Żółkiewskie budowle – pałac, ratusz, kolegiata rzymskokatolicka pw. św. Wawrzyńca, synagoga, kościół dominikanów pw. Wniebowzięcia Najświętszej Marii Panny (obecnie cerkiew grekokatolicka) – wraz z całym systemem obwarowań miejskich świadczą o potędze czterech rodów: Żółkiewskich, Daniłowiczów, Sobieskich i Radziwiłłów. Budowle te, a zwłaszcza kościoły będące mauzoleami rodowymi, są pomnikami chwały kolejnych właścicieli miasta. Tym kontekście najrzadziej wspomina się cerkiew grekokatolicką, posadowioną w głębi pomiędzy ratuszem a kolegiatą, i przesłoniętą bryłą tej ostatniej. Stanowi ona nieco zapomniany pomnik chwały króla Jana III i jego triumfu nad Turkami.
Już w 1612 roku kanclerz i hetman wielki koronny Stanisław Żółkiewski (1547-1620) wydał zgodę na wybudowanie w Żółkwi drewnianej cerkwi pod wezwaniem Narodzenia Chrystusa i erygował przy niej szkołę oraz szpital. Kolejni właściciele miasta, w tym kasztelanowa krakowska Zofia Teofila Sobieska (1607-1661) i jej syn Jan pozwalali ludności rusińskiej na gromadzenie materiałów do budowy nowej cerkwi. Trzeba dodać, że Sobiescy w ogóle sprzyjali grekokatolikom nadając im liczne przywileje oraz zakładając fundacje nie tylko w Żółkwi, ale i w nieodległym Lwowie, o czym świadczy m.in. donacja finansowa Jana Sobieskiego na ich rzecz z 1659 roku. Już jako król, w 1684 roku Jan III wydał przywilej na rzecz bractwa cerkiewnego w Żółkwi, umożliwiający mu zbieranie funduszy na budowę cerkwi murowanej.
Wydarzeniem przełomowym, które skutkowało podniesieniem roli Żółkwi jako ośrodka kultowego i pielgrzymkowego, była wyprawa mołdawska monarchy w 1686 roku. Po trudnej i wyniszczającej kampanii, wobec spalenia zapasów żywności w magazynach w Jassach, gdzie wojska polskie miały przezimować, król zdecydował o powrocie do kraju. Wraz z nim, w obawie przed zemstą hospodara Kantemira, wyjechał do Rzeczpospolitej stronnik Jana III, uczony metropolita mołdawski Dozyteusz (w życiu świeckim Dymitr Baryłowski lub Baryła). Król zgodził się na żądanie metropolity i pozwolił mu zabrać z Jass skarby, naczynia i szaty liturgiczne, archiwalia oraz najcenniejszą świętość – relikwie patrona Mołdawii, męczennika Jana Nowego. Wszystkie te przedmioty, pod opieką metropolity oraz towarzyszącego mu archimandryty suczawskiego Mikołaja i mnichów – Adriana, Jonasza i Hilariona, zdeponowane zostały w październiku tego samego roku w rezydencji króla w Stryju. Od tego czasu strona mołdawska, a w szczególności hospodar Konstanty Kantemir, zabiegała wielokrotnie o zwrot relikwii świętego, ale bezskutecznie. Król Jan III przewidywał bowiem, iż ciało męczennika, wsławionego siłą swej wiary i męczeńską śmiercią z rąk Turków, zostanie przewiezione do Żółkwi. Dodajmy, że w maju 1691 roku spłonęła niewykończona z zewnątrz ani od wewnątrz cerkiew miejska. Król postanowił jednak o natychmiastowej odbudowie świątyni i sprowadzeniu zakonu bazylianów. Mnisi, zgodnie z wolą monarchy mieli pełnić rolę nowych opiekunów relikwii św. Jana. Niektórzy jednak plan ten przypisują metropolicie lwowskiemu i stronnikowi króla Józefowi Szumlańskiemu, który wykorzystując konflikt z żółkiewskim popem Polikarpem Łozińskim postanowił osadzić w Żółkwi bazylianów z zamiarem szerzenia idei unii wśród lokalnej społeczności. Niezależnie od tego, w końcu 1691 roku odbyła się uroczysta introdukcja relikwii św. Jana Nowego do nieodbudowanej jeszcze w pełni cerkwi. Akt powitania ciała męczennika odbył się z wielką pompą: „w przytomności całej ziemi lwowskiej odprawił się (…) Najjaśniejszy Monarcha zalecił Jaśnie Wielmożnemu Józefowi Szumlańskiemu biskupowi lwowskiemu, aby powagą swoją ten akt potwierdził i zaszczycił. Za czym gdy wszelka gotowość stanęła wybrali się w drogę i nie bawiąc z wielką wspaniałością i ozdobą już do Królewskiego Majestatu przy asystencji wielu książąt i panów już stanu duchownego, tak zakonnych jako i świeckich, w przytomności Najprzewielebniejszego Metropolity Suczawskiego i z nim zakonników wspomnianych, już przy zgromadzeniu niezliczonych różnego stanu ludzi do Żółkwi ciało świętego męczennika wprowadzone”. Królem, jak widać, kierowała chęć osobistej identyfikacji ze świętym – symbolem walki z Turkami.
