolitej, powracających z misji zagranicznych. Zdarzało się, że te ostatnie zajmowały nawet kilka dni obrad. Konstytucja z 1669 roku wprowadzała obowiązek odczytywania na sejmie przysięgi królewskiej oraz pacta conventa i bez spełnienia tych warunków posłowie nie chcieli przystępować do dalszych prac. Niemało czasu na początku obrad zajmowało posłom spisanie listy urzędów, wakujących w całym kraju, którą następnie przekazywano królowi i czekano na jego decyzje. Przed rozdaniem wakansów izba rzadko zgadzała się na przystąpienie do normalnych obrad, często kilka dni spędzając na jałowych dyskusjach.
W omawianym okresie można zaobserwować również obniżanie się kultury politycznej posłów. Sejm coraz rzadziej traktowano jako centralny organ mający na celu uchwalanie prawa, a częściej jako miejsce załatwiania partykularnych czy wręcz prywatnych interesów, nawet kosztem obstrukcji obrad. Dodatkowo wielu posłów zaniedbywało swoje obowiązki, pojawiając się w izbie bardzo późno i zmuszając resztę (w tym również króla) do wielogodzinnego bezczynnego wyczekiwania. Wreszcie najważniejszą z przyczyn spadania sprawności obrad było coraz powszechniejsze stosowanie zasady liberum veto. Protest wstrzymywał obrady i posłowie musieli bezczynnie czekać na jego wycofanie. Stąd obserwowane już wcześniej zjawisko wydłużania obrad sejmowych za panowania Jana III przybrało niespotykane dotąd rozmiary. Zdarzało się, że w przewidzianym prawem terminie 43 dni nie udało się posłom nawet zakończyć wszystkich czynności wstępnych, takich jak wybranie marszałka czy wysłuchanie wotów senatorskich.
Z tego powodu sejmy prolongowano nie o kilka, ale o kilkadziesiąt dni. Już sejm koronacyjny trwał 61 dni. Kolejne sejmy były jednak znacznie dłuższe. Sejm 1677 r. trwał 103 dni, sejm grodzieński z przełomu 1678 i 1679 roku obradował 110 dni, z 1681 r. – 133 dni, 1683 r. – 81 dni, 1685 r. – 104 dni. Wprawdzie drugi sejm grodzieński zwołany na 1688 r. zerwano w 39 dniu obrad, ale kolejne znów wielokrotnie prolongowano: sejm z 1688 – 1689 r. do 107, a z 1690 r. do 111 dni. Konsekwencje przeciągania obrad były opłakane, ponieważ w każdej chwili posłowie mogli pod pretekstem złamania prawa rozjechać się do domów bez podjęcia uchwał. Tak też stało się podczas kilku spotkań, gdy prawo o obradach sześciotygodniowych stało się pretekstem do zerwania sejmu. Przeciągające się obrady zmuszały posłów do działań nadzwyczajnych – niekiedy rezygnowali z niektórych elementów procedury, jak na przykład słuchania wotów senatorskich, trwających zazwyczaj kilka dni. Im dłużej posłowie przebywali na sejmie, tym bardziej skłonni byli również do pracy w dni świąteczne, a nawet w nocy, mimo że tradycja i prawo uchwalone na sejmie 1678 – 1679 roku zabraniało posiedzeń „przy świecach”.
