Szymon oddał głos na Stanisława Poniatowskiego, czym zyskał sobie jego wdzięczność i starostwa. Był pod wpływem starszego brata Józefa, niezwykle inteligentnego, a zarazem cynicznego karierowicza. Gdy nie otrzymał spodziewanych zaszczytów, związał się z Karolem Radziwiłłem „Panie Kochanku”. W czasie konfederacji barskiej rozpalił działania zbroje na Litwie. Wywołana przez niego ruchawka nie miała szans powodzenia, a klęska, jaką poniósł pod Wysoką Rudą, jedynie to potwierdziła. Kossakowski jednak się nie poddał, powrócił na plac boju i bił się nad wyraz dzielnie. Okrążony pod Starym Bychowem, zaatakował i rozbił Rosjan, a następnie ruszył w Połockie, a później w Podlaskie. Ten udany rajd przyniósł mu sławę i uznanie, jednak kiedy wyruszył do Małopolski został rozbity i zmuszony do ucieczki na Słowację.
Tułał się jeszcze po Europie, by powrócić do kraju dopiero w 1775 r. Wtedy natychmiast zadeklarował się jako zagorzały stronnik Rosji i pozostał wierny tej opcji do końca życia, co przyniosło wymierne efekty dla jego kariery. Wszedł do Rady Nieustającej, pomimo wyraźnej niechęci Stanisława Augusta. Prowadził w tym czasie hulaszczy tryb życia, a przekonawszy się o antyrosyjskich nastrojach Sejmu Wielkiego wyjechał do Rosji. Znalazł protekcję u Grigorija Potiomkina i w stopniu generalskim walczył z Turkami.
Kiedy do Jass przybyli malkontenci niezadowoleni z reformatorskiej działalności sejmu, Kossakowski przyłączył się do nich i stał się głównym inicjatorem zawiązania konfederacji targowickiej. Jako dowódca jednego z korpusów rosyjskich wkroczył na Litwę i nie wahał się stosować przemocy, by „zachęcić” do przystępowania do konfederacji. Przez następne miesiące wzmacniał separatyzm litewski, rozbijając unifikacyjne dzieło Sejmu Czteroletniego, prześladował przeciwników politycznych i dokonywał licznych rabunków oraz malwersacji. Za tę „patriotyczną” działalność otrzymał od króla w maju 1793 r. buławę wielką litewską.
Nowy hetman miał ciekawe pomysły obrony Litwy; zaproponował, by wcielić ją do Rosji. Na sejmie grodzieńskim poniósł porażkę i został nieco odsunięty przez ambasadora rosyjskiego. Przez cały ten czas pracował nad redukcją armii i obsadzaniem jej swymi klientami. Przekonany o swej bezkarności, nie przejął się wieściami o wybuchu insurekcji kościuszkowskiej. Dał się zaskoczyć przez powstańców i 25 IV 1794 r. wyrokiem Sądu Kryminalnego został skazany na śmierć; tegoż dnia ciało, które nosiło kontusz, mundur barski, strój turecki, kurtkę chłopską, wreszcie uniform generała rosyjskiego, zawisło w żółtym szlafroku na szubienicy wystawionej na wileńskim placu Ratuszowym. Ten niezwykle inteligentny, ale do gruntu zepsuty człowiek, był typem zagończyka, wcale nieczęstego w ówczesnej Polsce. Swymi haniebnymi czynami i wysługiwaniem się zaborcy zyskał hańbiące miano zdrajcy.
