Ówczesne szpitale to najczęściej tzw. xenodochia, czyli domy dla ubogich podróżnych i pielgrzymów, przytułki dla ubogich starców, żebraków, zakłady służące ubogim księżom emerytom lub też izby chorych istniejące przy gospodach czeladniczych oraz zakłady izolujące chorych na trąd, choroby zakaźne, skórne, weneryczne, umysłowe itd.
Około połowy XVI w. w Warszawie było czynnych 5 szpitali przytułków, około 1600 r. – już 10. Największymi wśród nich były szpital św. Ducha położony intra muros, przy ul. Piwnej, który powstał z inicjatywy księżnej mazowieckiej Anny Bolesławowej około 1442 r., oraz szpital św. Łazarza ufundowany przez Bractwo Miłosierdzia w 1591 r., mieszczący się początkowo w budynkach na Nowym Mieście, potem w domu przy ul. Mostowej (róg Brzozowej). W ciągu jednego roku przez każdy szpital przewijało się sporo ubogich. Czas ich pobytu był ograniczony, teoretycznie wynosił 40 dni. Rotacja spowodowana była także umieralnością pensjonariuszy, nasiloną zwłaszcza w miesiącach zimowych (od grudnia do marca). W dwóch największych warszawskich zakładach przebywało po kilkadziesiąt ubogich. W pozostałych placówkach przeważnie po kilka osób. Około 1550 r. wszystkie tutejsze instytucje charytatywne mieściły od 100 do 120 osób, na przełomie XVI i XVII w. – od 150 do 170, w połowie XVII w. zaś – blisko 200.
Z uwagi na znaczą liczbę ówczesnych biednych i chorych dostanie się do szpitala nie było łatwe. Zasadniczo w instytucjach tych miały przebywać osoby ubogie, niezdolne do pracy. Znaczące były jednak nie tylko stan zdrowia kandydatów, ale również ich postawa religijna oraz moralna, poparcie protektorów, a także dysponowanie odpowiednimi funduszami. Ułatwione przyjęcie mieli protegowani władz miejskich i duchowieństwa. Potencjalni pensjonariusze musieli często wnieść opłatę pieniężną zwaną wstępną lub wkupną o wartości od kilku do kilkudziesięciu florenów.
Większość warszawskich szpitali mieściła się w drewnianych budynkach. W drugiej połowie XVI i w XVII w. ważniejsze z nich przeniesiono do murowanych kamienic. Oprócz domu o charakterze mieszkalnym na kompleks zabudowy składały się kościół bądź kaplica szpitalna oraz różne zabudowania gospodarcze, np. stajnie, mielcuchy, drwalnie, łaźnie, spichrze, składy i magazyny przeznaczone na opał oraz żywność. W szpitalach przyklasztornych były jeszcze pomieszczenia dla zakonników lub zakonnic. Przytułki przeważnie miały układ jednotraktowy z siedzibą pośrodku. Ubodzy przebywali najczęściej w jednej, dwóch izbach, które na ogół były przepełnione i ciasne. Zalecano oddzielne pomieszczenia dla kobiet i mężczyzn, ale prawdopodobnie nakazów tych nie przestrzegano. Główna sala (stuba magna) mieściła ołtarz i piec grzewczy. Obok znajdowały się komórki sypialne zwane czasem lożami. Jeśli w przybytku istniały inne izby, zamieszkiwała je służba kościelna lub szpitalna albo były wynajmowane na rozmaite cele. Rzadko natomiast wydzielano osobne sale dla chorych (zwane infirmerią), w XVII stuleciu istniały one tylko w najbogatszych fundacjach warszawskich. W takich warunkach choroby łatwo się rozprzestrzeniały, a śmiertelność pensjonariuszy była znaczna. Mimo że w placówkach tych wykwalifikowana pomoc medyczna była konieczna, w XVI–XVII w. miała ona charakter dorywczy. Do okresowego przeglądu zdrowia pacjentów zatrudniano cyrulików, balwierzy lub felczerów. Czasem rezygnowano nawet z tych usług.
Ubodzy najczęściej sami musieli zapewnić sobie odzież. Czasami dostawali na zakup ubrań niewielkie kwoty pieniężne od administracji szpitala, otrzymywali płótno skonfiskowane „przeszkodnikom”, ofiarowane przez darczyńców. Drewno niezbędne w kuchni oraz do ogrzania wnętrz pochodziło z zakupów, dóbr szpitalnych bądź dostarczane było przez władze miejskie (w przypadku ubogich, podległych im instytucji). Gros wydatków szpitalnych pochłaniało wyżywienie pensjonariuszy. Jadłospis był mało urozmaicony, lecz niewiele gorszy od pożywienia zwykłego, ubogiego mieszkańca miasta w tym czasie. Składały się nań: chleb, mięso, różne kasze, kluski i jarzyny (głównie groch, kapusta świeża i kiszona, rzepa, marchew), w czasie postu ryby (głównie śledzie). Potrawy kraszone były słoniną, sadłem lub masłem, w poście – olejem lnianym. Oprócz wody pito przede wszystkim piwo o niskiej zawartości alkoholu. Nie wiadomo jednak, czy wszystkie zakupione produkty, które odnotowywano w rachunkach, trafiały na stół ubogich i czy ilość spożywanych przez nich racji była wystarczająca. Lepsze posiłki spożywano jedynie w okresie Bożego Narodzenia, Wielkanocy lub zapustów, fundowane były z jałmużn zamożnych mieszczan.