Poza przesłankami heroiczno-propagandowymi, królem Janem III powodowała myśl nadania monastyrowi żółkiewskiemu rangi ośrodka kultowego i miejsca, skąd promieniowałaby idea unii, skłaniając tym samym prawosławnych do konwersji wyznaniowej. Wraz ze sprowadzeniem relikwii do Żółkwi zaczęły ściągać rzesze pątników z terenów Mołdawii, Wołoszczyzny i Rusi. Ruch ten ulegał zapewne intensyfikacji wraz z rozpowszechnianiem się nowin o cudach uzyskanych za pośrednictwem świętego. W 1694 roku żółkiewski monastyr nawiedził ojciec królowej Marii Kazimiery, Henryk de la Grange d’Arquien wraz z synem Anną Ludwikiem hrabią de Maligny. Zakonnicy pokazali wówczas dostojnym gościom ciało świętego: „którym trumnę jego otwierano i twarz jego czarnokościstą prezentowano”. Wizyty ważnych osobistości, jak i liczba organizowanych świąt oraz odpustów budowały sławę sanktuarium. Pielgrzymi przybywający do świątyni zostawiali bazylianom znaczne sumy, co prowadziło do zwiększenia dochodów monastyru. Dzięki temu w krótkim czasie wystawiono murowaną cerkiew miejską i ustanowiono przy niej bractwo cerkiewne. W 1693 roku zmarł metropolita Dozyteusz. Król wyprawił z tej okazji wspaniałe uroczystości pogrzebowe, oddając w ten sposób cześć wybitnemu duchownemu oraz nakazał pochowanie jego ciała w cerkwi bazyliańskiej. Umiejscowienie pochówków ad sanctos, czyli w pobliżu relikwii świętego, podnosiło rangę świątyni, która zyskała funkcję nekropolii.
Cerkiew żółkiewska pozostająca przez cały czas w posiadaniu bazylianów oparła się niekorzystnym wydarzeniom z początku XVIII wieku, gdy zmalało znaczenie rodu Sobieskich po śmierci króla Jana III, a nasiliły się żądania hospodara mołdawskiego o zwrot relikwii. Potwierdzeniem pozycji sanktuarium w propagowaniu kultu św. Jana Nowego był przywilej królewicza Konstantego Sobieskiego z 20 lutego 1726 roku, w którym zalecał zakonnikom regularne odprawianie służby Bożej przed relikwiami świętego. Po 1740 roku, kiedy właścicielami Żółkwi stali się Radziwiłłowie, do rozsławienia kultu świętego Jana Nowego przyczyniły się wieści o licznych uzdrowieniach, jakich dostąpili wysoko urodzeni za wstawiennictwem męczennika. Kronika klasztoru żółkiewskiego odnotowała m.in. uleczenie Marii Karoliny z Sobieskich księżnej de Bouillon (1697-1740) z palpitacji serca w 1739 roku, kasztelanki oświęcimskiej Walerii z Szembeków Branickiej (1712-178) w 1750 roku, wreszcie wojewody wileńskiego i hetmana wielkiego litewskiego Michała Kazimierza Radziwiłła „Rybeńko” (1702-1762), który w 1750 roku „uczuwszy ból w gębie, to jest w lewej szczęce na dole, a chorując na ten ból nie mało nie dwa miesiące, a potem gdy ślinogorz przez cały miesiąc go trapiła i gorączka wielka wzmogła się, krew z nogi puszczono w niebezpieczeństwie życia został. […] w tym ofiarował się do Sługi Bożego Jana Suczawskiego w klasztorze OO. Bazylianów, a kazawszy przynieść tuwalię, która twarz świętego okryła, jak i prędko twarz obwiązał […] i do pierwszego zdrowia przyszedłszy, ten cud świętemu Janowi Męczennikowi, wychwalając Imię Pańskie pod przysięgą przyznał”. Być może to cudowne uzdrowienie sprawiło, że w 1753 roku książę podjął decyzję o podniesieniu klasztoru żółkiewskiego do rangi archimandrii, to jest ośrodka zwierzchniego względem klasztorów bazyliańskich na terenie eparchii przemyskiej. Poza tym zakonnicy, wdzięczni za ekspediowane przez księcia fundusze na rzecz świątyni oraz jego protekcję, odprawiali za swego dobrodzieja liczne nabożeństwa przed relikwiami świętego.