Przewlekanie obrad zmuszało posłów do coraz dłuższego pobytu w mieście sejmowym, a to wiązało się z rosnącymi wydatkami. Tymczasem w dawnej Rzeczypospolitej większość posłów brała udział w sejmach na własny koszt. Wielomiesięczny pobyt w drogim mieście sejmowym (podczas sejmów ceny towarów wzrastały kilkakrotnie) mógł niejednego parlamentarzystę wpędzić w kłopoty finansowe. Szlachta zdawała sobie z tego sprawę, toteż na wielu sejmikach w czasach Jana III zaczęto podejmować decyzje o wypłacaniu posłom pewnych sum z podatków zebranych przez miejscowych poborców. Na różnych ziemiach miały one różną wysokość. Mogły one nieco podreperować poselskie budżety, ale z pewnością nie rekompensowały wszystkich wydatków. Toteż posłowie szukali innych źródeł dochodów, nie stroniąc od pobierania pensji od magnatów czy obcych dyplomatów, którzy w ten sposób kupowali sobie poparcie dla swoich postulatów lub usuwali potencjalnych przeciwników politycznych. Od korupcji nie był wolny i dwór, który miał do dyspozycji nie tylko urzędy, stanowiska i królewszczyzny, ale i znacznie większe środki finansowe niż opozycja. Jedną z najbardziej spektakularnych akcji ze strony króla było przekupienie podczas sejmu 1690 roku planującego zerwać obrady posła bełskiego Samuela Głogowskiego, który za wycofanie protestu miał otrzymać jednorazową wypłatę, roczną pensję, pierwsze wolne starostwo, stopień oficerski w husarii oraz nowe ubranie. Zdaniem współczesnych król jednak niechętnie sięgał do własnej szkatuły i mógłby osiągnąć znacznie lepsze efekty, hojniej szafując swoimi dobrami. Z drugiej jednak strony nawet płacenie za usługi posłom i senatorom nie dawało pewności, że uzyska się ich poparcie. Wielu z nich bowiem brało pensje z różnych źródeł, a powszechna korupcja, choć oficjalnie potępiana, stała się w kuluarach sejmowych codziennością.
Omawiany okres charakteryzuje się również utrwaleniem się uznanego w połowie XVII w. prawa pojedynczego posła do protestu (tzw. liberum veto). Prawa tego nikt już wówczas nie kwestionował i protesty na sali sejmowej pojawiały się coraz częściej. Coraz rzadziej były one formą sprzeciwu wobec niekorzystnych posunięć, za to coraz częściej stawały się elementem taktyki sejmowej i dotyczyły nie tyle proponowanych praw, co wykonania kolejnych punktów procedury sejmowej. Poszczególne grupy posłów („partie”) za pomocą składanych protestów nie pozwalały izbie np. przystąpić do wyboru marszałka, udać się do króla na ceremonię powitania czy wysłuchania wotów senatorskich. To wszystko niezwykle utrudniało i przeciągało obrady.
Doprowadziło również do kilku precedensowych wydarzeń. Wielkim wstrząsem dla opinii publicznej był sejm z 1688 r., który po raz pierwszy rozszedł się bez wybrania marszałka. Gdy stronnicy dworu próbowali usunąć z izby czołowego przedstawiciela opozycji sapieżyńskiej Kazimierza Dąbrowskiego, ten wsparty przez kilku posłów opuścił izbę i wstrzymał jej obrady na pięć tygodni. Kiedy wreszcie zdecydował się na powrót i przywrócenie izbie prawa do obrad, na ich rozpoczęcie nie zgodzili się posłowie związani z dworem, dowodząc, że przedstawiciele wielu sejmików rozjechali się już do domów. W ten sposób sejm właściwie nawet nie rozpoczął obrad. Podczas sejmu 1693 r. posłowie litewscy nie wyrazili zgody na przełożenie obrad, aby chory król mógł dotrzeć z Żółkwi do Warszawy, a w 1695 r. ponownie opozycyjni Litwini przez sześć tygodni nie pozwolili na zagajenie sejmu i przystąpienie do wyboru marszałka.
Mimo coraz powszechniejszego stosowania zasady liberum veto, paradoksalnie głos pojedynczego posła był nieraz ignorowany. Zdarzały się przypadki, że próbującego składać protest parlamentarzystę zakrzyczano, a samego protestu nie uznawano. Można przyjąć zatem, że na złożenie protestu mogła sobie pozwolić „partia”, dysponująca w izbie przynajmniej kilku posłami i poparciem kilku senatorów, którzy wzajemnie się wspierali, natomiast protest całkowicie osamotnionego posła nie był brany pod uwagę.
