Według lokalnej tradycji i przekazu źródeł historycznych fundatorem obecnego kościoła parafialnego w Karnkowie, niewielkiej miejscowości leżącej na historycznej ziemi dobrzyńskiej (między Lipnem a Skępem), jest arcybiskup Stanisław Karnkowski (1520–1603). Urodził się on w tej miejscowości, lecz wychowywał się już w Krakowie. Kształcił się później m.in. we Włoszech. W 1568 r. został biskupem kujawskim. Jako znawca spraw pomorskich objął też wkrótce stanowisko komisarza królewskiego ds. polityki morskiej oraz statusu Gdańska, kończąc tę misję sporym sukcesem i wzmocnieniem władzy królewskiej na tych terenach. Kilkanaście lat później osiągnął absolutne szczyty kariery kościelnej, obejmując urząd arcybiskupa gnieźnieńskiego (ingres odbył się w 1583 r.).
Bywanie w wielkim świecie i zajmowanie się najważniejszymi sprawami państwa i Kościoła zepchnęło na dalszy plan związki arcybiskupa z gniazdem rodowym. Nie zapomniał o nim jednak całkowicie, ufundował tam okazały, jak na prowincjonalne warunki, kościół pw. św. Jadwigi. Wiadomo, że murowana świątynia wzniesiona w stylu renesansowym nie jest pierwszą na tym miejscu. Wcześniej istniał tam kościół drewniany, który został przeniesiony do osady Podgórz (dziś dzielnica Torunia w kujawskiej części miasta). Skądinąd wiadomo także, że w końcu XVI w. wzniesiono tam drewniany kościół parafialny św. Anny. Intencją mieszczan Podgórza była naprawa dawnego kościoła z Karnkowa, który zastąpił stary kościół w Podgórzu często niszczony przez wylewy wód Wisły. Dlatego zaprzestano remontów tego kościoła, a nowy (przeniesiony z Karnkowa) usytuowano w korzystniejszym położeniu. Według lustracji z 1783 r. był on już poważnie zaniedbany i wymagał remontu (wtedy funkcjonował już murowany, obecny kościół parafialny Bernardynów), a ostatecznie w 1813 r. uległ spaleniu.
Mecenat nad kulturą i sztuką zajmował w działalności Stanisława Karnkowskiego ważne miejsce. Trzeba pamiętać o tym, iż obok uczestnictwa w życiu politycznym – prace w komisji ds. zatargu z Gdańskiem, udział w przygotowaniu aktu konfederacji warszawskiej z 1573 r., rozwijanie polskiej floty i handlu morskiego, zaangażowanie w kwestię trzech pierwszych wolnych elekcji króla czy pełnienie funkcji interreksa – i kościelnym – gorliwe wprowadzanie w życie uchwał soboru trydenckiego, przeprowadzanie licznych synodów diecezjalnych, walka z innowiercami, przygotowanie i opublikowanie rytuału rzymskiego i obszernego katechizmu katolickiego, nakłonienie Jakuba Wujka do opracowania katolickiego przekładu Biblii, fundacja seminariów duchownych we Włocławku i Gnieźnie – Stanisław Karnkowski gorąco popierał wszelkie inicjatywy kulturalne. Sam był autorem wielu traktatów politycznych i prowadził ożywioną korespondencję z wieloma osobistościami w kraju i za granicą. W czasie 35 lat sprawowania urzędu biskupiego (1568–1603) fundował kościoły i kolegia jezuickie (np. w Kaliszu) oraz przebudowywał rezydencje biskupie.
