Najstarsze informacje o rycerskim rodzie Karnkowskich herbu Junosza, wywodzącym się z Karnkowa leżącego na ziemi dobrzyńskiej, pochodzą z 1271 r. i dotyczą udziału kasztelana Mikołaja z Karnkowa i jego brata Bodzanty w wyprawie wojennej na Śląsk pod wodzą książąt mazowieckich Konrada i Bolesława. Stale powtarzające się informacje o członkach tej rodziny szlacheckiej pojawiają się jednak dopiero blisko stulecie później, w końcu XIV w. Wiadomo, iż Stanisław, syn ziemianina z Karnkowa, został odnotowany w 1400 r. na Uniwersytecie Jagiellońskim w Krakowie jako kleryk diecezji płockiej. Później był on tam pisarzem publicznym (1404–1427).
Najwybitniejszym z Karnkowskich żyjących w drugiej połowie XV w. był Jan „Polak” (1428–1503), syn Jana z Druszny i Karnkowa. W czasie swojej młodzieńczej edukacji podróżował po Niemczech, gdzie zaciągnął się do armii cesarskiej. W kraju kontynuował karierę wojskową, zostając rotmistrzem obrony potocznej, a następnie dowódcą polskich wojsk zaciężnych. Jego spore znaczenie polityczne odzwierciedla fakt piastowania wielu urzędów ziemskich i grodzkich: skarbnika inowrocławskiego, starosty generalnego Księstwa Głogowskiego (1491), kasztelana lędzkiego (1499), burgrabiego krakowskiego (1500) i wreszcie kasztelana gnieźnieńskiego (1502). Ta ostatnia godność była zwieńczeniem jego kariery, którą w znacznej mierze umożliwiła protekcja króla Jana Olbrachta. Karnkowski uczestniczył w wyprawach Kazimierza Jagiellończyka i Jana Olbrachta przeciwko Wołoszczyźnie (1485) i Moskwie (1500) oraz do Mołdawii (1497). Za swoje liczne zasługi dla korony otrzymał wraz z braćmi – Janem z Gnojna i chorążym halickim oraz podstolim lwowskim Mikołajem z Meduchy – dobra położone w ziemi dobrzyńskiej, ziemi płockiej i Wielkopolsce (zamek Koło wraz z przyległościami). W 1501 r. otrzymał dochody z ceł wodnych w Bobrownikach i Dobrzyniu. Liczne nadania królewskie powiększały dobra i wzmacniały pozycję rodziny Karnkowskich.
Także w XVI w. przedstawiciele rodziny Karnkowskich robili kariery na dworze królewskim i posiadali rozległe dobra, m.in. na Rusi. Jan Karnkowski (1472–1537), syn Mikołaja z Meduchy, kształcił się u samego Filipa Kallimacha. Później był żakiem na Akademii Krakowskiej (1489–1491). Po śmierci ojca zaopiekował się nim stryj Jan „Polak”. Od 1494 r. przebywał na dworze Jana Olbrachta, był poborcą ceł na dolnej Wiśle i wierzycielem królów polskich. Szybko awansował też w hierarchii urzędniczej, zostając pisarzem kancelarii królewskiej (1497–1501) i sekretarzem królewskim (od 1506). Jako dworzanin blisko związany z Zygmuntem I Starym robił też błyskawiczną karierę kościelną, zdobywając godności i związane z nimi beneficja (kanonik krakowski, prepozyt skalbmierski, scholastyk sandomierski i poznański, kanonik kapituły św. Jerzego na Wawelu, kanonik płocki i gnieźnieński). Ostatecznie w 1527 r. został biskupem przemyskim, a w 1531 r. włocławskim. W jego działalności ujawniła się skrajna postawa kontrreformacyjna, chociaż nie wierzył w możliwość powstrzymania rozwoju nowych wyznań protestanckich na Pomorzu. Większość czasu spędzał w Krakowie. W 1528 r. wszedł w skład rady królewskiej i walnie przyczynił się do elekcji Zygmunta Augusta na króla (1529/1530). W katedrze włocławskiej wystawiono mu okazały renesansowy nagrobek (zmarł w Raciążu, w 1537 r.). W ślady stryja poszedł Stanisław, który osiągnął najwyższe laury kościelne i publiczne, zostając polskim prymasem (zm. 1603).
Reprezentanci kolejnych pokoleń rodziny Karnkowskich, z drobnymi wyjątkami, nie mogli już jednak poszczycić się tak znakomitymi dokonaniami jak ich antenaci, a znaczenie rodu stopniowo malało i ograniczało się do dóbr i urzędów w ziemi dobrzyńskiej, o czym świadczą epitafia i płyty nagrobne znajdujące się w kościele karnkowskim.
