Jan Sobieski nie cieszył się sympatią społeczeństwa szlacheckiego, gdy obejmował buławę polną w 1666 r. – powszechnie uważano wtedy, że urząd ten został bezprawnie odebrany popularnemu Jerzemu Lubomirskiemu, przywódcy rokoszu przeciw królowi. Czas pierwszych doświadczeń Sobieskiego w dowodzeniu armią przypadł na niezbyt szczęśliwą dla niego wojnę domową z rokoszaninem. Kiedy już wydawało się, że oskarżany o nieudolne dowodzenie w bitwie pod Mątwami i znienawidzony przez szlachtę Sobieski wyemigruje do Francji, wydarzyło się coś, co wyniosło go na szczyty sławy i być może nawet pomogło zdobyć tron o pięć lat wcześniej. Mowa o kampanii podhajeckiej w 1667 r., kiedy armia koronna dowodzona przez świeżo mianowanego hetmana polnego starła się z przeciwnikiem, z którym przez następne lata przyszło jej się mierzyć i w polu, i przy stole rokowań – z Kozakami wspieranymi przez Tatarów.
W chwili kiedy Sobieski obejmował buławę, sytuacja na Ukrainie była bardzo skomplikowana. Już w 1660 r. doszło do jej podziału wzdłuż Dniepru. Lewy brzeg uznawał władzę cara, prawy pozostawał pod kontrolą – bardziej iluzoryczną niż rzeczywistą – Rzeczypospolitej. Hetmani prawobrzeżnej Ukrainy: Jerzy Chmielnicki, Paweł Tetera, Piotr Doroszenko, dążyli do zjednoczenia kraju i – idąc w ślady Bohdana Chmielnickiego – chcieli zbudować silne państwo kozackie. Zmęczone długoletnim konfliktem Rosja i państwo polsko-litewskie, dodatkowo zmagające się z kryzysami wewnętrznymi, nie były w stanie skorzystać na tym zamieszaniu i osłabieniu Ukrainy. Sprzyjało to tamtejszym hetmanom, którzy stopniowo uniezależniali się od Korony, mając oparcie w chanacie krymskim starającym się przy okazji podporządkować sobie słabnącą Kozaczyznę. Było to tym łatwiejsze, że od początku 1661 r. polska obecność wojskowa na Ukrainie była pozorna. W stosunkach z Rzeczpospolitą przywódcy kozaccy starali się przywrócić unię hadziacką zawartą w 1658 r. przez ówczesnego hetmana Iwana Wyhowskiego, która gwarantowała Kozaczyźnie (teraz już Wielkiemu Księstwu Ruskiemu) status równy Litwie i Koronie. Społeczeństwo szlacheckie dalekie było od zgody na taką zmianę i choć nadal liczyło się z siłą wojska zaporoskiego, dążyło przede wszystkim do ograniczenia jego praw i powrotu do swoich dóbr na Ukrainie. To zaś nie mogło się podobać Kozakom. Porozumienie utrudniał również konflikt religijny prawosławia popieranego przez wojsko zaporoskie z unią brzeską, za którą stali król i polski episkopat wspierany przez Stolicę Apostolską. Nic więc dziwnego, że kiedy w 1663 r. na Ukrainę powróciła armia koronna, zmierzając na ostatnią już wyprawę przeciwko Rosji, dość szybko po jej przejściu wybuchło kolejne powstanie kozackie. W latach 1664–1665 krwawo tłumił je bohater z lat potopu Stefan Czarniecki i przywrócił na krótko władzę polską nad Ukrainą Prawobrzeżną. W tym samym czasie Zadnieprze dostało się pod władzę cara, którą na miejscu reprezentował wybrany w 1663 r. na hetmana tamtejszych Kozaków Iwan Brzuchowiecki. Tym samym pojawiły się dwa konkurencyjne ośrodki władzy kozackiej, skutecznie ułatwiając rozbiór Ukrainy dokonany między Polską a Rosją w 1667 r.
