Najważniejsza świątynia Gdańska, kościół Wniebowzięcia NMP, od 1572 roku znajdowała się w rękach protestantów. W chwili koronacji Jana III katolicy nie mieli żadnej świątyni w mieście. Wobec oporu Rady Miejskiej w kwestii zwrócenia świątyni, monarcha postanowił wybudować dla katolików nowy kościół. Do sumy zapisanej przez prymasa Andrzeja Olszowskiego w testamencie z przeznaczeniem na budowę kościoła (80 tysięcy) król dołożył 20 tysięcy, co wystarczyło na zbudowanie okazałej kaplicy. Jej pierwszym proboszczem był królewski historiograf, Joachim Pastorius, który 21 lipca 1678 położył kamień węgielny. Budowę ukończono 10 maja 1681 roku, kaplicę konsekrował zaś 13 stycznia 1683 roku biskup Bonawentura Madaliński.