Synagoga w Żółkwi to jedna z najpiękniejszych świątyń żydowskich na świecie. Obronny, w swej podstawowej formie renesansowy, gmach, wzbogacony barokowymi akcentami miał stanowić refugium dla tamtejszego kahału, gdyby Kozakom, Turkom czy Tatarom udało się przejść przez umocnienia miasta. Projektantem ortodoksyjnej bożnicy miał być wybitny architekt Piotr Beber, któremu Sobieski powierzył jej nowy kształt. Nie mamy na to bezpośredniego dowodu, ale podobieństwo rozwiązań i czas, kiedy budował w Żółkwi niemal wszystko, wskazują na warsztat wrocławianina.
Pierwsi Żydzi pojawili się w Żółkwi za czasów Stanisława Żółkiewskiego, który w 1600 zezwolił na osiedlenie w mieście, pozwolił na budowę łaźni rytualnej, browaru i rzezalni. Początkowo gmina starozakonna w Żółkwi dysponowała drewnianą świątynią w kwartale północnym, gdzie mieściła się dzielnica żydowska. Pierwszy budynek, wzniesiony specjalnie w tym celu, wystawiono w 1625, za zgodą świeżego właściciela dóbr Stanisława Daniłowicza, syna wojewody ruskiego Jana i Zofii z Żółkiewskich, po kądzieli wnuka hetmana Stanisława Żółkiewskiego. Po śmierci hetmana pod Cecorą miasto odziedziczył jego syn Jan (z małżeństwa z Reginą z Herburtów), jednak ranny w bitwie cecorskiej, zmarł wkrótce po powrocie z niewoli (1623), co oznaczało wygaśnięcie rodu hetmańskiego w linii męskiej. Posiadłości Żółkiewskich odziedziczyli Daniłowicze (za pośrednictwem córki hetmana Zofii, żony Jana; druga córka Katarzyna, wydana za Stanisława Koniecpolskiego, zmarła już w 1616), zaś po tragicznej śmierci ich syna Stanisława (1636), poprzez małżeństwo wnuczki hetmana, Teofili Daniłowiczówny, z Jakubem Sobieskim trafiły w ręce rodziny przyszłego króla Jana III. Drewniana bóżnica żółkiewska miała skromne założenie: sala modlitw dla mężczyzn, mieszcząca na ścianie wschodniej szafę ze zwojami Pisma Świętego (aron ha-kodesz), mównica (bimę), przedsionek oraz osobne pomieszczenie dla kobiet.
Po pożarze z końcem lat 30-tych, w 1635 Daniłowicz zezwolił na wystawienie gmachu murowanego. To jednak wymagało znacznych środków, których zgromadzenie w dobie wojen i zamarcia kresowego handlu wymagało czasu. Dzięki dotacji (6000 złp) nowego pana Żółkwi, Jana III, w latach 1692-1698 zbudowano wspaniałą synagogę. Na cześć władcy nazywana była przez Żydów „Di Sobieski-szul”. Przywilej królewski, zgoda na budowę, pochodzi z roku 1687, podpisali Jan III i królewicz Konstanty. „Pomienioną bóżnicę na temże miejscu nową z fundamentu taj jak im się będzie podobało murować i wystawić y one wewnątrz wedle zwyczaju ich ochędożyć. Na której murowanie y kamienia w górach [kamieniołomach] na gruncie naszym będących bronić nie będziemy, ani przeszkody żadnej w tej bożnicy onym samym y potomkom ich czynić nie pozwolemy […]”.
Ze względu na bezpośrednie sąsiedztwo świątyń chrześcijańskich bożnica została wzniesiona na podstawie zezwolenia arcybiskupa lwowskiego Jan Lipskiego w 1692. Dodatkowe warunki domagały się obronności gmachu i dobrania takiej wysokości, aby attyka nie była widoczna z rynku. Synagogę wzniesiono z kamienia, na planie kwadratu; grube ściany od wschodu i północy wsparto solidnymi przyporami. Dach ukryto za wysoką attyką o obronnym charakterze. Wzdłuż zachodniej attyki biegnie dekoracyjny grzebień z ażurowymi wieżyczkami w narożnikach. Od południa przylegał do sali głównej sklepiony babiniec. Fasadę zdobiły herby Sobieskich i Rzeczypospolitej (motywy te powtarzała wewnętrzna polichromia). Nad salą główną rozpięto dziewięciopolowe sklepienie wsparte na czterech kolumnach. Synagogę rozbudowano w XVIII w., uzupełniając zespół o skrzydło zachodnie (sień z trzema późnobarokowymi portalami). Po pożarze miasta w 1833 świątynię przywrócono do doskonałego stanu; stała się znaczącym ośrodkiem religijnym, oraz jedną z najważniejszych szkół studiów teologicznych.
Gminie żydowskiej król Jan III Sobieski zezwolił na prowadzenie pierwszej w kraju drukarni talmudycznej (1 XI 1690). Przywilej ten umożliwił również rozprowadzanie wydrukowanych w Żółkwi dzieł na terytorium całej Polski. Z żółkiewskiej gminy żydowskiej wywodziło się wielu, światowej sławy rabinów, uczonych, twórców kultury: filozof Natan Krochmal, uczony Aleksander Sender Schor, pisarz i doktor orientalistyki Majer Letteria, drukarz Uri Feibusha Halevi, krajoznawca galicyjski Elizer Fawir. Wiele twórczej uwagi poświęcił synagodze Jan Matejko.
W 1908 naprawiono w synagodze dach, a w latach międzywojennych przeprowadzono staranną renowację stiukowych ozdób. Pierwszego dnia okupacji Niemcy podpalili świątynię; później częściowo ją zburzyli, częściowo zamienili na magazyn. Przestała istnieć gmina żydowska; holokaust przeżyło jednie ok. 70 Żydów żółkiewskich. Z upadku synagoga nie podniosła się za Związku Sowieckiego. Część jej wprawdzie odbudowano w latach 1955-1956, ale fatalnie przeprowadzone prace doprowadziły do katastrofy budowlanej w 1992. Do dziś budynek straszy zaniedbaniem, ale kiedy przyjdzie dzień oddania jej po konserwacji (prace podjęto w 2000, ale przerwano z braku środków) znów stanie się tym czym powinna być zawsze – perłą renesansowej architektury w tej części Europy. Najlepszym dowodem, że świątynia budzi zachwyt jat fakt, że cztery jej wierne kopie służą wiernym w Izraelu, a jedna aż w Brazylii.