Bratem biskupa Jana był Tadeusz, dzierżawca dóbr w województwie poznańskim oraz właściciel Karnkowa w latach 1509–1545, którego matką była Fenna Dorota z Korytków herbu Jelita. Powrócił on z Rusi w rodzinne strony i ożenił się z Elżbietą Olszewską herbu Lis z Kanigowa. Z ich synami (Stanisławem, Janem i Piotrem) ściśle splata się historia dobrzyńskiej linii rodziny i kościoła w Karnkowie. Piotr Karnkowski (zm. 1604) był podkomorzym płockim (1582) i starostą bobrownickim (1585). Ożenił się z Anną Moszczeńską herbu Nałęcz. Karierę zrobił jeszcze ich syn Jan Stanisław Karnkowski (zm. ok. 1647), który objął urzędy podkomorzego (1608), a następnie wojewody płockiego (1618). Poszedł on w ślady swego stryja, arcybiskupa Stanisława, i ok. 1595 r. studiował w Padwie. Był posłem na sejmy z województwa płockiego i mazowieckim posesjonatem. Jan Karnkowski (zm. 1617), brat arcybiskupa Stanisława, pełnił urzędy kasztelana lędzkiego (1602) i starosty łęczyckiego (1588). Z dwóch małżeństw pozostawił liczne potomstwo, w sumie jedenaścioro dzieci. Z powodzeniem kultywował tradycje przodków, a o świetności rodziny przypominało epitafium, gdzie ukazano go jako dumnego sarmatę w narodowym stroju szlacheckim wraz z drugą jego małżonką.
Na szersze wody wypłynął również podkomorzy i kasztelan dobrzyński Stanisław (1566–1646), syn Jana i dziedzic Karnkowa. Podróżował i studiował w młodości w obcych krajach. Po powrocie do Polski brał udział w wyprawach Zygmunta III Wazy na Moskwę i do Inflant. Posłował też na sejm z województwa poznańskiego, a także był deputatem na Trybunał Koronny. Ufundował dla kościoła w Karnkowie jeden z trzech dzwonów. Syn Stanisława, także Stanisław i kasztelan dobrzyński, nie pozostawił męskich potomków. Po jego śmierci Karnkowo przeszło w posiadanie jego zięciów i ich spadkobierców. W 1688 r. kasztelan zakroczymski i wyszogrodzki Adam Karnkowski odkupił od nich rodowe gniazdo. Wywodził się on z bocznej linii rodziny, od Piotra, najmłodszego brata biskupa Stanisława. Z dwóch małżeństw pozostawił liczne potomstwo, zapewniając dalszą egzystencję rodu.
Dziedzicem Karnkowa po śmierci Adama (1724 r.) został jeden z jego synów Stanisław Florian (1695–1736), którego żoną była kasztelanka płocka Wiktoria Niszczycka (zm. 1749). Mieli sześciu synów i dwie córki. W 1752 r. nastąpił podział dóbr rodowych. Spośród sześciu synów Stanisława Floriana, Piotr Paweł Karnkowski (1732–1788) odziedziczył Karnkowo i Chlebowo. Ze swoją żoną Salomeą z Nakwaskich miał trzech synów: Wincentego, Franciszka i Józefa, oraz pięć córek. Piotr Paweł Karnkowski, właściciel Karnkowa w latach 1752–1788, zapisał się w historii miejscowości i parafii jako kolator, który rozbudował i upiększył miejscowy kościół. Wiadomo, iż w tym czasie (1779 r.) parafia liczyła około tysiąc osób. Jako patron kościoła zasłynął jednak również z częstych sporów z proboszczami. Do największych jego zasług dla lokalnej społeczności należała z pewnością gruntowna przebudowa świątyni parafialnej. Dzięki jego mecenatowi kościół zyskał nową formę architektoniczną, widoczną do dnia dzisiejszego, i został bogato wyposażony. Dziedzicem Karnkowa po śmierci Piotra został jego syn Franciszek Dominik Karnkowski (1771–1847), sędzia pokoju powiatu lipnowskiego, którego życie przypada na kres istnienia I Rzeczypospolitej oraz początek XIX w., kiedy to Karnkowo, razem z całą ziemią dobrzyńską, zostało włączone najpierw do zaboru pruskiego, a po korekcie granic – rosyjskiego.