Wraz z upadkiem Żółkwi jako ośrodka miejskiego pod rządami książąt Radziwiłłów i ogólnym kryzysem państwowości polskiej w 1769 roku, Mołdawianie wysłali specjalną petycję do carycy Katarzyny II z prośbą o zwrot relikwii. Ich wysiłki po raz kolejny spełzły na niczym. Dopiero w 1783 roku, kiedy Żółkiew już od dekady znajdowała się granicach Galicji w ramach monarchii habsburskiej, pojawiły się widoki na przełom w sprawie. Cesarz Józef II, chcąc podnieść znaczenie dawnej Mołdawii (Bukowiny), jako jednej z prowincji jego władztwa, pozytywnie ustosunkował się do prośby biskupa Radowiec Dozyteusza Herescu (ok. 1710-1789) i nakazał zwrot relikwii św. Jana Nowego do Jass. Dnia 28 czerwca 1783 roku o północy cesarski komisarz rządowy polecił żołnierzom wynieść relikwie z klasztoru bazylianów w Żółkwi i przewieźć je specjalnie przygotowanym wozem do Suczawy.
Bez cudownych relikwii klasztor stracił swoje znaczenie jako ośrodek kultu: „gdy rano piechota ustąpiła, zaraz się po mieście i wsiach wieść rozniosła, że Mołdawianie św. Jana męczennika już wzięli. W całym mieście Żółkwi była żałoba, lament i płacz za świętym Janem Soczawskim Męczennikiem. Płakali nie tylko chrześcijanie, ale nawet Żydowie, bo od tego czasu ustały liczne odpusty i dochody”. W 1784 roku z misją do Wiednia wyruszył bazylianin ojciec Hieronim (Eliasz) Strzelecki (1732/1733-1804), który prosił – w imieniu swoim i papieża Piusa VI – o darowanie relikwii św. Parteniusza (rzymskiego legionisty, który poniósł męczeńską śmierć w 250 r. n.e.), spoczywających w klasztorze klarysek. We wrześniu tegoż roku, z polecenia cesarza Józefa II, arcybiskup Wiednia Christoph Anthon Graf von Migazzi (1704-1813) przekazał relikwie wraz ze świadectwem ich autentyczności do Żółkwi. Cesarska zgoda miała poważny wydźwięk symboliczny. Święty Parteniusz uznawany był za niebiańskiego opiekuna stolicy Cesarstwa, a tradycja przypisywała mu interwencję w czasie oblężenia Wiednia przez Turków w 1683 roku. Umieszczenie szczątków męczennika w Żółkwi – kojarzonej z osobą zwycięzcy i pogromcy nieprzyjaciół wiary – Jana III Sobieskiego, pozwoliło cesarzowi Józefowi na utożsamienie się z polskim monarchą oraz ogłoszenie się przywódcą krucjaty antytureckiej. Decyzja ta dla klasztoru, poza przywróceniem mu statusu miejsca pielgrzymkowego, była bardzo korzystna, bowiem oznaczała oddalenie groźby kasaty.
W dawnej literaturze rumuńskiej Jan III oskarżany był o zabór narodowych świętości, z których najcenniejszymi były relikwie św. Jana Nowego. Wywiezienie ciała męczennika wraz z dokumentami, paramentami i skarbami katedralnymi pod opieką Dozyteusza, umożliwiło królowi ingerencję w stosunki wyznaniowe hospodarstwa. Na drugim biegunie pozostaje jednak kwestia kulturotwórcza wyrażająca się w utworzeniu ośrodka kultowego w Żółkwi. Żywo zainteresowany szerzeniem unii, król finansował działalność misyjną bazylianów umieszczonych nie tylko w jego rodowej siedzibie, ale także w Krechowie. Mnisi z kolei odwdzięczali się swemu fundatorowi wierną pamięcią i modłami w intencji zbawienia całej rodziny Sobieskich. Rejestr nabożeństw żółkiewskich z lat 1786-1801 pokazuje, że obowiązek ten wypełniany był bez zaniedbań. Innym, bardziej materialnym śladem owej pamięci było umieszczenie kamiennego portalu zwieńczonego herbem Janina, pochodzącego z dawnej cerkwi, w jednym z bocznych wejść do świątyni już po jej przebudowie w stylu bizantyńsko-ruskim w połowie XIX wieku.