Okres panowania Jana III, w przeciwieństwie do czasów wcześniejszych, charakteryzuje się stosunkowo rzadko zwoływanymi sejmami. Po części wynikało to z prowadzonych działań wojennych, ale może bardziej z niechęci Jana III do sejmowania. Przyzwyczajony do życia w obozach wojskowych lub swoich rezydencjach na Rusi, źle znosił dłuższy pobyt w ciasnym sejmowym mieście. Niekorzystnie na jego zdrowie wpływały wielogodzinne posiedzenia, podczas których musiał być cały czas obecny w izbie. Wreszcie król zdawał sobie coraz bardziej sprawę z malejącej skuteczności decyzji, w tym również podatkowych, podejmowanych na sejmie. Druga połowa XVII w. charakteryzowała się bowiem rosnącą decentralizacją skarbową Rzeczypospolitej, w której malała rola sejmu, a rosło znaczenie sejmików ziemskich. Wprawdzie podatki uchwalano nadal na sejmie, jednak ich ostateczne zatwierdzenie, wybór sposobu podatkowania, zorganizowanie doraźnej administracji skarbowej, zebranie i dystrybucja pieniędzy między poszczególne jednostki wojska należały do decyzji poszczególnych sejmików. Zwiększające się kompetencje zjazdów prowincjonalnych powodowały, że omawiany okres często określany jest mianem sejmikokracji. Niestety nie wpłynęło to korzystnie na funkcjonowanie systemu skarbowego. Wszystkie ziemie zalegały z podatkami, płacono je z dużym opóźnieniem. Nigdy nie było gwarancji, że pieniądze dotrą szybko do wojska, które służyło na kredyt lub było finansowane z pożyczek. Król był tym coraz bardziej zniechęcony, zdając sobie sprawę, że efekty wielomiesięcznych obrad sejmowych są niweczone przez sejmiki. Z tych wszystkich powodów Jan III nie zwoływał sejmów zbyt często. W ciągu dwudziestu lat panowania sejm zebrał się jedynie dwanaście razy, podczas gdy Jan Kazimierz w analogicznym okresie zwołał aż dwadzieścia zjazdów. Między poszczególnymi sejmami w czasach Sobieskiego zdarzały się też duże przerwy, trwające dłużej niż dwa lata, co było de facto złamaniem prawa o dwuletniej kadencji. Monarcha miał jednak zawsze usprawiedliwienie i wszelkie naruszenia prawa w tym zakresie tłumaczył toczącą się wojną.
Spadająca skuteczność sejmowania i postępujący kryzys najważniejszej instytucji ustrojowej dawnej Rzeczypospolitej były powszechnie zauważane, stąd też pojawiały się projekty zmian w sposobie sejmowania. Sam król, zdając sobie sprawę z konserwatyzmu szlacheckiego, nie występował otwarcie z propozycjami reform sejmu. Jednak to z pewnością z kręgami dworskimi związany był anonimowy autor (prawdopodobnie biskup Andrzej Chryzostom Załuski), który w dwóch ulotnych pismach politycznych z 1682 r. proponował gruntowne zmiany w funkcjonowaniu sejmu. Zakładały one reformę całej procedury, w tym rezygnację z wotów senatorskich, wydłużenie tzw. konkluzji sejmu (czyli kończących obrady wspólnych posiedzeń wszystkich trzech stanów sejmowych) z pięciu dni do trzech tygodni i ograniczenie dyskusji dziennych tylko do punktów zgłoszonych przez marszałka sejmowego. Proponowano również zwiększenie roli deputacji (czyli komisji) sejmowych, które miały odciążyć obrady plenarne, i zmniejszenie udziału postronnych obserwatorów w posiedzeniach. Wreszcie najważniejszym punktem było ograniczenie stosowania zasady liberum veto. Prawo do protestu wobec już zatwierdzonych przez izbę projektów nie przysługiwałoby posłom spóźniającym się na obrady. Ograniczeniem w prawie do wolnego głosu byłoby i to, że protest mógłby być zgłaszany nie przez pojedynczego posła, ale przez wszystkich posłów z jednego sejmiku, ziemi lub województwa. Protesty miały dotyczyć konkretnych spraw, nie powinny natomiast tamować obrad sejmowych.