Kronika parafialna z Karnkowa informuje, że erygowanie nowego kościoła nastąpiło, gdy Karnkowski był biskupem „włocławsko-pomorskim”, oraz że drewniana świątynia przeniesiona do Podgórza nie była pierwszą w Karnkowie. Jest to bardzo prawdopodobne, gdyż miejscowość ta przynajmniej od XIII w. była siedzibą rycerstwa. Od samego początku patronką kościoła była św. Jadwiga Śląska. Powstanie obecnej świątyni kronika parafialna datuje na rok 1576 i wiąże z podróżą króla Stefana Batorego do Gdańska lub na rok 1577 – przy okazji wyjazdu tego monarchy na sejm do Torunia lub zjazd senatu we Włocławku. Fakty te łączą się z ciekawą legendą, wedle której król miał wyrzucać biskupowi, że toleruje zaledwie drewniany kościółek w swoich dobrach rodowych, na co Stanisław Karnkowski odpowiedział zaproszeniem na konsekrację nowej świątyni za siedem tygodni. Ta historia była później często przytaczana w różnych opracowaniach dotyczących Karnkowa. Za najstarszą jej redakcję należy uznać heraldyczną relację Bartosza Paprockiego. Sugerowałoby to, że wyżej opisane wydarzenia miały miejsce przed 1581 r., gdyż wtedy Stanisław Karnkowski został metropolitą gnieźnieńskim. W herbarzu Szymona Okolskiego Orbis Polonus jako datę fundacji podano 1584 r. Ze względu na małe rozmiary kościół uznawano czasem za kaplicę dworską, sądząc, że świątynia ta mogła być oratorium zbudowanym tylko do użytku rodziny Karnkowskich. Na podstawie najstarszych dokumentów kościelnych z wizytacji biskupich nie sposób precyzyjnie rozstrzygnąć kwestii czasu powstania kościoła. Akta diecezji płockiej, do której Karnkowo należało do 1922 r., z 1597 r. stwierdzają, iż kościół był już wtedy konsekrowany. Z kolei prawie o sto lat późniejszy dokument (1693) przynosi jedynie potwierdzenie wzniesienia kościoła przez arcybiskupa Stanisława. Kolejna wizytacja dokonana w 1710 r. podawała, iż patronką świątyni jest św. Jadwiga Śląska. Akta z 1775 r. mówiły, że kościół wystawił i konsekrował Stanisław Karnkowski, arcybiskup gnieźnieński. Ostatnie zachowane akta wizytacji z 1817 r. podają dokładną datę erygowania kościoła. Miał tego dokonać Stanisław Karnkowski w 1584 r. Pojawia się tam też informacja o wcześniejszym drewnianym kościele oraz legendzie siedmiotygodniowej budowy. Księgi parafialne Karnkowa zawierają wzmiankę o wystawieniu świątyni w 1584 r. i jego ponownej konsekracji w 1816 r.
Rozstrzygnięcie kwestii daty budowy świątyni karnkowskiej, a przynajmniej jej początku, powinno wypaść na korzyść 1584 r. W takim wypadku zakończenie prac przypadłoby już po śmierci arcybiskupa. Uznanie za początek budowy roku 1584 nie przeczy historii o obietnicy biskupa Karnkowskiego danej królowi, gdyż Stefan Batory panował do 1586 r. Nie można również wykluczyć, że sytuacja ta miała miejsce w 1576 lub 1577 r., a do budowy przystąpiono kilka lat później. Wzmiankę o wzniesieniu świątyni zaledwie w siedem tygodni traktować należy jedynie jako legendę. Być może mit ten służył do budowania hagiograficznego wizerunku arcybiskupa Stanisława. Tym bardziej że kościół powstawał etapami, a jego rozbudowa do dzisiejszej postaci miała miejsce dopiero w drugiej połowie XVIII w.
W 1603 r. (rok śmierci biskupa Stanisława) świątynia otrzymała na mocy jego testamentu szaty i paramenty liturgiczne. Można więc domyślać się, że była to zwykła prowincjonalna świątynia, a w dodatku w sercu swego fundatora zajmowała o wiele mniej miejsca niż Kalisz czy Gniezno. W tym czasie kościół parafialny służył też jako kaplica familii Karnkowskich i mauzoleum rodzinne, o czym świadczyły jeszcze do niedawna tablice epitafijne w krypcie oraz w kościele.
Akta wizytacji z 1609 r. podają informację, że miejscowy proboszcz był uposażony na czterech łanach gruntów, a do parafii należało kilka okolicznych miejscowości. W tym czasie rezydowało tam przynajmniej dwóch księży: proboszcz i altarysta. Z treści dokumentu z 1597 r. wynika, że wyposażenie kościoła, a przynajmniej ołtarze, ufundował brat biskupa Stanisława, Jan Karnkowski, ówczesny właściciel Karnkowa. Do czasu swojej śmierci w 1617 r. sprawował on zapewne opiekę nad kościołem. Nie posiadamy bliższych wiadomości o losach kościoła w burzliwym i pełnym wojen XVII w. Dopiero w 1761 r. dobudowano zakrystię, kaplice boczne, barokowe szczyty i wieżę.