W 1665 r. wobec zaostrzającej się walki z wewnętrzną opozycją, na czele której stanął Jerzy Lubomirski, król Jan Kazimierz wycofał z prawobrzeżnej Ukrainy wojsko koronne, chcąc je zaangażować do walki z rokoszaninem. Wraz z polskimi chorągwiami ziemie te opuścił propolsko nastawiony hetman Paweł Tetera. Buławę i władzę przejął po nim ambitny i utalentowany Piotr Doroszenko, bliski współpracownik wszystkich hetmanów, począwszy od Bohdana Chmielnickiego. Podjął on walkę o zjednoczenie Ukrainy i budowę państwa kozackiego. Ponieważ nie mógł liczyć ani na Rosję, ani na Rzeczpospolitą, które właśnie bez udziału Kozaków decydowały o losach tych ziem, zwrócił się w stronę Tatarów. W 1667 r., kiedy po zakończonym już rokoszu armia koronna pod komendą Sobieskiego wróciła na Ukrainę, Doroszenko rozpoczął działania wojenne wspierany przez chana krymskiego. Wtedy jednak nowy hetman polny Jan Sobieski udowodnił, że w pełni zasłużył na urząd. Dysponując skromnymi środkami i słabszymi od przeciwnika siłami, nie tylko zdołał zatrzymać go pod Podhajcami, ale też w trakcie znakomicie przygotowanej kampanii osłonił kraj przed rabunkami ze strony Tatarów. Zawarty w wyniku tych działań układ podhajecki uspokoił sytuację tylko na kilka lat, bo Doroszenko nie zaniechał swoich planów, tylko poszukał znacznie silniejszego sojusznika. Układ andruszowski między Rzecząpospolitą a Rosją odebrał mu szanse na rozgrywanie przeciwko sobie tych państw, na czym nie jedno zyskali wcześniej Bohdan Chmielnicki i jego następcy. W tej sytuacji Doroszenko zwrócił się w stronę Turcji, ofiarując sułtanowi wierną służbę Kozaków przeciwko każdemu nieprzyjacielowi w zamian za protekcję. To posunięcie miało ułatwić zbudowanie na Ukrainie państwa kozackiego. Część pułkowników sprzeciwiła się poddaniu odwiecznemu wrogowi chrześcijaństwa – a Kozaków w szczególności – i wybrała nowego hetmana: Michała Chanenkę.
Na tym wewnętrznym konflikcie próbowała zyskać Rzeczpospolita, starając się przywrócić swoje panowanie na Prawobrzeżu. Warunki, na jakich Doroszenko gotowy był uznać władzę nowego (od 1669 r.) króla Michała I, były dla strony polskiej nie do przyjęcia, oznaczały bowiem powstanie na wpół zależnego od Polski państwa kozackiego. Dlatego zawarto porozumienie z Chanenką – był to błąd, gdyż zdecydowanie większym poparciem cieszył się Doroszenko, który po polskim układzie z Chanenką już ostatecznie zwrócił się w stronę Turcji i na początku 1671 r. sfinalizował rokowania z Portą. Rok później pod pretekstem obrony nowego poddanego sułtana armia turecka pod osobistym dowództwem Mehmeda IV uderzyła na Polskę, zdobywając Kamieniec Podolski i zajmując Podole oraz Bracławszczyznę, na których miało powstać państwo kozackie cieszące się znaczną samodzielnością. Zwycięstwa tureckie nie przyniosły spodziewanych przez Doroszenkę rezultatów, gdyż już w następnym roku Jan Sobieski odniósł kolejny sukces na tych ziemiach. W listopadzie 1673 r. na polach pod Chocimiem rozbił armię turecką. To zwycięstwo przyniosło mu koronę, a państwu – możliwość odrzucenia hańbiącego traktatu buczackiego, zawartego w trudnej sytuacji rok wcześniej. Wojna z Turcją trwała dalej, a jej ważnym elementem znów stała się Kozaczyzna.