Postulaty te były na tyle radykalne, że nie mogły zyskać akceptacji narodu politycznego, zwłaszcza że okres ten charakteryzował się petryfikacją ustroju i niechęcią szlachty do zmian ustrojowych. Jednak mimo skrajnego konserwatyzmu nawet ona była zaniepokojona narastającym kryzysem sejmowym i sama próbowała szukać środków zaradczych. Były one jednak w gruncie rzeczy mocno ograniczone. Szlachta zgadzała się więc na reformę sejmowania, jednak bez naruszania zasady wolnego głosu. Do rzadkości należały głosy takie, jak posła sandomierskiego Stanisława Dunin-Karwickiego podczas sejmu 1688 r., gdy kwestionował on prawo do nieograniczonego posługiwania się przez posłów zasadą liberum veto. Wprawdzie przez cały okres panowania Jana III zdarzały się postulaty opisania (a więc w jakiś sposób ograniczenia) zasady wolnego głosu, jednak nie miały one raczej większych szans na powodzenie i izba nigdy nie zajęła się ich rozpatrzeniem.
Wobec braku reform i pogarszającej się wciąż kondycji sejmu, próbowano szukać rozwiązań radykalnych i nadzwyczajnych. Jednym z nich było hasło zwołania sejmu konnego, przy asyście pospolitego ruszenia. Stało się ono popularne przede wszystkim pod koniec panowania Jana III, gdy kolejne sejmy zrywane były w coraz bardziej dramatycznych okolicznościach. Mimo że tego typu postulaty zgłaszano na wielu sejmikach koronnych, ostatecznie król nie zdecydował się na podobny krok. Z jednej strony nie było wiadomo, w jaki sposób sejm konny miałby obradować, z drugiej zaś – doświadczenia z przeszłości (głownie z czasów Michała I) wskazywały, że mógł on dodatkowo podsycić konflikty wewnętrzne, prowadząc nawet do wojny domowej, a na tym, w obliczu wojny z Imperium Osmańskim, królowi z pewnością nie zależało. Dlatego stronnictwo dworskie straszyło wprawdzie opozycję perspektywą zwołania sejmu konnego, ale była to jedynie groźba bez pokrycia i raczej sposób nacisku, niż rzeczywisty zamiar.
W funkcjonowaniu instytucji sejmu w czasach panowania Jana III można zaobserwować dwa wyraźnie różniące się okresy. Pierwszy z nich przypada na lata 1676 – 1685, gdy na sześć zwołanych sejmów tylko jeden został zerwany. W porównaniu z końcem panowania Jana Kazimierza i rządami Michała I można więc zauważyć zdecydowaną poprawę w skuteczności działania najważniejszej instytucji ustrojowej Rzeczypospolitej. Przeciwieństwem tego okresu są lata 1688 – 1695. Wtedy na sześć zwołanych sejmów tylko jeden zakończył się szczęśliwie. W drugiej połowie rządów Jana III instytucja sejmu przechodzi więc poważny kryzys. Co więcej, obrady zrywano w coraz bardziej dramatycznych okolicznościach, a izba poselska stawała się miejscem kolejnych precedensów nieprzynoszących z pewnością chwały ówczesnym parlamentarzystom. Taka sytuacja była wypadkową wielu czynników. Z pewnością niemałe znaczenie miał stan zdrowia Jana III. Coraz częstsze i groźniejsze choroby odbierały królowi energię, potrzebną do ciężkiej pracy sejmowej. Dodawały za to siły opozycji, co przekładało się na coraz ostrzejszą walkę ze stronnictwem dworskim, również na forum sejmu. Efektem starć partii padały kolejne sejmy, zrywane to przez jedną, to przez drugą stronę konfliktu. Obniżanie się kultury politycznej szlachty powodowało, że sejm stawał się wygodnym narzędziem niszczenia przeciwników politycznych, dzięki wykorzystywaniu wszelkich niedoskonałości procedury parlamentarnej. Utrwalenie się prawa do nieskrępowanego protestu nie dawało nadziei, że jakikolwiek projekt reform, bez ograniczenia wolnego głosu, może poprawić funkcjonowanie instytucji. Wszystko to składało się na postępującą degradację sejmu.
