Rozwój stylu monodycznego i wzrost dramatyzmu wpłynął na ukształtowanie się instrumentów barokowych. Musiały charakteryzować się one dużymi możliwościami dynamicznymi, szeroką skalą oraz śpiewnością, by podkreślić wyraz muzyki i sprostać stawianym im wymaganiom.
Duże znaczenie odgrywały w baroku instrumenty realizujące basso continuo (podstawę basową, tzw. bas cyfrowany). Najczęściej były nimi organy lub klawesyn, czasami lutnia bądź portatyw. Organy w okresie baroku zostały ulepszone poprzez udoskonalenie techniczne i dodanie nowych rejestrów. Realizowały one basso continuo w kościołach. Poza jego murami wykonywał je klawesyn (instrument klawiszowy o charakterystycznym brzmieniu i krótkich dźwiękach otrzymywanych dzięki szarpaniu strun przez tzw. piórko). Grupę instrumentów dętych drewnianych reprezentowały flety o różnych wielkościach, oboje w wielu odmianach i różnych strojach, a także fagoty, które zostały udoskonalone o system klap.
Wśród dętych blaszanych najpowszechniejsze były trąbki. Instrumenty te nie posiadały wentyli (były instrumentami naturalnymi), co ograniczało ich możliwości wydobycia dźwięków. Trąbka principale wydobywała od 3 do 10 dźwięków, natomiast trąbka clarino od 6 do 20 dźwięków, co dawało jej większe możliwości wykonawcze. Z grupy trąbek wyodrębnił się puzon, zaś nowością wśród instrumentów blaszanych była waltornia, która wykształciła się z rogu myśliwskiego. Na początku baroku wśród instrumentów smyczkowych powszechne były rodziny viol (viola da gamba, viola da braccio). Z biegiem czasu wykształciły się jednak nowe instrumenty: skrzypce, altówki i wiolonczele.
Rozwój skrzypiec wiązał się z konkretnymi ośrodkami (zwłaszcza włoskimi): Brescią, Neapolem, Mediolanem i Cremoną. Ten ostatni jest szczególnie ważny ze względu na działalność rodziny Amatich, która wykształciła najsłynniejszego lutnika – Antonio Stradivariego. Do czasów dzisiejszych zachowało się około 500-600 jego instrumentów, a najstarszy z nich pochodzi z 1666 roku.
W barokowej orkiestrze instrumenty smyczkowe były podstawą ze względu na duże możliwości techniczne i szeroką skalę. Widoczny podział na grupy instrumentów spajał ją w całość brzmieniową. Powszechne było zdwajanie melodii basu przez niektóre instrumenty smyczkowe i dęte, co świadczyło jeszcze o braku samodzielności poszczególnych instrumentów. W epoce baroku nie było funkcji dyrygenta. Pełnił ją w pewnym stopniu muzyk grający na skrzypcach. Nie było to jednak przeszkodą w zachowaniu precyzji wykonawczej.
Rozwój instrumentów muzycznych oraz ich ciągłe udoskonalanie doprowadzają do przewagi muzyki instrumentalnej nad wokalną, a w konsekwencji do powstania nowych form muzyki instrumentalnej: concerto grosso, sonaty oraz suity.
