Wyjazd Jakuba Edwarda Stuarta z synami do Bolonii nie rozwiązał sporów z Klementyną Sobieską, jego żoną. Jednak całkowicie niespodzianie, w połowie 1727 r. Klementyna poinformowała męża, że przyjedzie do Bolonii. Jakub Edward wykonał wcześniej kilka gestów, obiecując zmianę wychowawców najstarszego syna. Dobrej woli zabrakło po stronie Klementyny, która nie chciała oddalić guwernantki, pani Sheldon – był to jedyny warunek, przy którym obstawał jej mąż. Mimo to Klementyna przyjechała do Bolonii i zamieszkała z mężem oraz synami. Niestety, bliscy stopniowo ją tracili. Wykazywała coraz silniejsze oznaki zaburzeń nerwicowych, przy tym umartwiając się i oddając dewocji. W jednym z listów Karol Edward pisał o żonie: „kiedy nie jest w kościele bądź nie je wspólnych posiłków, zamyka się w swoich pokojach, gdzie spotyka się wyłącznie ze swoimi służącymi i synami... Pości tak bardzo, że trudno mi pojąć, jak kobieta, która twierdzi, że chce mieć dzieci, może tak czynić. Spędzam z nią bardzo mało czasu”. Sytuację pogorszył fakt, że w lipcu 1728 r. Klementyna poroniła, a w następnych miesiącach pojawiały się pogłoski o kolejnej ciąży. Były nieprawdziwe, jednakże Klementyna umartwiała się do tego stopnia, że został zachwiany cykl menstruacyjny. Jakub Edward próbował ratować żonę, mając nadzieję, że jego pojednanie z papieżem i powrót rodziny do Rzymu, co miało miejsce w kwietniu 1729 r., pozwolą Klementynie odzyskać równowagę psychiczną. Klementyna jednak pozostała w Bolonii jeszcze przez rok, mimo że nie poprawiło to jej stanu zdrowia.
Postępowanie żony miało niekorzystny wpływ na samego Jakuba Edwarda – nie dość, że kolejne zabiegi o uzyskanie poparcia ze strony władców europejskich kończyły się niepowodzeniem, to dochodziły do tego kłopoty w domu. Jakub Edward zachorował poważnie w październiku 1728 r. i w listopadzie następnego roku. Po tej ostatniej chorobie zdecydował, że będzie mieszkał z synami w Albano obok Rzymu. Klementyna pozostała natomiast w Rzymie w pałacu Muti. Decyzja była podyktowana również troską o synów – nawet ich wcześniej kontakty z Klementyną, choć bardzo ich kochała, szczególnie Karola, były trudne. W maju 1728 r. Karol, nieco ponad siedmioletni chłopiec, napisał wyjątkowo smutny list do ojca, w którym obiecał, że nie będzie skakał w pobliżu swojej matki, aby jej nie denerwować.
