Stolica Apostolska była pierwszym państwem, które utworzyło stałe przedstawicielstwo dyplomatyczne w Rzeczypospolitej (pierwszym nuncjuszem był Zaccaria Ferreri w latach 1519-1521), wyprzedzając tym samym inne kraje europejskie o ponad półtora wieku. Była to zresztą druga nuncjatura na świecie po weneckiej (1485), a przed wiedeńską (1530). Kontakty z Rzymem miały także dla Polaków specjalne znaczenie; dla większości z nich centrum świata znajdowało się w Rzymie, gdzie rezydował Namiestnik Chrystusowy, a przekładało się to i na stosunek do nuncjuszy. Zdawano sobie również sprawę, że każdy z nich mógł w przyszłości założyć pierścień Rybaka. W czasach panowania Jana III papieżami byli m. in.: Emilio Altieri jako Klemens X (1670-1676), który w latach 1622-1627 był audytorem nuncjatury warszawskiej oraz Antonio Pignatelli jako Innocenty XII (1691-1700) – nuncjusz w Polsce w latach 1660-1668.
A jednak w okresie panowania Jana III z żadnym z obcych dyplomatów nie dochodziło do tak gwałtownych i ostrych konfliktów, jak właśnie z nuncjuszami. W jakiejś części wynikało to z ich kompetencji. Występowali oni w podwójnej roli: jako przedstawiciele Państwa Kościelnego (tu właściwie nie różnili się niczym od innych dyplomatów) oraz jako reprezentanci Głowy Kościoła na ziemi z konkretnymi uprawnieniami w stosunku do Kościoła polskiego. A pamiętając o roli, jaką odgrywał wówczas w Rzeczypospolitej Kościół na wielu płaszczyznach, w tym politycznej, trzeba stwierdzić, że oznaczało to mniejszą lub większą ingerencję w wewnętrzne sprawy państwa. Rzecz szła m in. o sądowe uprawnienia nuncjusza i kurii rzymskiej, kwestie płacenia dziesięcin czy prawo obsady opactw. Za czasów Jana III nałożyły się na to ogólnoeuropejskie tendencje do większej niezależności kościołów narodowych od Rzymu. W Rzeczypospolitej istotny był zwłaszcza wpływ francuskiego gallikanizmu, który krzewiły dwie kolejne polskie królowe: Ludwika Maria i Maria Kazimiera. Tendencje te wyrażały się głównie w próbach odebrania nuncjuszom ich uprawnień i przyznania ich prymasom-arcybiskupom gnieźnieńskim, którzy nie dość, że byli głową polskiego Kościoła, to przecież także nosili tytuł legata urodzonego Stolicy Apostolskiej, a więc również byli jej oficjalnymi reprezentantami.
Dodatkowym czynnikiem sprzyjającym zaostrzeniu relacji była profrancuska i antyhabsburska polityka Jana III w pierwszych latach panowania. Do pierwszego starcia doszło już w lipcu 1675 r. gdy nuncjusz w Warszawie Francesco Buonvisi został nuncjuszem w Wiedniu. Wyjeżdżając z Polski, swoje uprawnienia sądowe przelał na mianowanego przez siebie internuncjusza, co spotkało się z bardzo ostrą reakcją prymasa Andrzeja Olszowskiego. Po jego stronie stanął Jan III, który zawiesił uprawnienia internuncjusza i przekazał je prymasowi, a ten rozpoczął rozpatrywanie spraw sądowych. W 1679 r. stosunki między obu państwami były tak złe, że Stolica Apostolska czyniła nawet trudności z wpuszczeniem na swoje terytorium posła polskiego do papieża – podkanclerzego lit. Michała Kazimierza Radziwiłła.
Wzajemne relacje poprawiły się nieco po zmianie kursu w polskiej polityce zagranicznej, zwłaszcza po utworzeniu Ligi Świętej, do czego Stolica Apostolska walnie się przyczyniła. Nie zapobiegło to jednak sporom trwającym właściwie przez większość panowania Sobieskiego o królewskie prawo do nominacji opatów, co było podważane i przez samych zakonników, i przez Rzym. U schyłku życia Jana III doszło do kolejnych konfliktów. Gdy w 1694 r. bp wileński Konstanty Kazimierz Brzostowski rzucił klątwę na hetmana wielkiego litewskiego Kazimierza Jana Sapiehę, prymas Michał Stefan kard. Radziejowski wykorzystał swe uprawnienia legata urodzonego i zawiesił anatemę, chociaż nuncjusz Andrea Santa Croce całym swoim autorytetem wsparł biskupa wileńskiego.
Santa Croce został odwołany w lutym 1696 r., jednak wyjeżdżając, ponownie doprowadził do konfliktu. Mianowicie swoje uprawnienia sądownicze przelał na audytora nuncjatury, który rozpoczął rozpatrywanie spraw. Rozzłoszczony Jan III oświadczył, że nie dopuści nawet do audiencji przyszłego nuncjusza, o ile Stolica Apostolska nie uzna jego prawa do mianowania opatów i zażądał zaprzestania działalności sądów nuncjatury. Na początku czerwca nuncjatura warszawska została otoczona wojskiem i nikomu nie pozwalano stanąć przed jej sądem. Rychła śmierć króla (17 VI) i wydarzenia polityczne bezkrólewia zepchnęły tę kwestię chwilowo na plan dalszy, jednak spory z nuncjuszami trwały jeszcze przez wiele dziesięcioleci.
