Spośród kilkunastu chorób zakaźnych nękających społeczeństwo I Rzeczypospolitej od końca średniowiecza aż po wiek XVIII najniebezpieczniejsza była dżuma. Ani czerwonka, ani dur brzuszny, tyfus plamisty czy ospa nie pochłonęły tylu ofiar co mór, choroba epidemiczna, wielce zaraźliwa, o wyjątkowo ostrym przebiegu i wprowadzająca w malignę, jak opisywali ją współcześni.
Periodyczność epidemii dżumy i paniczny strach przez jej nawrotami wywoływały potrzebę wytłumaczenia genezy budzącego grozę zjawiska. Francuski historyk Jean Delumeau wskazywał na trzy grupy ludzi, którzy tworzyli schematy tłumaczące pojawianie się pestis: ludzi uczonych, członków Kościoła i anonimowy tłum, czyli opinię publiczną. W XVI–XVIII w. w oficjalnych teoriach tworzonych przez ludzi nauki współistniały co najmniej cztery schematy objaśniające pojawienie się zarazy powietrznej.
Zgodnie z koncepcją teurgiczną zaraza była karą za grzechy, jakich dopuścili się mieszkańcy rażonych nią obszarów. Dżuma, będąca wyrazem gniewu bożego, wielokrotnie przedstawiana jako grad strzał spuszczanych przez Boga, uderzała nagle i równie szybko zbierała liczne ofiary. Stąd też za jedyny środek profilaktyczny i leczniczy uważano w tym wypadku pokutę i żarliwą modlitwę.
Jednak wyjaśnienie etiologii, czyli przyczyny choroby, wyłącznie w sposób odnoszący się do gniewu Boga był niewystarczający nawet w średniowieczu, a cóż dopiero w wiekach późniejszych. Stąd też z teorią teurgiczną ściśle wiązała się koncepcja astrologiczna, która wskazywała na ciała niebieskie jako odpowiedzialne za wywoływanie choroby. Pierwsze interpretacje astrologiczne pojawiły się już w 1348 r., kiedy król Filip IV zażądał od paryskiego fakultetu medycznego sporządzenia raportu na temat przyczyn szalejącej wówczas w całej Europie czarnej śmierci. Ówcześni medycy znaleźli przyczynę w potrójnej koniunkcji Saturna, Jowisza i Marsa w czterdziestym stopniu Wodnika, która zaszła 20 marca 1345 r. Natomiast w przypadku polskiego piśmiennictwa medycznego na przyczyny astralne (causa astralis) powstawania moru wskazywał już w najstarszym znanym historykom traktacie dżumowym Maciej Miechowita. W wydanej w 1508 r. książeczce jej autor napisał: Uczeni medycy wskazują na dwie [główne] przyczyny plagi: przyczyny niebieskie i ziemskie, albo – innymi słowy – przyczyny wyższe i niższe. Przyczynami wyższymi zarazy są wpływy ciał niebieskich.
Wśród przyczyn niebieskich lekarze z epoki wymieniali najczęściej pojawienie się komety, zaćmienie Słońca lub Księżyca i koniunkcję niektórych planet. Natomiast wśród przyczyn tellurycznych, czyli ziemskich, będących konsekwencją zmian w świecie gwiazd i planet: trzęsienia ziemi, silne wiatry, zaburzenia pór roku itd.
O rosnącej popularności teorii astralnej zdecydowało jednak z jednej strony jej odwołanie do idei mikro- i makrokosmosu, z drugiej zaś – jej zbieżność z fizjologią oraz patologią humoralną. W czasach nowożytnych uważano bowiem, że między narządami wewnętrznymi, humorami, czyli sokami organicznymi, a ciałami niebieskimi istnieje ścisły związek, a ruch gwiazd i planet rządzi przepływami płynów ustrojowych w ludzkim organizmie. Przykładowo XVI-wieczny medyk krakowski Stefan Falimirz napisał: Wilkości przyrodzone są cztery, a planety sprawcy ich. Krew gorąca a wilgotna – Jupiter [czyli Jowisz] sprawca jej powietrznego przyrodzenia. Druga wilkość – flegma po grecku, po łacinie pituita – Miesiąc [czyli Księżyc] sprawca jej. Trzecia wilkość – kolera po grecku, po łącinie flafabilis – Słońce sprawca jej. Czwarta wilkość – melankolia po grecku, po łacinie astrabilis – Saturnus zimny i suchy sprawa jej. Melakolijej przypalonej – Mars panuje ognistego przyrodzenia.
Trzeci typ wyjaśnień wiązał się z koncepcją kozła ofiarnego. W przypadku wybuchów epidemii rolę kozłów ofiarnych przyjmowali najczęściej Żydzi oraz członkowie grup marginesu społecznego, których utożsamiano z roznosicielami brudu moralnego, ale zdarzało się również, że w traktatach medycznych wymieniano tajemniczych mazaczy morowych czy osoby o specyficznym zapachu, np. kuśnierzy i garbarzy. Medycy tworzyli także specjalne teorie uczone, pojawiania się dżumy. Należały do nich koncepcje kontagionistyczna i miazmatyczna, wraz z modyfikacją tej ostatniej: koncepcją konstytucji epidemicznej.
Najogólniej rzecz ujmując: teoria miazmatyczna mówiła o tzw. złym powietrzu jako czynniku odpowiedzialnym za powstanie epidemii i w swojej genezie sięgała do starożytnych poglądów Hipokratesa i Galena. Obaj lekarze twierdzili bowiem, że masowe zachorowania i zgony powodują tzw. miazmaty, czyli trujące wyziewy ziemi, które łączą się ze zdrowym powietrzem i je zanieczyszczają. Winą za powstawanie miazmatów obarczano z jednej strony gwiazdy i ciała niebieskie (por. koncepcja astrologiczna), z drugiej natomiast – wszelkie miejsca nieczyste, np. bagniska, wysypiska, pobojowiska, a także... wnętrze Ziemi. Z teorią miazmatyczną ściśle wiązała się stworzona w XVII w. przez Thomasa Sydenhama teoria konstytucji epidemicznej. Jej autor uważał, że chociaż złe miazmaty wytwarzają się codziennie, to tylko niekiedy dochodzi do ich uzłośliwienia. I tak medyk wskazywał na pewne konfiguracje rozmaitych zdarzeń naturalnych, których nagromadzenie się w jednym miejscu i czasie powodowało pojawienie się czynnika wyższego rzędu, tj. ducha epidemii. Duch epidemii sprawiał, że w nowej sytuacji pojawiały się nowe choroby, które były bardzo jadowite. Należała do nich, rzecz jasna, dżuma.
Ostatnia powszechnie przyjmowana teoria naukowa tłumacząca pojawianie się zaraz to stworzona w XVI w. przez wenecjanina Girolama Fracastorę teoria kontagionistyczna. W wydanym w 1546 r. traktacie O zarażeniu i chorobach zaraźliwych stwierdził on, że choroby zakaźne mogą być przenoszone w wyniku bezpośredniej styczności, przez przedmioty, na których znajduje się czynnik wywołujący zakażenie, czyli nasiono zarazy, oraz na skutek infekcji na odległość, czyli przez powietrze. Fracastoro tłumaczył, że w czasie gnicia towarzyszące temu procesowi cząsteczki zarażające, czyli wspomniane wcześniej nasiona, rozprzestrzeniają się wskutek wyziewów i parowania Ziemi (tj. miazmatów), a następnie są przenoszone przez pewne substancje (np. powietrze, wodę, pokarm) do ludzkiego organizmu i go zarażają. Co istotne, lekarz wyczerpująco objaśniał mechanizm zakażenia. Niektóre nasiona mogły dzięki sile sympatii, czyli przyciągania, wkradać się do jednego z czterech humorów i mnożyć się w nim tak długo, aż zarażone zostaną trzy pozostałe. Inne wnikały wraz z powietrzem przez nos i usta w głąb serca i wypychały zeń – dzięki sile antypatii – siły witalne. A zatem to sympatia i antypatia regulowała mechanizm działania nasion zarazy. Ona także tłumaczyła, dlaczego różne nasiona atakują różne humory i narządy wewnętrzne.
Na zakończenie warto dodać, ze nowożytni obserwatorzy rozpoznawali zbliżające się nieszczęście także po specjalnych znakach, czyli ominach morowych. Obok niecodziennych zjawisk astronomicznych (np. zaćmienia, pojawienie się komety) i atmosferycznych (np. błyskawice w styczniu, gęste i długo utrzymujące się mgły w lecie), dżumę prognozowały także niezwykłe zdarzenia w świecie zwierząt (np. obfitość ropuch, komarów, motyli i wszelkiego robactwa, które się ze zgniłości, a nie z nasienia rodzi) i roślin (np. kwitnienie róż we wrześniu). Źle wróżyło również pleśnienie chleba i psucie się żywności, częste poronienia, urodzenia bliźniąt itd. Ostatecznego dowodu na zbliżanie się plagi dostarczały jednak specjalne próby. Dla przykładu, XVI-wieczny lekarz Piotr Umiastowski polecał, aby codziennie dać psu do zjedzenia chleb z masłem oraz świeżą rosę. Jeśli zwierzę po posiłku zdechło, był to znak, że powietrze się psuło.
